基因组会随着时间推移而发生变化。存在突变、缺失、插入和其他重排，它们会改变生物体的基因和基因组。当我们重建一组生物体的系统发育时，我们必须首先创建一个比对，其中每一列、位点对应于每个末端。必须这样做，因为每种系统发育方法都执行基于位点的重建。
在本章中，我们讨论了一些最常见的比对创建方法。这提供了一个基本概述，但是有许多方法可以实际执行比对估计。
