银河战士Prime/Boss
《银河战士Prime》中的第一个Boss，寄生女王位于太空海盗护卫舰的主反应堆中。它被旋转的护盾包围，并从口中喷射酸液。用导弹和光束射击它的嘴巴来击败它。
弗拉格拉是一种大型变异植物，是乔伊遗址有毒水源的来源。它被四个反射阳光的碟子包围，需要持续的太阳能。它的根部是它的弱点。击败弗拉格拉后会获得瓦利亚服，这可以保护萨姆斯免受熔岩洞穴中的过热区域的影响。
萨杜斯是太空海盗制造的实验体，他们对一群岩石使用了辉石，但海盗们放弃了试图将其平息，因为它变得太危险了。萨杜斯能够控制天气、滚成球状、投掷巨石以及将敌人包裹在冰中。它居住在芬德拉漂流区的隔离洞穴中。击败萨杜斯可以获得蜘蛛球。
Ω海盗居住在辉石矿区。它是一个极其巨大的精英海盗，能够隐形并再生生命值。许多粉丝认为它是游戏中最难对付的Boss之一。它用强壮的手臂、波动震荡发生器和导弹发射器进行攻击。击败Ω海盗后，萨姆斯将获得辉石服，可以保护她免受辉石伤害。
与究极利德利的战斗发生在塔隆奥弗沃尔德的陨石坑上方。究极利德利有两种形态：飞行形态和地面形态，它使用多种武器和近战攻击。它的弱点是胸前的宝石。
游戏的最终Boss。它存在两种形态：第一种是蜘蛛状生物，主要进行远程攻击。这种形态对黄色时使用能量光束、蓝色/紫色时使用波动光束、白色时使用冰冻光束以及红色时使用等离子光束较为有效。第二种形态是悬浮的、带有触手的幽灵实体。站在它产生的辉石水池中，用你新获得的辉石光束攻击它。