化学信息来源/科学写作辅助工具
本章的目的是向您介绍一些有助于写作任务的工具。这些工具包括化学结构绘图程序，这些程序与文字处理程序或结构搜索数据库集成，以及参考文献管理软件（产品/参考工具，有助于将参考文献以正确的格式放入），以及帮助您正式命名化学物质的工具等等。
在本节中，最重要的是要掌握正式科学写作中使用的约定，例如期刊名称缩写和引用中经常省略文章标题。术语 **引用** 和 **参考文献** 在此上下文中可以互换使用，指的是书目中的项目。
科学在过去几个世纪中取得如此快速的发展，主要归功于通信和出版技术的重大发展，从印刷机和活字印刷的发明开始。科学的大部分档案记录仍然只以印刷文字的形式存在，尽管一些较旧的期刊已数字化并提供给图书馆，以便每年购买或订阅以保持访问权限。由于预算压力、空间限制和用户偏好等原因，许多图书馆已取消了印刷订阅，转而采用在线方式访问最新期刊。许多图书馆也正在获取电子书（电子书），在某些情况下，它们正在改变其获取模式，以便在两种格式都可用的情况下，优先选择电子书而不是印刷版。无论格式如何，科学家都必须编写并发表其实验结果。
作为一名科学家，您将被要求撰写许多不同类型的作品，从实验室笔记本到资助项目申请、技术报告和期刊论文。有一些书籍可以作为化学写作指南，例如 简明化学写作指南 和 科学写作艺术：从学生报告到化学及相关领域的专业出版物，您可以在在线书店或图书馆目录中搜索“科学写作”和相关主题来找到更多标题。最值得注意的是 《ACS 风格指南》，其第三版于 2006 年出版。第 1 章（撰写科学论文） 和 第 14 章（参考文献） 可在线获取，以及其他 在线写作指南。
图像可以轻松地插入现代文字处理程序，如 Microsoft Word 或 Open Office。这些程序附带拼写检查词典，但不幸的是，它们中的科学词汇量非常有限。 化学词典 V3.0 是一个包含 104,000 个化学术语的压缩词典，您可以将其添加到您的 MS Word 或 Open Office 词典中。还有 Word 化学插件，它允许您将化学信息作为化学标记语言 (CML) 添加到 Word 文档中：名称、简明公式和二维结构。绘图和数据分析程序如今使数据可视化的任务变得更加简单。这些程序旨在提供电子表格、可视化和统计软件中常见且常用的功能的组合。其中一个软件包是 KaleidaGraph。甚至还有处理数学表达式的科学写作软件包，例如 MacKichan Software 的 Scientific Notebook。
一些化学家，尤其是那些倾向于物理/理论方面或 UNIX 操作系统用户的化学家，更喜欢使用 LaTeX 文档处理系统以及相应的引用管理器 BibTeX。
理想情况下，化学绘图程序应该能够轻松地与文字处理软件集成，并且还能够提供一些帮助来处理复杂的化学正式命名系统。软件程序 CLiDE 的操作方式类似于化学的光学字符识别 (OCR) 软件。Clide 可以将结构的二维表示转换为 MDL 的 mol 文件或 CambridgeSoft 的 ChemBioDraw 格式。一个免费的来源用于将绘制的结构转换为计算机可读形式是 OSRA，光学结构识别。该程序旨在将化学结构的图形表示（例如，它们出现在期刊文章、专利文件、教科书、贸易杂志等中）转换为 SMILES。
最流行的化学结构绘图程序之一是 CambridgeSoft 的 ChemBioDraw（现在是 PerkinElmer 的一部分）。ChemBioDraw 可以单独使用，也可以作为 ChemBioOffice 套件的一部分使用，该套件还包括 ChemBio3D、ChemBioFinder 和 E-Notebook。ChemBioDraw 的起始屏幕是这类程序的典型特征，其中包含一些预先绘制的化学对象供您选择。 CambridgeSoft 确实提供学术定价，包括 ChemDraw Std，价格不到 200 美元。一些化学软件生产商提供免费软件，但一些软件可能会指定仅限学术用途。流行的产品包括 ACD/Labs 的 ACD/ChemSketch 免费软件、ChemAxon 的 Marvin 套件（包括 MarvinSketch）和 Accelrys 的 免费 Accelrys Draw。
