DChip/基因分类
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按注释术语分类基因
通过“比较样本”或“过滤基因”获得基因列表后,我们可以使用“工具/基因分类”对话框根据基因本体论或其他注释术语将这些基因分类为不同的组。基因组具有标题行,例如“在 120 组中发现 15 个基因本体论“对外部刺激的反应”基因(所有:1068/7734,P 值:0.661181)”。p 值的计算方式与重要基因簇相同。这里 120 是输入基因列表中具有基因本体论注释的基因数量,因此可能少于列表中的实际基因数量。请注意,在“工具/基因分类”中,会考虑整个基因列表以评估重要富集;而在聚类中,会考虑每个具有至少 4 个注释基因的基因簇。因此,前者比后者产生更少的显著基因组。
在“工具/选项/聚类”对话框中定义的重要 p 值在输出文件中后缀有星号(“***”)。还可以选中“仅报告重要结果”框以仅输出具有重要 p 值的基因组。“基因列表文件”的附加数据列(如表达值或倍数变化)将被复制到输出的“分类文件”中。
为了防止同一基因的多个探针组对功能重要性计算结果产生偏差,最好选中“分析/打开组/选项/分析/屏蔽冗余探针组”以从基因列表中排除冗余探针组(由 LocusLink ID 识别)。这也可以在“工具/选项/分析/屏蔽冗余探针组”中完成,但重新执行“分析/打开组”是可取的,因为基因注释的芯片背景信息是在读取“基因信息文件”后计算的。