GNU Health/实验室管理
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GNU LIMS，也称为Occhiolino，是一个现代的实验室信息管理系统，面向医疗保健和生物医药领域，它已经成为GNU Health的一个子项目。
实验室模块管理实验室分析的申请、创建和评估。就LIMS（实验室信息管理系统）功能而言，GNU Health 非常灵活。您可以将其链接到患者图表和医疗中心的财务管理。
它能够链接到财务管理，并根据实验室申请创建服务和发票/账单。Occhiolino 从一开始就被集成到 GNU Health 中。
要创建新的实验室检验申请记录，有两种方法
- 点击患者表格中的关联按钮，然后选择申请实验室检验命令。
- 点击主导航中的申请实验室检验命令。
无论哪种情况，都会打开一个对话框，允许您输入以下信息
- 日期: 申请的日期和时间（默认值为当前日期和时间）
- 紧急: 一个复选框，用于指示紧急申请
- 患者: 患者姓名（链接到患者记录）
- 背景: 可以是怀疑或存在的健康状况、定期体检等（可选）
- 医疗专业人员: 申请实验室检验的医疗专业人员姓名
- 检验: 申请检验的列表
实验室模块允许您从不同实验室检验列表中选择，并创建您需要的特定检验，包括其分析物、正常范围等。
为了检查新的实验室检验申请并创建检验报告，实验室工作人员将在主导航中打开该部分。
医疗保健 → 实验室 → 实验室检验申请
这将显示实验室检验申请列表，显示上面描述的所有信息。
实验室预约包含一个或多个不同的实验室检验。如果相关的医疗专业人员将预约关联到特定医疗服务文档，则该文档将包含在每个检验中。一旦检验准备就绪，可以通过点击"更新服务"将实验室检验包含到服务文档中。此时，您也可以将检验分配到默认服务文档之外的其他服务文档。
此外，还存在状态列，指示申请是草稿还是已预约。一旦实验室工作人员通过点击操作按钮并选择实验室：创建检验命令创建了实验室检验，申请的状态将从草稿更改为已预约。此外，申请的字体颜色将从蓝色更改为黑色，使区分待处理申请和正在处理的申请变得更容易。
此时，与实验室检验类型关联的所有分析物都将被创建，并准备由分析仪进行处理。
在屏幕截图中，单个预约包含三个实验室检验申请。
GH 命令：实验室
实验室检验记录允许存储特定检验中包含的所有检验标准的值，以及一些额外的信息。
要访问检验结果，有两种方法
- 点击患者表格中的关联按钮，然后选择实验室：报告命令。
- 点击主导航中的医疗保健 → 实验室 → 实验室检验结果命令。
实验室检验结果表格的结构如下
主要信息
主要信息选项卡提供有关患者和整个检验的信息。大部分信息来自实验室检验申请。此表格上的相关信息包括预约及其日期、申请的医疗专业人员、进行检验的技术人员、验证检验的实验室经理以及验证日期。
在主要信息选项卡的下半部分，是实验室检验标准表格。此表格允许为检验的每个标准输入以下信息
- 警告 : 如果值超出范围，将自动设置。医生也可以在不考虑值的情况下进行设置。
- 排除 : 选中此字段以忽略检验中的此分析物
- 分析物 : 要检查的实际参数
- 值: 在该分析物上获得的结果。
- 结果 - 文本: 用于非定量结果。例如，尿液外观。
- 下限、上限和单位: 特定分析物上正常值的默认范围。
- 备注: 与结果相关的任何特定说明。
额外信息和验证
额外信息选项卡提供了结果摘要和诊断的空白。验证选项卡提供了一个加密摘要散列和记录的状态。实验室检验也可以数字签名。这些功能在GNU Health 加密软件包中提供。
实验室检验的打印布局称为实验室报告。您可以通过点击报告按钮并选择实验室报告操作，从实验室检验结果表格预览和打印实验室报告。任何异常值（即低于下限或高于上限的检验标准值）都将以红色打印。
您可以使用 "实验室" 命令行直接访问实验室报告。
双击实验室检验，您将进入表格视图，其中包含有关该检验的详细信息。
显示、打印或通过电子邮件发送实验室检验结果和标签
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生成实验室测试后，技术人员可以打印实验室测试标签（例如，code-39 条码），以便分析仪进行处理。
默认情况下，GNU Health 中的报告格式为 PDF，但可以配置为其他格式（例如 LibreOffice ODT）。
此外，GNU Health 4.0 客户端可以选择通过电子邮件发送报告。
配置
[edit | edit source]要配置可用的实验室测试，请转到主菜单中的“健康→配置→实验室”部分。您有两个选项：您可以创建、编辑或删除测试类型（包括其测试标准），还可以配置测试中使用的单位。
实验室测试单位
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双击“健康→配置→实验室→实验室测试单位”，您将获得系统中定义的所有单位的列表。配置单位非常简单，因为只有两个字段。
- 单位
- 代码（在大多数情况下与单位相同）
实验室测试类型
[edit | edit source]双击“健康→配置→实验室→实验室测试类型”，您将获得系统中定义的所有测试类型的列表。测试类型是单个测试的模板。它包含一个测试标准列表，包括有关每个测试标准的标准值的详细信息。它还链接到一个产品，该产品允许将测试的成本正确地计入患者。
