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GENtle/错误报告

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Linux (Ubuntu 8.10 附带额外安装的 MySQL 4.1),GENtle v. 1.9.3

  1. 请更新软件,使其能够处理 MySQL 5,MySQL 已经过时,在当前的 Linux 系统上难以安装。
  2. 使用 PCR 工具时,添加引物(首先从数据库中加载)会导致程序崩溃,因此 PCR 工具选项不幸无法使用...

这是控制台上的输出

*** glibc detected *** ./GENtle: munmap_chunk(): invalid pointer: 0x096af51c ***
======= Backtrace: =========
/lib/tls/i686/cmov/libc.so.6[0xb75753f4]
/usr/lib/libstdc++.so.6(_ZdlPv+0x21)[0xb776c031]
./GENtle[0x8155fd8]
/usr/lib/libwx_baseu-2.6.so.0(_ZNK12wxAppConsole11HandleEventEP12wxEvtHandlerMS0_FvR7wxEventES3_+0x28)[0xb79c04c8]
/usr/lib/libwx_baseu-2.6.so.0(_ZN12wxEvtHandler21ProcessEventIfMatchesERK21wxEventTableEntryBasePS_R7wxEvent+0x9d)[0xb7a452bd]
/usr/lib/libwx_baseu-2.6.so.0(_ZN16wxEventHashTable11HandleEventER7wxEventP12wxEvtHandler+0x84)[0xb7a46424]
/usr/lib/libwx_baseu-2.6.so.0(_ZN12wxEvtHandler12ProcessEventER7wxEvent+0xeb)[0xb7a4653b]
/usr/lib/libwx_gtk2u_core-2.6.so.0(_ZN12wxWindowBase9TryParentER7wxEvent+0x6d)[0xb7cd77ad]
/usr/lib/libwx_baseu-2.6.so.0(_ZN12wxEvtHandler12ProcessEventER7wxEvent+0x81)[0xb7a464d1]
/usr/lib/libwx_gtk2u_core-2.6.so.0(_ZN13wxToolBarBase11OnLeftClickEib+0x62)[0xb7ccec02]
/usr/lib/libwx_gtk2u_core-2.6.so.0[0xb7c60d5d]
/usr/lib/libgobject-2.0.so.0(g_cclosure_marshal_VOID__VOID+0x84)[0xb6eee3d4]
/usr/lib/libgobject-2.0.so.0(g_closure_invoke+0x1ab)[0xb6ee0c4b]
/usr/lib/libgobject-2.0.so.0[0xb6ef7095]
/usr/lib/libgobject-2.0.so.0(g_signal_emit_valist+0x7dc)[0xb6ef87ac]
/usr/lib/libgobject-2.0.so.0(g_signal_emit+0x26)[0xb6ef8c26]
/usr/lib/libgtk-x11-2.0.so.0(gtk_button_clicked+0x8a)[0xb71c6eaa]
/usr/lib/libgtk-x11-2.0.so.0[0xb71c7f58]
/usr/lib/libgobject-2.0.so.0(g_cclosure_marshal_VOID__VOID+0x84)[0xb6eee3d4]
/usr/lib/libgobject-2.0.so.0[0xb6edf3c9]
/usr/lib/libgobject-2.0.so.0(g_closure_invoke+0x1ab)[0xb6ee0c4b]
/usr/lib/libgobject-2.0.so.0[0xb6ef68ee]
/usr/lib/libgobject-2.0.so.0(g_signal_emit_valist+0x7dc)[0xb6ef87ac]
/usr/lib/libgobject-2.0.so.0(g_signal_emit+0x26)[0xb6ef8c26]
/usr/lib/libgtk-x11-2.0.so.0(gtk_button_released+0x8a)[0xb71c6f4a]
/usr/lib/libgtk-x11-2.0.so.0[0xb71c6f83]
/usr/lib/libgtk-x11-2.0.so.0[0xb727b036]
/usr/lib/libgobject-2.0.so.0[0xb6edf3c9]
/usr/lib/libgobject-2.0.so.0(g_closure_invoke+0x1ab)[0xb6ee0c4b]
/usr/lib/libgobject-2.0.so.0[0xb6ef6d3d]
/usr/lib/libgobject-2.0.so.0(g_signal_emit_valist+0x65b)[0xb6ef862b]
/usr/lib/libgobject-2.0.so.0(g_signal_emit+0x26)[0xb6ef8c26]
/usr/lib/libgtk-x11-2.0.so.0[0xb739033e]
/usr/lib/libgtk-x11-2.0.so.0(gtk_propagate_event+0xec)[0xb7273b4c]
/usr/lib/libgtk-x11-2.0.so.0(gtk_main_do_event+0x2e7)[0xb7274ef7]
/usr/lib/libgdk-x11-2.0.so.0[0xb710a50a]
/usr/lib/libglib-2.0.so.0(g_main_context_dispatch+0x1e8)[0xb6e436f8]
/usr/lib/libglib-2.0.so.0[0xb6e46da3]
/usr/lib/libglib-2.0.so.0(g_main_loop_run+0x1d2)[0xb6e472c2]
/usr/lib/libgtk-x11-2.0.so.0(gtk_main+0xb9)[0xb72753a9]
/usr/lib/libwx_gtk2u_core-2.6.so.0(_ZN11wxEventLoop3RunEv+0x5b)[0xb7bdec1b]
/usr/lib/libwx_gtk2u_core-2.6.so.0(_ZN9wxAppBase8MainLoopEv+0x4e)[0xb7c6980e]
/usr/lib/libwx_gtk2u_core-2.6.so.0(_ZN9wxAppBase5OnRunEv+0x21)[0xb7c69441]
/usr/lib/libwx_baseu-2.6.so.0(_Z7wxEntryRiPPw+0x6a)[0xb79f31ba]
/usr/lib/libwx_baseu-2.6.so.0(_Z7wxEntryRiPPc+0x36)[0xb79f3276]
./GENtle[0x81d30c0]
/lib/tls/i686/cmov/libc.so.6(__libc_start_main+0xe5)[0xb751c685]
./GENtle(__gxx_personality_v0+0x301)[0x8063ac1]
======= Memory map: ========
08048000-08325000 r-xp 00000000 08:07 755375     /home/myusername/GENtle/GENtle
08325000-0832d000 rw-p 002dc000 08:07 755375     /home/myusername/GENtle/GENtle
0832d000-08348000 rw-p 0832d000 00:00 0 
08fdd000-09735000 rw-p 08fdd000 00:00 0          [heap]
b504e000-b50d0000 rw-p b504e000 00:00 0 
b50d0000-b511c000 r--p 00000000 08:06 237822     /usr/share/fonts/truetype/ttf-dejavu/DejaVuSansMono.ttf
b511c000-b512b000 r-xp 00000000 08:06 90150      /lib/libbz2.so.1.0.4
b512b000-b512c000 r--p 0000f000 08:06 90150      /lib/libbz2.so.1.0.4
b512c000-b512d000 rw-p 00010000 08:06 90150      /lib/libbz2.so.1.0.4
b512d000-b515e000 r-xp 00000000 08:06 109316     /usr/lib/libcroco-0.6.so.3.0.1
b515e000-b5161000 rw-p 00030000 08:06 109316     /usr/lib/libcroco-0.6.so.3.0.1
b5161000-b5191000 r-xp 00000000 08:06 109593     /usr/lib/libgsf-1.so.114.0.8
