广义的蛋白水解加工是指蛋白质或蛋白质复合物加工另一种蛋白质或蛋白质复合物以修饰其活性。这种加工可能导致蛋白质活性的激活、抑制或调节。许多细胞过程是由蛋白水解加工触发的。蛋白水解加工是蛋白质翻译后修饰的主要部分，用于形成功能性蛋白质复合物。
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