化学信息来源/SIRCh/化学信息学/数据标准和标准组织

SIRCh：化学精选互联网资源

分子数据标准

• InChI IUPAC国际化学标识符
• inchi.info
• SMILES
• 结构数据格式 (SDF) 文件
• CT文件 (MDL)
• CML (化学标记语言) 在SourceForge
• 化学标记语言 (CML) (原始网站)
• 化学标记语言 (CML) (原始发布者)
• 化学MIME主页
• CambridgeSoft CDX 用于ChemDraw [参见软件开发工具包]
• CXF : 化学交换格式，1.0版 / (化学文摘社书籍可从印第安纳大学化学图书馆获得: QD8.3 .C97 1994)
• 晶体学信息文件格式 (CIF)
• 大分子晶体学信息文件 (mmCIF)
• 编码归档描述 (EAD)
• EPrints
• Glossolalia：一种通用的MS数据语言 (mzXML：系统生物学研究所)

• MDL的CT文件格式 (参见“下载产品”)
• 微阵列实验的最小信息 (MIAME) (MGED协会)
• MIRIAM - 生物学计算模型的标准 (Biomodels.net)
• NCBI C++工具包
• netCDF (网络通用数据格式)

• 元数据收割的开放档案倡议协议
• PDB - 蛋白质数据库
  • PDB词典资源
  • PDB文件格式
• SBML - 系统生物学标记语言
• SMRS：标准代谢报告结构
• Tripos Mol2文件格式
• UniProtKB/Swiss-Prot 文档
• VOTable格式定义

分子标准组织

• 蓝色方尖碑
• caBIG兼容性和认证

• CiDX：化学工业数据交换
• ERCC - 外部RNA控制联盟 (美国国家标准与技术研究院)
• NARSTO和美国环保署超级网站计划指南文件
• HUPO蛋白质组学标准倡议 (人类蛋白质组组织)
• PSI-MS: 质谱标准工作组 (mzData标准)
• IUPAC CPEP电子数据标准分委会 (JCAMP-DX的继任者)
• littleb.org
• LSIT全球研究所
• 微阵列和基因表达 (MAGE) (MGED协会)
• MAQC - 微阵列质量控制项目 (美国食品药品监督管理局)

• NISO (国家信息标准组织)
• OAIster
• OMG生命科学研究组
• 开放档案倡议

化学结构格式转换器

• Open Babel
• Mol2Mol
• CLiDE (SimBioSys的化学文献数据提取工具)
• ACD/ChemSketch
• Corina (分子网络)