b5191000-b5193000 r--p 0002f000 08:06 109593     /usr/lib/libgsf-1.so.114.0.8
b5193000-b5194000 rw-p 00031000 08:06 109593     /usr/lib/libgsf-1.so.114.0.8
b5194000-b5195000 rw-p b5194000 00:00 0 
b5195000-b51ad000 r-xp 00000000 08:06 139594     /usr/lib/gio/modules/libgvfsdbus.so
b51ad000-b51ae000 r--p 00017000 08:06 139594     /usr/lib/gio/modules/libgvfsdbus.so
b51ae000-b51af000 rw-p 00018000 08:06 139594     /usr/lib/gio/modules/libgvfsdbus.so
b51b6000-b51e7000 r-xp 00000000 08:06 109955     /usr/lib/librsvg-2.so.2.22.3
b51e7000-b51e8000 r--p 00030000 08:06 109955     /usr/lib/librsvg-2.so.2.22.3
b51e8000-b51e9000 rw-p 00031000 08:06 109955     /usr/lib/librsvg-2.so.2.22.3
b51e9000-b5249000 rw-s 00000000 00:09 27983940   /SYSV00000000 (deleted)
b5249000-b5260000 r--s 00000000 08:06 188625     /usr/share/mime/mime.cache
b5260000-b5262000 r-xp 00000000 08:06 107548     /lib/tls/i686/cmov/libutil-2.8.90.so
b5262000-b5263000 r--p 00001000 08:06 107548     /lib/tls/i686/cmov/libutil-2.8.90.so
b5263000-b5264000 rw-p 00002000 08:06 107548     /lib/tls/i686/cmov/libutil-2.8.90.so
b5264000-b5271000 r-xp 00000000 08:06 109686     /usr/lib/libgvfscommon.so.0.0.0
b5271000-b5272000 r--p 0000d000 08:06 109686     /usr/lib/libgvfscommon.so.0.0.0
b5272000-b5273000 rw-p 0000e000 08:06 109686     /usr/lib/libgvfscommon.so.0.0.0
b5273000-b52a9000 r-xp 00000000 08:06 90164      /lib/libdbus-1.so.3.4.0
b52a9000-b52aa000 r--p 00035000 08:06 90164      /lib/libdbus-1.so.3.4.0
b52aa000-b52ab000 rw-p 00036000 08:06 90164      /lib/libdbus-1.so.3.4.0
b52ba000-b52bd000 r-xp 00000000 08:06 90178      /lib/libgpg-error.so.0.3.0
b52bd000-b52be000 rw-p 00002000 08:06 90178      /lib/libgpg-error.so.0.3.0
b52be000-b5324000 r-xp 00000000 08:06 90176      /lib/libgcrypt.so.11.4.4
b5324000-b5325000 r--p 00065000 08:06 90176      /lib/libgcrypt.so.11.4.4
b5325000-b5327000 rw-p 00066000 08:06 90176      /lib/libgcrypt.so.11.4.4
b5327000-b5337000 r-xp 00000000 08:06 110024     /usr/lib/libtasn1.so.3.0.15
b5337000-b5339000 rw-p 0000f000 08:06 110024     /usr/lib/libtasn1.so.3.0.15
b5339000-b5349000 r-xp 00000000 08:06 107542     /lib/tls/i686/cmov/libresolv-2.8.90.so
b5349000-b534a000 r--p 0000f000 08:06 107542     /lib/tls/i686/cmov/libresolv-2.8.90.so
b534a000-b534b000 rw-p 00010000 08:06 107542     /lib/tls/i686/cmov/libresolv-2.8.90.so
b534b000-b534d000 rw-p b534b000 00:00 0 
b534d000-b534f000 r-xp 00000000 08:06 90183      /lib/libkeyutils-1.2.so
b534f000-b5351000 rw-p 00001000 08:06 90183      /lib/libkeyutils-1.2.so
b5351000-b5358000 r-xp 00000000 08:06 109744     /usr/lib/libkrb5support.so.0.1
b5358000-b5359000 r--p 00006000 08:06 109744     /usr/lib/libkrb5support.so.0.1
b5359000-b535a000 rw-p 00007000 08:06 109744     /usr/lib/libkrb5support.so.0.1
b535a000-b53f1000 r-xp 00000000 08:06 106617     /usr/lib/libgnutls.so.26.4.5
b53f1000-b53f6000 r--p 00096000 08:06 106617     /usr/lib/libgnutls.so.26.4.5
b53f6000-b53f7000 rw-p 0009b000 08:06 106617     /usr/lib/libgnutls.so.26.4.5
b53f7000-b5419000 r-xp 00000000 08:06 109736     /usr/lib/libk5crypto.so.3.1
b5419000-b541a000 r--p 00022000 08:06 109736     /usr/lib/libk5crypto.so.3.1
b541a000-b541b000 rw-p 00023000 08:06 109736     /usr/lib/libk5crypto.so.3.1
b541b000-b54aa000 r-xp 00000000 08:06 109742     /usr/lib/libkrb5.so.3.3
b54aa000-b54ac000 r--p 0008e000 08:06 109742     /usr/lib/libkrb5.so.3.3
b54ac000-b54ad000 rw-p 00090000 08:06 109742     /usr/lib/libkrb5.so.3.3
b54ad000-b54d5000 r-xp 00000000 08:06 109599     /usr/lib/libgssapi_krb5.so.2.2
b54d5000-b54d6000 r--p 00028000 08:06 109599     /usr/lib/libgssapi_krb5.so.2.2
b54d6000-b54d7000 rw-p 00029000 08:06 109599     /usr/lib/libgssapi_krb5.so.2.2
b54d7000-b550a000 r-xp 00000000 08:06 107651     /usr/lib/libcups.so.2
b550a000-b550b000 ---p 00033000 08:06 107651     /usr/lib/libcups.so.2
b550b000-b550c000 r--p 00033000 08:06 107651     /usr/lib/libcups.so.2
b550c000-b550d000 rw-p 00034000 08:06 107651     /usr/lib/libcups.so.2
b550d000-b551a000 r-xp 00000000 08:06 109541     /usr/lib/libgnomecups-1.0.so.1.0.0
b551a000-b551b000 r--p 0000c000 08:06 109541     /usr/lib/libgnomecups-1.0.so.1.0.0
b551b000-b551c000 rw-p 0000d000 08:06 109541     /usr/lib/liAborted
  1. BLAST 页面仍然挂起...

