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OpenClinica 用户手册/安装检查清单

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安装问题检查清单

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如果您按照安装说明操作,但结果不符合预期,则可能是多种原因造成的。在您向 OpenClinica 邮件列表发送邮件,内容为“我的安装没有成功:为什么?”之前,建议先检查以下清单。如果您能缩小问题范围,例如“创建 Postgres 数据库不成功”,将非常有帮助。

检查您是否拥有正确的 OpenClinica 版本

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下载 OpenClinica 页面 提供了多个不同版本的 OpenClinica。如果您是初学者,您很可能需要最新的稳定版本,看起来像 OpenClinica-n.n.n(常规 OpenClinica 版本),而不是 OpenClinica-ws-n.n.n(Web 服务版本)或 OpenClinica-ws-caBIG-n.n.n(带 caBIG 的 Web 服务)。

检查您正在运行的软件版本

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将您正在运行的软件版本与 下载 OpenClinica 页面 的要求部分列出的要求进行比较。有时,最新版本的软件(Tomcat 或 Postgres)与最新版本的 OpenClinica 不兼容(例如,OpenClinica 3.1.4.x 与 Tomcat 7+ 或 Postgres 9.0+ 不兼容)。

使用不受支持版本的非明显影响

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即使您的安装看起来运行正常,也可能存在一些与使用不受支持版本相关的错误,这些错误在您创建第一个研究后才变得明显。

例如,对于 OpenClinica 3.1.4 和 3.1.3.1(以及更早版本),使用 Tomcat 6.0.36 而不是推荐的 6.0.32 会导致在 Linux 和 Windows 系统上显示不活动的“开始新线程”链接,该链接位于差异说明弹出窗口中 (查看此邮件列表主题)。此错误阻止将多个差异说明(轻松地)添加到研究中的每个项目,因此阻止为标记为已完成的 CRF 上的项目保存多个编辑,其中研究启用了“在管理数据输入期间强制更改原因”。

检查 Tomcat 正常运行

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要检查这一点,请打开一个 Web 浏览器,例如 Firefox 或 Internet Explorer。键入您安装 Tomcat 的服务器地址,然后加上您指定的端口号。如果您使用了所有默认值,则为端口 8080。您可以使用 IP 地址或名称,例如 http://www.myserver.org:8080 或 http://[ip-address]:8080。

如果您在本地计算机上安装了 Tomcat,请使用 https://127.0.0.1:8080

您现在应该看到 Apache 软件基金会的一个页面,上面写着“如果您通过 Web 浏览器看到此页面,则表示您已成功设置 Tomcat。祝贺您!”

如果您没有看到此页面,请检查您的 Tomcat 日志文件,您可能会看到关于 Tomcat 无法分配内存的错误。您可以减少 Tomcat 尝试分配的内存量(例如,在 Windows 上降低最大内存池值),或者增加可用内存量。

检查 Tomcat 识别 OpenClinica

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要检查 Tomcat 是否正确识别 OpenClinica,您可以使用 Tomcat 管理员页面。但在您访问此页面之前,必须在文件 tomcat-users.xml 中添加具有 tomcat-manager-role 的用户。此文件位于 Tomcat 目录结构中的 conf/tomcat-users.xml 中。在其中添加两行
<role rolename="manager"/>
<user username="tomcat" password="s3cret" roles="manager"/>

关闭并启动 Tomcat。转到上面描述的默认页面,http://www.myserver.org:8080 或 localhost:8080。如果您位于 Tomcat 的第一页,请单击左上角标有“Tomcat 管理器”的链接。在打开的页面中,您会看到所有应用程序的列表。在此列表中,您应该看到一个名为“OpenClinica 3.0”的条目。

检查 OpenClinica 正在运行

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在上面描述的 Tomcat Web 应用程序管理器中,转到“OpenClinica”行,并检查第三列“正在运行”:它应该为“true”。如果为“false”,请单击第四列中的“启动”。如果这是 OpenClinica 第一次运行,请耐心等待!Tomcat 必须遍历归档文件、war 文件并进行部署。在速度慢的机器上,这可能需要 10 分钟或更长时间。如果 OpenClinica 的状态为 True/正在运行,则单击左列中的链接以获取 OpenClinica 登录屏幕。

检查 Postgres 正在运行

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对于 Linux,键入“ps -u postgres”,如果出现输出,则一切正常。对于 Windows,转到“配置-系统-服务”,查找 PostgreSQL,然后检查其状态。

检查用户 clinica 和数据库 openclinica 是否存在于 Postgres 中

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打开 psql。键入“\du”。您将获得所有用户的列表,其中(超级)用户“clinica”应该在其中。接下来键入“\l”。这将列出所有数据库,其中一个应该是“openclinica”,所有者为“clinica”,编码为“UTF8”。

检查您的 datainfo.properties

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这是一个显而易见的问题:检查您更改或注释掉的每一行!尤其是 postgres 用户的用户名和密码。从 OpenClinica 3.4 开始,存在一种奇怪但预期的行为:最初,datainfo.properties 文件会创建在 /usr/local/tomcat/webapps/OpenClinica/WEB-INF/classes 中。但在重新启动应用程序后,该文件将移动到 /usr/local/tomcat/openclinica.config。确保您编辑的是正确的 datainfo.properties 文件。

向 OpenClinica 社区发送邮件

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完成以上清单后,您应该更清楚需要询问哪些问题。接下来,总结一下您的系统的规格以及以下软件的版本:

  1. 操作系统
  2. Tomcat
  3. Postgres/Oracle
  4. OpenClinica
  5. 您认为重要的其他一切

然后关闭 Tomcat。转到您的日志文件目录并删除所有文件。现在启动 Tomcat,等待错误再次发生。关闭 Tomcat。将所有日志文件压缩成一个压缩文件。最后一步:将 datainfo.properties 文件(webapps\OpenClinica\WEB-INF\classes)添加到压缩文件中。您可能需要从该文件中删除任何敏感信息,例如数据库用户名和密码。

现在,您可以向邮件列表发送邮件,内容包括您的安装问题、系统规格、您检查的内容以及包含日志文件的压缩文件。

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