MINC/未来/Tconf20110223

2011 年 2 月 23 日关于 MINC 未来发展状况的电话会议记录

出席人员

Patrick、Jim、Mallar、Marc、Samir（来自新加坡）、John、Jason、Pierre、Alex、Mishkin、Anka、Dniel、Simon D、Simon E、Vlad 和 Louis

议题

MINC 的目标是什么？我们的目标是什么？

• MINC 是一种复杂、功能强大的图像文件格式，它具有自文档、自描述、可扩展、可移植以及针对 n 维医学图像的特性。MINC 具有标准 API，确保始终按照 MINC 定义读写文件。
• 我们的目标是在面对竞争文件格式和软件包的情况下，通过简化 MINC 库和工具的安装和使用，来确保 MINC（和 MINC 工具）的未来。

来自用户 - 主要请求是简化

• 简单的安装、用于程序/文档的单一联系点
• 最新的文档
• 示例软件
• 示例分析
• 用户界面

支持的软件发行版/计算机系统

• Linux（Debian、ubuntu、redhat 等）
• Mac
• Windows

这可能会打开一个庞大的用户群

但会存在努力/资源问题。与 GUI 相关

• 一个包 vs 许多小包
• 许可证问题 - 可以捆绑什么，不能捆绑什么（MINC vs GPL 许可证）
• 测试
  • 每个版本都需要进行全面测试
  • 仪表板式测试/报告？

I/O

• 绑定到
  • R（Jason 的 RMINC 和 Jim 的更新更好的 mincIO）
  • Python（Jason 的 https://launchpad.net/pyminc）
  • Octave、Matlab（Pierre 的 NIAK）
  • C/C++
    • Vlad 的 EZminc，
    • David 的 volumeIO
    • CImg 支持 minc (http://cimg.sourceforge.net/)
• MINC1 vs MINC2 API 支持和使用
• ITK & VTK - 目前支持有限。
• NIFTI 支持？
  • 乍一看，从用户的角度来看有很多优势，但是…
  • 缺点
    • 以查看器为中心的定义数据排序（放射学 vs 神经学），而在文件头中没有此信息
    • 缺乏健壮的坐标系信息
    • 缺乏强度映射信息
    • 用户会起来反抗我们吗？

要链接/关联什么

• Neurodebian（Michael Hanke 的 neuro.debian.net）

与其他软件工具的集成

• Osirix、ITK-snap、Elastix、ANTS

软件开发工具

• 需求
  • 包含/集成外部开发人员（谁可以提交/我们信任谁？）
  • 适当的错误跟踪

（Jim）：真实的、活动的 minc 错误可以确保 minc-dev 已经注意到该错误，并且对修复状态有一些了解。也许这样的系统可以与补偿模型集成，在该模型中，修复或（已批准的）功能请求将被分配一个货币价值，然后开发人员可以自由地“注册”来处理给定的请求？

• • 还没有使用分布式版本控制系统？（git、hg、bzr 等）
  • 可能性
    • MNI（或其他地方）的 CVS 存储库
    • NITRC（www.nitrc.org，他们很乐意让我们加入，他们有 git 吗？）
    • Launchpad（launchpad.net）
    • Google 代码，
    • 跟踪

文档

• https://wikibooks.cn/wiki/MINC/
• https://wikibooks.cn/wiki/MINC/Tutorials
• 常见问题解答
• 示例代码

标准发行版中没有的 MINC 工具

• 结构分割工具
  • 大脑提取 mincBET
  • ANIMAL 结构分割（Collins）
  • 海马体 + MTL 结构融合标记（Collins）
  • 丘脑 + 基底神经节（Mallar）
  • 侧脑室分割（V.Fonov）
• 表面分割
  • CLASP（Evans）
• 分析工具
  • fMRI stat
  • NIAK（Pierre B）
  • ITK Snap（Vlad 对 minc 的修改；如果 ITK 中正确支持 minc，则不需要此修改）
  • ElastiX（Dante）
• viewnup（Andrew）
• PVE（Jossi）

行动项目

• 谁想参加
• 谁负责什么
• 下一步是什么
• MINC 研讨会/课程