几乎所有脊椎动物化石都由已故标本的骨骼代表。这些可以是部分或完整的骨骼遗骸的形式，但对于许多物种来说，所有发现的只是个别骨骼。物种的部分证据可能导致对其分类的争议，许多物种被归类为 疑名，表明它们与其他物种的关系未知。有时会遗留直接印记，例如皮肤、羽毛或鳞片，通常是因为沉积很细，化石没有经历任何重大的变化，如压缩。其他时候会遗留痕迹化石，如粪便、脚印、洞穴等。
