生物化学/肽键形成

肽键形成的生物化学机制如下。有关更详细的化学描述，请参阅有机化学教科书。

注意：与任何生物化学机制一样，以下过程是酶催化的，不会在细胞中自发发生。为了清晰起见，酶活性位点被省略了。

生物化学机制

将一个氨基酸的氨基末端添加到另一个氨基酸的羧基末端要经过两个主要步骤

羧基末端羰基的羰基孤对电子通过 SN2 反应攻击 ATP 分子上的末端磷酸盐。ADP 作为离去基团，羧酸盐上的羟基捐献到形成的碳正离子。最后，现在是磷酸酯的新的羰基被去质子化。

第二个氨基酸的氨基末端的孤对电子攻击磷酸酯的羰基碳，形成一个四面体中间体，在以前的羰基碳上具有四个取代基：草酸根离子、磷酸根、亲核试剂和第一个氨基酸的α碳。最后，胺亲核试剂被去质子化为中性状态。

草酸根离子上的孤对电子坍塌在磷酸碳上，无机磷酸盐作为离去基团丢失。所得键是羰基碳和胺基之间的酰胺键。