主要信息 选项卡
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在测试类型表单的“主要信息”选项卡中，您可以管理以下信息。
- 测试：测试的全称（通常为大写字母）
- 代码 测试的唯一代码
- 活动 如果设置此标志，将显示实验室测试。
- 服务 与实验室测试相关的产品/服务。
下面是测试类型测试案例（或测试标准，在其他地方称为）的列表。每个测试案例包含以下信息。
- 顺序：用于在测试类型测试案例中创建顺序的数字。
- 分析物：待分析的物质或方面。
- 下限：将值视为正常或不关键的范围下限（用于信息目的，但也用于在值超出范围时以红色打印测试案例）。
- 上限：将值视为正常或不关键的范围上限（用于信息目的，但也用于在值超出范围时以红色打印测试案例）。
- 参考：用于添加有关测试案例预期值的更多信息的文本字段。
- 单位：测试案例中值的单位（用于上限、下限和测试值本身）。
使用“主要信息”选项卡底部的“服务”字段，每种测试类型都链接到一个产品。该产品定义了向患者收取的测试价格。因此，每个测试类型记录都需要一个产品记录；此产品记录通常以测试类型命名。
额外信息 选项卡
[edit | edit source]“额外信息”选项卡包含一个用于有关测试类型附加信息的文本字段“描述”。
与实验室和 LIMS 的接口
[edit | edit source]GNU Health 允许手动输入任何类型测试的分析物结果。但是，在许多情况下，手动输入此信息不可行，因为这将是一项繁重的工作并且容易出现人为错误。
通常，医疗专业人员会创建实验室测试单，然后将其发送到实验室。当实验室处理订单时，结果将以纸质或数字形式发送回来。此外，在较大的机构中，中心会与其自身的实验室和实验室系统进行连接。该接口可以自动从实验室检索结果并将其上传到 GNU Health。
为了使数据处理的任务自动化，医疗机构和实验室都需要就数据格式和传输方式达成一致。有不同的格式和消息交换方法（csv、xml、web 服务、HL7 等），它们适合不同的场景。
基本工作流程
[edit | edit source]在大多数情况下，我们需要设置一个基本的工作流程。让我们考虑一个基本的血液学检查/全血细胞计数 (CBC)。
- 医疗专业人员会创建测试单，其中包含一个（或多个）实验室测试类型，以及其唯一的 ID。此实验室测试 ID 包括关键信息，例如实验室测试类型、患者、开单医生、请求日期等。
- 然后将该测试 ID 上的信息发送到实验室。
- 实验室会打印测试 ID 标签并将其放置在试管上。
- 护士从患者身上提取血液样本，并将其放置在贴有唯一实验室测试 ID 标签的试管中。
- 然后将样本送至分析仪，分析仪读取实验室测试的条码并处理 CBC。
- 实验室技术人员会生成与实验室测试请求 ID 相关的每个分析物结果的报告。
- 该结果将以实验室和机构双方商定的方式发送到 GNU Health。
- GNU Health LIMS 接口将处理并将结果上传到实验室测试。
当然，自动化程度可能会有高低，但大多数步骤在许多场景中都会存在。
示例接口
[edit | edit source]作为 GNU Health 文档的一部分，现在有一个示例脚本可以获取 csv 编码的批处理文件并将结果上传到 GNU Health。
该程序读取一个 CSV 格式的文件，该文件包含实验室测试 ID、分析物及其结果。
目录中包含一个示例 TEST006.csv，其中包含测试“TEST006”（“全血细胞计数 - CBC”）的结果。
您可以自定义程序（GNU Health 服务器名称、凭据等），以及实验室测试结果文件。当然，实验室测试结果的名称可以更改以满足您的需求。
您可以在 GNU Health 水银服务器的开发分支中找到示例程序的最新版本。
http://hg.savannah.gnu.org/hgweb/health/file/tip/tryton/doc/samples/interfaces/lab
要求
[edit | edit source]当前组件和版本为
- GNU Health : 4.0
- Proteus Tryton 库 : 6.0
安装 proteus
$ pip3 install --user "proteus>=6.0,<6.1"
使用
[edit | edit source]调用程序并将 csv 格式的文件作为参数传递。
您可能需要编辑 gnuhealth_csv_lab_interface.py 文件并调整 dbname、hostname 和 port 的值。
TEST006.csv 文件可能包含分析物的错误名称，具体取决于您使用的 GNU Health 版本。
例如
$ python3 gnuhealth_csv_lab_interface.py TEST006.csv
主程序步骤为
- 测试与 GNU Health 服务器的连接。
- 检查实验室测试是否已在 GNU Health 上创建（例如，TEST006）。
- 检查 csv 文件中的分析物是否在系统上。
- 上传结果。