MINC/VisualTools/Display

Display 是一个功能非常强大的程序，也许最好的解释方式是通过示例。它的主要用途是分割、可视化/叠加多个 MINC 文件以及 3D 物体的可视化。

叠加图像

这将是一个通过示例概述 Display 中叠加图像的方法。特别是，该示例将显示 t 统计量图和鼠标大脑的最终非线性平均值的叠加。两个输入文件是

我们想要做的是创建一个图像，显示大脑的哪些区域与特定的 t 统计量相关联。理想情况下，我们希望使用不同的颜色显示具有负 t 统计量和正 t 统计量的区域。最终结果应该类似于这样

您可以将多个文件加载到 Display 中。在上面的示例中，红色显示 t 统计量至少为 4（因此为正）的区域，蓝色区域表示 t 统计量最多为 -4 的区域。所有这些信息都来自一个文件：tstats.mnc 文件。为了使用该文件创建两种不同的颜色，您需要在 Display 中加载两次。这是第一步

步骤 1：加载输入文件

  $ Display final-nlin.mnc tstats.mnc tstats.mnc

步骤 2：加载热红颜色用于正的 t 统计量

Display 中步骤概述

点击“空格弹出菜单”或按空格键进入主菜单（如果您尚未在其中）。
点击“T 文件”或按“t”。
点击“Y 加载用户定义 ColCo”或按“y”。
在命令行中输入：“/micehome/jlerch/luts/hotred”并按“回车”。

Display 具有控制面板。您可以用鼠标点击按钮，或者使用键盘上的按键（例如，点击“D 颜色编码”与按键盘上的“d”具有相同的效果）。当您点击“D 颜色编码”时，您会进入一个菜单，允许您将颜色更改为灰色、热金属、光谱……尝试一下，看看它们的效果。在本例中，我们想使用用户定义的颜色，因此我们需要加载它们。这些是文本文件，指示颜色条上的哪些点对应哪些颜色。下面是一个示例。如果您进入了 Display 的颜色编码选项卡，请按空格键或“空格弹出菜单”返回主菜单。在那里进入“T 文件”，然后进入“Y 加载用户定义 ColCo”。一旦您按下了后者，Display 将变得无响应，因为它正在等待来自命令行的输入。因此，转到启动 Display 的 shell。它会显示

  $ Display final-nlin.mnc tstats.mnc tstats.mnc
  Inputting final-nlin.mnc.
  Objects input.
  Inputting tstats.mnc.
  Objects input.
  Inputting tstats.mnc.
  Objects input.
  Enter name of piecewise colour coding file to load:

在这里，您可以现在输入您要使用的查找表的名称（并按回车）。

 Enter name of piecewise colour coding file to load: /where/the/lookup/table/is/hotred

这就是“热红”查找表应该包含的内容。文件中的每一行都提供一个区间点及其颜色。最后 3 个数字代表红色、绿色、蓝色（0 = 无，1 = 满），第一个数字指示该颜色应该出现在区间的哪个位置。在本例中，在区间的开始（0.00）是黑色（0.0 0.0 0.0），这意味着每种颜色都没有。在中间（0.50）是红色，带有一半蓝色（1.0 0.0 0.5），在热红光谱的末端是白色（1.0 1.0 1.0）。

  $ cat /where/the/lookup/table/is/hotred
  0.00 0.0 0.0 0.0
  0.25 0.5 0.0 0.0
  0.50 1.0 0.0 0.5
  0.75 1.0 0.5 1.0
  1.00 1.0 1.0 1.0

回到 Display 中，您将看到颜色的变化。

步骤 3：透明度

Display 中步骤概述

点击“空格弹出菜单”或按空格键进入主菜单（如果您尚未在其中）。
点击“D 颜色编码”或按“d”。
点击“Z 下颜色：黑色”或按“z”。
在命令行中输入“transparent”并按“回车”。
调整 Display 屏幕左侧颜色的阈值。

在 Display 中，屏幕左侧有一个颜色滑块，它作用于当前可见层的颜色。在将“下颜色”切换为透明后，您可以将上下颜色的指示器拖动到所需位置。您可以看到，当透明度打开时，只要您更改可见颜色范围，下一层（默认情况下为“热金属”颜色）就会显示出来。

步骤 4：处理第二层

到目前为止，我们所做的所有操作都是针对“顶层”，它是 Display 的最后一个参数（在本例中为 tstats.mnc）。我们最初给出的三个参数是 final-nlin.mnc、tstats.mnc 和 tstats.mnc。我们现在将转到第二层（tstats.mnc）并使用该层来显示负的 t 统计量值。

Display 中步骤概述

点击“空格弹出菜单”或按空格键进入主菜单（如果您尚未在其中）。
点击“S 切片视图”或按“s”。
点击“T 当前体积：3”或按“t”。
点击“T 当前体积：1”或按“t”（再次，这样我们现在就在处理第 2 层）。
点击“空格弹出菜单”或按空格键进入主菜单。
点击“T 文件”或按“t”。
点击“Y 加载用户定义 ColCo”或按“y”。
在命令行中输入：“/where/the/lookup/table/is/hotblue”并按“回车”。
点击“空格弹出菜单”或按空格键进入主菜单。
点击“D 颜色编码”或按“d”。
点击“Z 下颜色：黑色”或按“z”。
在命令行中输入“transparent”并按“回车”。
调整 Display 屏幕左侧颜色的阈值。

这就是 hotblue 文件应该包含的内容。

  $ cat /where/the/lookup/table/is/hotblue
  0.00 0.0 0.0 0.0
  0.25 0.0 0.0 0.5
  0.50 0.0 0.5 1.0
  0.75 0.5 1.0 1.0
  1.00 1.0 1.0 1.0

在本例中，请确保将显示范围的顶部/上端指示器拖动到显示范围的底部/下端指示器下方。

步骤 5：处理第一层并清理

我们需要做的最后一件事是更改大脑的颜色（灰色与蓝色和红色搭配起来更好），消除可见的光标，以及使各层的插值看起来更好。

Display 中步骤概述

点击“空格弹出菜单”或按空格键进入主菜单（如果您尚未在其中）。
点击“S 切片视图”或按“s”。
点击“T 当前体积：2”或按“t”。
点击“T 当前体积：3”或按“t”（再次，这样我们现在就在处理第 1 层）。
点击“空格弹出菜单”或按空格键进入主菜单。
点击“D 颜色编码”或按“d”。
点击“D 灰色度”或按“d”。
点击“空格弹出菜单”或按空格键进入主菜单。
### 消除可见的光标 ###
点击“F 分割”或按“f”。
点击“4 光标可见：开”或按“4”。
点击“空格弹出菜单”或按空格键进入主菜单。
### 提高插值质量 ###
点击“Q 体积配置”或按“q”。
点击“S 插值：近邻”或按“s”。
（您可以再次按 s，将插值从三线性更改为三立方）

进一步阅读

有关更多信息，请访问 [麦吉尔大学麦康奈尔脑成像中心网站] 获取 Display 手册。