已经开发了几种程序，将化学结构的图像更进一步——赋予它一个可接受的 IUPAC（国际纯粹与应用化学联合会）名称。 ACD/Name 将正确命名 90% 以上用该程序绘制的有机物质。ACD/Labs 在 ACD/ChemSketch 中包含了最多 50 个原子和三个环的分子 IUPAC 命名，他们还提供了一个扩展程序，用于在 ChemBioDraw 中生成系统名称。
上面讨论的几个化学结构绘图程序是套件的一部分，这些套件包含额外的功能，可以用作化学信息管理器。CambridgeSoft 的 ChemBioOffice 软件包包括 E-Notebook 和其他与 MS Excel 集成的程序。其他人开发了与现有关系数据库软件配合使用的产品，例如 Accelerys 的 Accord。
大多数参考文献（或书目）管理软件程序虽然缺乏化学功能，但也拥有其他重要功能，使其非常有用。例如，您可以从 Web of Science 或 SciFinder 等书目数据库中下载记录，并将这些记录直接导入到个人数据库中，无需键入任何信息。加载后，这些数据可以在写作过程中重复使用，在整篇论文中嵌入参考文献（编号或作者-日期），同时动态创建相关的参考文献列表。这些程序通常有大量的输出样式，可以自动格式化每个参考文献，以满足各种出版商和官方风格指南的要求。除了引用数据之外，这些程序还可以捕获文章 URL，在某些情况下，您可以将全文附加到数据库中的记录。
引用管理器可以是免费软件或需要购买，驻留在本地或云端（或两者兼而有之，具体取决于用户偏好）或存储参考文献。
参考文献管理软件程序的比较可以 在这里找到。 EndNote（基于桌面）和 RefWorks（基于网络）是常用的程序，而最近的选项，特别是开源选项，越来越受欢迎。 Papers 是一个 iOS 程序，也可以用作 iPhone/iPad 应用，而 Mendeley 结合了参考文献管理和社交网络功能，允许用户共享他们找到的研究论文。 Zotero，它在从网页中捕获参考文献方面做得特别好，是另一个新兴的程序。
每个程序自然都有其独特的特征、优势和不足。这些程序正在快速发展，响应其竞争对手取得的进步。因此，您应该确保查阅最新的评论和产品资料，以便做出明智的决定。
为了在科学期刊数量有限的年代节省印刷空间，科学家们开始使用缩写来表示期刊名称。在19世纪初，只有少数科学期刊存在，因此从缩写中很容易知道指的是哪本期刊。然而，现在有数以万计的期刊。尽管如此，许多科学家，包括化学家，仍然使用他们引用的期刊名称的缩写形式。
化学文摘社 (CAS) 提供一项免费资源，可以帮助确定要使用的正确缩写或破译令人费解的期刊标题缩写。CAS 资源索引搜索工具，也称为 CASSI 搜索工具，可以确认出版物的标题和缩写，以及 CODEN、ISBN 或 ISSN 代码。CASSI 收录了自 1907 年以来 CAS 索引的出版物列表。一些图书馆保留了现已停产的 CASSI 纸质卷或 CD-ROM 版本，其中包含网络版本中没有的额外内容。应咨询当前的图书馆目录，因为图书馆馆藏（仅在纸质版和 CD-ROM 版本中找到）多年来一直没有更新。网络版本最多返回 50 个结果，因此搜索应尽可能具体。Ber 不会检索到 Berichte der Deutschen Chemischen Gesellschaft，但 Ber. Dtsch. Chem. Ges. 可以。CAS 提供的另一项资源，Beyond CASSI 列出了早期化学文献和其他历史参考来源中的期刊缩写标题。
最后，各个协会和其他期刊出版商在其网站上提供了重要的指南，以帮助作者准备向其期刊提交的稿件，通常在名为“作者须知”的链接下。显然，如果希望自己的稿件受到编辑的认真关注，就需要仔细遵循这些说明。例如，为了帮助论文和书籍的作者以及美国化学学会 (ACS) 出版物的编辑，ACS 制作了 ACS 风格指南。在那里，您将找到关于在参考文献中引用各种文档所需的格式的说明和示例。此外，本指南还列出了最常引用的期刊标题的缩写。其他主题包括语法、风格、用法、插图、表格、列表和计量单位，以及化学中使用的约定。它还涵盖了许多相关主题，从同行评审和版权到口头报告和 ACS 出版物的道德准则。
现在有很多软件产品和印刷作品可以使科学写作比几年前容易得多。虽然本章中讨论的一些产品可能超出了学生的价位，但其中许多产品是免费的，或者对学术用户来说价格非常低廉。