化学信息来源/SIRCh/分子可视化工具和网站
SIRCh：化学精选互联网资源
- 分子可视化资源世界索引
- 生物分子可视化资源世界索引
- NetSci 的分子力学和分子动力学软件列表
- 通用分子建模软件 NIH 分子建模中心列表
- 互操作性和标准
- 化学家的互联网浏览器插件和小程序 在“化学家链接”(利物浦)
- NCI/CADD 化学结构解析器
- Open Babel 在 Sourceforge.net
- BABEL；分子结构信息交换中心
- Mol2Mol
- CLiDE (来自 SimBioSys 的化学文献数据提取工具)
- ACD/ChemSketch
- Corina
- OSRA 光学结构识别 (一个旨在将化学结构的图形表示（如在期刊文章、专利文件、教科书、贸易杂志等中出现）转换为 SMILES 的实用程序)
- Discovery Studio Visualizer (accelrys)
- Chime (必须向 Symyx 注册)
- 四维分子 (Mol4D)
- 点群对称性练习 由 Arie Aizman
- Liz Dorland 的化学教程和资源页面 (包括：“使用 Chime 插件的 WWW 化学教程”)
- Molviz.org，由 Eric Martz 收集的分子可视化资源 (马萨诸塞大学阿默斯特分校)
- 生物分子可视化资源世界索引
- RasMol 主页
- OpenRasMol 主页
- RasMol 手册
- 分子可视化免费软件：Protein Explorer、Chime 和 RasMol (RasMol 主页)
- ChemDraw ActiveX/Plugin Net (CambridgeSoft)
- Cosmo Player VRML 插件
- Jmol
- Jamberoo (跨平台分子编辑器)
- JCAMP-DX (用于光谱)
- JSpecView 小程序规范
- ChemSketch (ACD Labs)
- 结构绘制和报告 - ChemWindow (BioRad)
- Cn3D (NCBI 的 Entrez 免费查看器)
- DeepView Swiss-Pdb 查看器
- 3D 大分子分析和 Kinemage 主页 在理查森实验室 (用于 Macintosh、PC、Linux 和 UNIX 平台的 Mage 软件)
- Moviemol，一个易于使用的分子显示和动画程序
- pyMOL
- Acorn NMR Inc. (NUTS)
- Serena Software (PCMODEL)
- Jaguar
- Spartan
- Scigress Explorer (以前，CAChe)
- HyperChem
- Corina
- CACTUS (NIH NCI 的 CADD 小组的化学信息学和用户工具)
- PDB3D：WWW 的实时 3D 分子渲染器
- 四维分子 (Mol4D)
- WWW PovChem 手册 (Paul Thiessen)
- VMD：可视化分子动力学
- gOpenMol
- 用于化学结构的 2D 图的 GIF/PNG 创建器
- XMView 在印第安纳大学分子结构中心 (将生成出版物质量的分子图形。适用于 Red Hat Linux 和 SGI 工作站)
- Jmol (适用于 Windows、Mac OS X 和 Linux/Unix 系统) JmolApplet 是一个可以集成到网页中的 Web 浏览器小程序。Jmol 应用程序是一个独立的 Java 应用程序，可在桌面上运行。JmolViewer 是一个开发工具包，可以集成到其他 Java 应用程序中。
- JME 分子编辑器 (Java 小程序，用于绘制或编辑分子和反应，包括生成子结构查询，以及在 HTML 页面中直接描绘分子。编辑器可以生成创建的结构的 SMILES 或 MDL mol 文件。)
- JaMM 在印第安纳大学分子结构中心
- Marvin Java 小程序
- 化学家艺术画廊
- 分子生物物理图像 (伊利诺伊大学香槟分校贝克曼研究所理论生物物理学组)
- 生物大分子可视化历史 由 Eric Martz 和 Eric Francoeur
- 劳伦斯利弗莫尔国家实验室的化学对象测试页面 )
- WebMolecules：专为 3D 分子可视化而设计的网站。
- ChemVis
- 不含过渡元素的分子数据库；Banque de molécules et d'ions ne contenant pas d'éléments de transition (由 Gerard Dupuis)
- MathMol 3-D 分子结构库
- 通过 NIH 特色信息服务的 NCI-3D 数据库
- ChemVIZ (在 NCSA 开发的化学可视化程序)
- 矿物和分子虚拟博物馆
- 分子生物物理图像 (伊利诺伊大学香槟分校理论与计算生物物理学组)
- 本月的分子
- Flick Coleman 的 Wellesley Chime 网站
- VRML 资源 （圣地亚哥州立大学计算科学与工程教育中心）
- 化学中的虚拟现实建模语言 (VRML)
- ACD 的 ChemSketch 使用从网站 (www.acdlabs.com) 获得的 Goodies 工具集。Goodies 工具集使用 ChemBasic 编码。Chemsketch 程序在导出到 VRML 之前包括 2D 到 3D 的能量最小化例程。
- Cosmo Player VRML 插件
- 用于化学结构的 VRML 文件创建器 从您的 2D 或 3D 数据文件生成 VRML 场景（支持超过 40 种结构文件格式）。如果输入结构中不包含 3D 坐标，则会自动生成 3D 坐标。许多显示选项可用于控制视觉外观。
- OrbVis 是一种用于计算和可视化分子轨道的在线服务。该服务将可视化您创建的任何合理结构的所有 MOs。它结合使用 VRML2.0 插件和 JAVA1.1 小程序，具有许多显示选项可用于控制视觉外观。