下一代测序 (NGS)/表达量化
RNA 测序表达量化
- 目标：估计来自 RNA 测序样本的转录本的相对丰度。
- 生物学问题？
- 输入
- 参考
- 注释基因组 (fasta/gff)
- 转录组 (fasta)
- RNA 测序原始读数 (fastq, Ilumina)。
- 输出
- 每个转录本的相对丰度。
参见 (链接) RNA 测序
该方法中的典型步骤：(表格或工作流程或段落？)
- 数据生成 | 获取一些数据。 | 测序 (链接) RNA 测序技术，
- 获取参考 | 您需要一个包含所有相关转录本的参考，您需要这些转录本的相对丰度 |
- RNA 测序读数 QC | 检查测序本身的质量。 |
- 接头修剪 / 质量过滤 / 污染过滤 | 读数将包含来自转录本以外的技术来源的序列。 |
- 比对 | 将您的读数比对到参考 |
- 量化 | 获取转录本丰度 |
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Example workflow:
Real life workflows: - - - - -
- 获取参考：MetaDB (链接)基因组组装和注释 (链接)转录组从头组装 ....
- QC：SeqWiki：FastQC、KAT
- 修剪：SeqWiki；Trimmomatic、Sickle、Cutadapt....
- 比对：Seqwiki：工具...... ... ... ... ... ... ... .. ....
- Quant：Seqwiki：工具