下一代测序 (NGS)/ABySS

首先，我们需要获取 google sparsehash，假设你没有 root 权限，你的用户名为 USER，我们将安装在本地 include 目录中

 wget http://google-sparsehash.googlecode.com/files/sparsehash-1.11.tar.gz
 tar xvzf sparsehash-1.11.tar.gz
 cd sparsehash-1.11
 ./configure -prefix=/home/USER
 make
 make install

现在获取 ABySS（假设你已经安装了 BOOST 库）

 wget http://www.bcgsc.ca/downloads/abyss/abyss-1.2.7.tar.gz
 tar xzvf abyss-1.2.7.tar.gz
 cd abyss-1.2.7
 ./configure CPPFLAGS=-I/home/USER/include
 make

有关安装过程的更详细信息，请参见 ABySS 条目，或如果你有 Debian 兼容系统，请安装 .deb。

我们现在运行 ABySS，kmer 大小为 25，并且需要至少 n=10 个链接来连接重叠序列。

 cd bin
 ./abyss-pe k=25 n=10 in='SRR001665_1.fastq SRR001665_2.fastq' name=ecoli