MINC/教程/PythonSliceLoop

使用 pyminc 的切片循环示例

在 pyminc 中打开一个体积时，在访问 .data 变量之前不会读取任何数据。这意味着您可以同时打开很多体积，然后选择性地获取一个超平面以节省内存。下面的示例读取了很多体积，以查找每个点的模式（最常见的体素） - 这是一种用于分割的简单体素投票方案。 文本中有一些注释，更详细的解释将在后面给出

#!/usr/bin/env python

# all the imports go here
from pyminc.volumes.factory import *
from numpy import *
from scipy.stats import *
from optparse import OptionParser

if __name__ == "__main__":

    # some argument handling
    usage = "Usage text"
    description = "Description text"
    
    parser = OptionParser(usage=usage, description=description)
    parser.add_option("--clobber", dest="clobber",
                      help="clobber output file",
                      type="string")

    (options, args) = parser.parse_args()

    if len(args) < 4:
        parser.error("Incorrect number of arguments")

    outfilename = args[-1]
    propfilename = args[-2]
    # clobber check should go here
    
    # create an array of volume handles
    volhandles = []

    nfiles = len(args)-2
    for i in range( nfiles ):
        volhandles.append(volumeFromFile(args[i], dtype='ubyte'))

    outfile = volumeFromInstance(volhandles[0], outfilename)
    proportion = volumeFromInstance(volhandles[0], propfilename)

    # hold one slice from all volumes
    sliceArray = zeros( (nfiles,
                         volhandles[0].sizes[1],
                         volhandles[0].sizes[2]))
    
    # now loop over the slices to get on slice at a time from all volumes - then take the mode                
    for i in range(volhandles[0].sizes[0]):
        print "SLICE: %i" % i
        for j in range(nfiles):
            t = volhandles[j].getHyperslab((i,0,0),
                                           (1,volhandles[0].sizes[1],
                                            volhandles[0].sizes[2]))
            t.shape = (volhandles[0].sizes[1], volhandles[0].sizes[2])
            sliceArray[j::] = t
            
        # take the mode
        m = mode(sliceArray)
        # and write the mode and its proportion to the output files
        outfile.data[i::] = m[0]
        proportion.data[i::] = m[1] / nfiles

    proportion.writeFile()
    proportion.closeVolume()
    outfile.writeFile()
    outfile.closeVolume()

此切片循环中的关键步骤是创建所有 MINC 体积句柄的数组以及一个包含所有体积的一个切片的数组，然后遍历所有切片。 在每个切片处，数组都用每个体积的当前切片重新填充，计算统计信息（在本例中为模式），并将结果插入到输出体积中。