Bernd (讨论) 2009 年 1 月 20 日 12:51 (UTC)


在 WinXP Pro 上使用 GENtle。尝试 BLAST 任何内容都会导致软件立即关闭。没有任何保存提示或任何其他操作... 有什么建议吗?补丁?

已在 CVS 中修复,将在下一个版本中发布。--Magnus Manske 2007 年 1 月 30 日 14:33 (UTC)

在 Mac OSx 10.4.8(PPC 平台)下,启动 GENtle 时,程序在显示介绍性启动画面时挂起。

我无法在我的 G4 PowerBook(PPC,10.4.8)上重现此错误。它在 PPC iMac 10.3.9 上也能正常运行。GENtle 是在您当前使用的用户名下安装的吗?这可能是写访问冲突。--Magnus Manske 2007 年 1 月 30 日 14:33 (UTC)

在 OpenSuSE 10.2 x86 下,CVS 版本 GENtle 构建并运行良好。一个问题:当对序列进行 BLAST 时,GENtle 挂起。可能是线程问题?在 OpenSuSE 10.2 x86_64 上也是如此。后续:我在 openSUSE 11.0 和 openSUSE 11.1 上测试了最新的 CVS 版本(2009 年 2 月 17 日),x86 和 x86_64 都一样。仍然,当 BLAST 任何内容时,GENtle 会挂起。我使用 wxWidgets-2.8.9.1 进行构建。如果您需要,我可以向您发送更多数据。

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