OpenClinica 用户手册/Ubuntu1010
本文档描述了在 Linux UBUNTU 服务器版本 10.10 上安装 OpenClinica 版本 3.0.4.1 的过程。
- apt-get update
- apt-get install postgresql-8.4
- PostgreSQL 的默认 TCP 端口：5432
- 配置文件（版本 8.4）：/etc/postgresql/*
- 集群数据（版本 8.4）：/var/lib/postgresql/{version}/{cluster}/*
- 为 PostgreSQL 帐户设置密码：postgres
- su postgres
- psql postgres
- ALTER ROLE postgres WITH ENCRYPTED Password “yoursecretpassword”;
- 使用新密码登录 PostgreSql 数据库：psql –hlocalhost –U postgres –W
- 修改 /etc/postgresql/{version}/{cluster}/postgresql.conf
listen_address = “IP_address, localhost” 并保存
- 修改 /etc/postgresql/{version}/{cluster}/pg_hba.conf
添加以下行：host ALL ALL IP/mask md5
- 重启 PostgreSQL：service postgresql restart 或 /etc/init.d/postgresql restart
- 如果您有防火墙，请打开 TCP 5432 端口
- netstat –ant | grep 5432
- ps –aux | grep postgres
- psql --version
- chkconfig --list | grep postgresql
要安装 Tomcat 6 和 JDK 6
- apt-get update
- apt-get install openjdk-6-jdk tomcat6 tomcat6-admin tomcat6-common tomcat6-docs tomcat6-examples
- Apache Tomcat 6 配置文件：/etc/tomcat6
- CATALINA_BASE 和 CATALINA_HOME = /var/lib/tomcat6
- TCP 默认端口：8080
- http://ip_address:8080
- JDK6
- JAVA_HOME: /usr/lib/jvm/
- java –version // 检查当前 JVM 版本
在此阶段，我们应该已经安装了系统上 OpenClinica 所需的所有应用程序。
OpenClincia 应用程序需要访问目录，例如一旦应用程序运行，CRFs、数据提取集等将存储在该目录中。您可以在服务器上的任何位置创建它，只要 tomcat6 用户（在本文档中，您可能希望创建不同的用户来运行 tomcat 服务器）可以访问它即可。例如，我在 /var/OpenClinica/ 下拥有所有安装在我的服务器上的 OpenClinica 实例使用的所有文件夹（这将更容易备份您的 OpenClinica 数据）。
设置 OpenClinica Web 应用程序、数据文件夹和 PostgreSQL 数据库所需的通用步骤
- 请下载您要安装的 OpenClinica 版本，解压缩并阅读安装说明（建议）。
- 在 OpenClinica 安装使用的 PostgreSQL 数据库上创建角色和数据库（您从 OpenClinica 网站下载的文件中包含适当的脚本）。
- 为 OpenClinca 准备数据文件夹，并确保 tomcat6 用户可以读取和写入此位置；您可以在以下位置创建两个文件夹：/var/OpenClinica/{OC_instancename}/
- 一个用于 OpenClinica 的数据
- 第二个用于 OpenClinica 实例的日志
- 部署 OpenClinica.war（通过更改 war 文件的名称，您可以在 Apache Tomcat 6 服务器上部署多个 OpenClinica 实例）
- 按照有关如何在 Apache Tomcat 6 服务器上部署 war 文件的说明进行操作，或者使用 Tomcat WE Application Manager
- 允许最多 1 分钟在 Apache Tomcat 6 服务器上部署您的新安装（当然，这取决于您的服务器有多少内存和 CPU，检查 java 是否正在通过发出 top 命令来完成）
- 您应该在 tomcat6 的“webapps”文件夹中拥有 OpenClinica 实例
- 停止 tomcat 6 服务器：service tomcat6 stop
- 编辑您实例的文件 /var/lib/tomcat6/webapps/{OC_instanceName}/WEB-INF/classes/datainfo.properties
- 您必须提供此实例的 OpenClinica 数据文件夹的路径
- PostgreSQL 服务器的用户名、密码和数据库
- 启动 tomcat6：service tomcat6 start
根据 CPU 和内存，此步骤可能需要几分钟才能完成（您可以使用 top 命令工具监控 java 进程的活动）如果一切顺利，您应该能够访问您的实例：http://IP_tomcat6_server:8080/OpenClinica_instancename
查看：https://tomcat.net.cn/tomcat-6.0-doc/ssl-howto.html
我们将使用 APR 的 SSL（SSL 自签名服务器证书和私钥）
- 安装额外的软件包
- apt-get update
- 我们安装本机库和 APR 库
- apt-get install libtcnative-1 libapr1 libaprutil1
- 编辑 tomcat 6 配置文件：/etc/tomcat6/server.xml
- 启用 APR 监听器
- 启用 APR 上的 SSL
- 指定 SSL 连接的参数
- SSL 服务器证书的路径
- SSL 服务器私钥的路径
- 重启 tomcat6 服务器：service tomca6 restart
- netstat –ant | grep 8443 // 检查服务器是否在用于 SSL 连接的 tomcat 6 的默认 8443 TCP 端口上监听
- 我们必须备份 OpenClinica 实例文件
- Apache Tomcat 6 配置文件
- PostgreSql 配置文件
- OpenClinica 实例的数据文件夹
- OpenClinica 的数据库
- 尚未完成