二分检索表/细菌
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包括蓝藻细菌（自养）和真细菌（异养）。
- 酸杆菌门 (嗜酸性，革兰氏阳性，高 G+C，常见于泥土)
- 放线菌门 (高 G+C 革兰氏阳性细菌)
- 水生菌门 (超嗜热化学自养菌，革兰氏阴性)
- 拟杆菌门 (真正多样化的群体，包括病原体，共生体和自由生存细菌；厌氧，革兰氏阴性，杆状)
- 衣原体门 (真核细胞的专性细胞内寄生虫，革兰氏阴性)
- 绿弯菌门 (厌氧，光合自养，革兰氏阴性绿硫细菌)
- 绿曲菌门 (绿色非硫细菌)
- 金藻菌门 (化学自养菌)
- 蓝藻门 (产氧光合细菌和叶绿体)
- 脱铁杆菌门 (水生，厌氧细菌)
- 脱硫球菌-热菌门 (极端微生物，革兰氏阴性)
- 网状菌门 (嗜热化学有机营养菌)
- 纤维杆菌门 (纤维素消化，厌氧瘤胃细菌，两种)
- 厚壁菌门 (低 G+C 革兰氏阳性)
- 梭杆菌门 (专性厌氧异养菌，许多参与人类感染，革兰氏阴性，不形成孢子)
- 芽生菌门 (革兰氏阴性细菌，细胞包膜中缺乏 DAP)
- 硝化螺旋菌门 (革兰氏阴性；包括亚硝酸氧化菌，嗜热硫酸盐还原菌和嗜酸性铁还原菌)
- 浮霉菌门 (卵形革兰氏阴性细菌，通过出芽繁殖)
- 变形菌门 (紫色细菌和亲属，革兰氏阴性)
- 螺旋体门 (螺旋状化学异养菌，革兰氏阴性)
- 共生菌门 (革兰氏阴性，杆状/弧状细胞形状)
- 柔膜菌门 (革兰氏阳性，无细胞壁)
- 热硫杆菌门 (嗜热，硫酸盐还原细菌)
- 热微菌门 (超嗜热化学异养菌)
- 热袍菌门 (超嗜热，专性厌氧，发酵异养菌)
- 疣微菌门 (陆地，水生，一些与真核宿主相关；革兰氏阴性)