跳转至内容

分子显微镜软件工具/特定软件包

Add links
来自维基教科书，开放世界中的开放书籍

提供一组综合工具，用于分析单类结构问题的数据的软件包。例如，专门针对具有螺旋、二十面体、晶体对称性等对象的软件包。

二维晶体

[编辑 | 编辑源代码]

2dx

[编辑源代码]
一个软件系统，旨在作为用户友好的、平台无关的电子晶体学软件包。2dx 帮助管理图像处理项目，引导用户完成二维晶体图像的处理，并为处理任务和结果提供透明度。算法以类似于 c-shell 脚本的脚本模板的形式实现。它包含一个单粒子最大似然模块和一个 3D 合并功能。2dx 基于 MRC 程序，这些程序通过附加功能扩展，与 2dx 的 GUI 接口，并实现可选的自动处理。
  • 支持： 操作系统：Mac OS X、Linux 图像格式支持：MRC、TIFF、CCP4
  • 成本： 免费/开源，GPL
  • 主要引用出版物
    • Gipson B, Zeng X, Zhang ZY, Stahlberg H (2007). "2dx--user-friendly image processing for 2D crystals". J. Struct. Biol. 157 (1): 64–72. doi:10.1016/j.jsb.2006.07.020. PMID 17055742. {{cite journal}}: Unknown parameter |month= ignored (help)CS1 maint: multiple names: authors list (link)
  • 其他参考资料

二十面体病毒

[编辑 | 编辑源代码]

AUTO3DEM

[编辑源代码]
一个自动化系统，旨在加速从冷冻二十面体病毒颗粒图像中确定三维结构的计算密集型过程。在最少的用户输入和干预的情况下，AUTO3DEM 管理主要图像重建程序之间的数据流，监控计算进度，并在模型分辨率提高时智能地更新输入参数。

螺旋

[编辑 | 编辑源代码]

BBHP - 伯恩汉姆-布兰代斯螺旋包

[编辑源代码]
Brandeis 螺旋包已以各种形式使用了一段时间。它最初是为 VAX/VMS 开发的，此后经过多次修改、扩展和移植。我们于 2006 年首次将该包移植到 Linux，使用 Portland Group 编译器。随后，我们重写了部分不受 GNU fortran (g77) 支持的 fortran 代码，现在该包可以与 gcc/g77 编译并运行。这使我们能够支持更多现代平台。更名为 Burnham-Brandeis 螺旋包的软件现在可以在 32 位 Linux、64 位 Linux、Mac OS X（Intel）甚至运行 Cygwin 的 Windows 上运行。同时，在移植到 Linux 时，我们抓住机会用更新的程序替换了软件包的主要 GUI 部分。我们花了一些时间修改了来自 SUPRIM 的基于 Tcl/Tk 的 GUI 程序 Tkir（图像查看器）和 Tkll（层线查看器）以支持插件架构，这样我们就可以编写新的插件来添加功能，而无需进一步修改核心代码库。第一个，tkinterp，在 Tkir 中提供了一个用于选择层线的界面，取代了旧的 interp 程序。第二个，brandeisll，是 Tkll 的插件，用于支持显示 Burnham-Brandeis 螺旋包“interp”层线和 Bessel 函数格式。我们还将 AVID 软件作为软件包的一部分包含在内，用于分析螺旋内的方差。
  • 支持： 操作系统：Linux 图像格式支持：MRC
  • 费用： 免费
  • 主要引用出版物
    • Owen CH, Morgan DG, DeRosier DJ (1996). "螺旋形物体的图像分析：Brandeis 螺旋包". J. Struct. Biol. 116: 167–175. PMID 8742740. {{cite journal}}: Cite has empty unknown parameter: |month= (help)CS1 maint: multiple names: authors list (link)
  • 其他参考资料
    • Rost LE, Hanein D, DeRosier DJ (1998). "对称偏差的重建：分析部分装饰的 F-肌动蛋白和其他不完整结构的程序". Ultramicroscopy. 72: 187–197. PMID 9639941. {{cite journal}}: Cite has empty unknown parameter: |month= (help)CS1 maint: multiple names: authors list (link)


IHRSR

[edit source]
迭代螺旋实空间重建 (IHRSR) 算法可以在传统傅里叶-贝塞尔方法有时失败的情况下重建螺旋丝。例如，当存在无序或异质性时，当样本衍射微弱时，或当贝塞尔函数重叠时。
  • 支持： 操作系统：Linux 图像格式支持：SPIDER
  • 费用： 免费
  • 主要引用出版物


Phoelix

[edit source]
一组用于螺旋处理的程序和算法，我们称之为 PHOELIX 软件包。该软件包的开发目的是为从具有螺旋对称性的样本确定三维密度图提供一种时间高效且半自动化的方法。PHOELIXn 中包含的程序源自原始的 MRC 螺旋处理套件，并进行了扩展，主要使用 SUPRIM 图像处理软件包开发。该软件包目前的形式已针对肌动蛋白-肌球蛋白丝的处理进行了优化，但已修改并应用于其他螺旋结构。
  • 支持： 操作系统：Unix 图像格式支持：MRC/suprim
  • 费用： 免费/开源
  • 主要引用出版物
    • Whittaker M, Carragher BO, Milligan RA (1995). "PHOELIX：用于半自动螺旋重建的软件包". Ultramicroscopy. 58 (3–4): 245–59. PMID 7571117. {{cite journal}}: Unknown parameter |month= ignored (help)CS1 maint: multiple names: authors list (link)
  • 其他参考资料


Ruby-Helix

[edit source]
一组用于分析有无接缝的“螺旋”对象的程序。Ruby-Helix 基于 Ruby 编程语言构建，是第一个用于实际图像分析的非对称螺旋重建实现。它还允许更轻松的半自动分析，执行迭代反弯和准确确定重复长度。
  • 支持： 操作系统：Fedora，Mac OS X 图像格式支持：MRC
  • 成本： 免费/开源，GPL
  • 主要引用出版物
    • Metlagel Z, Kikkawa YS, Kikkawa M (2007). "Ruby-Helix：基于面向对象的脚本语言的螺旋图像处理实现". J. Struct. Biol. 157 (1): 95–105. doi:10.1016/j.jsb.2006.07.015. PMID 16996276. {{cite journal}}: Unknown parameter |month= ignored (help)CS1 maint: multiple names: authors list (link)
  • 其他参考资料


斯托克斯实验室程序

[编辑源代码]
用于螺旋晶体的图像处理软件：概述、使用 MRC 螺旋处理软件的程序和提示，该软件已被包括 Chikashi Toyoshima、Nigel Unwin、David DeRosier 和 David Stokes 在内的多个团队修改。
  • 支持: 操作系统: Unix 图像格式支持: MRC
  • 费用： 免费/开源
  • 主要引用出版物
    • 未出版

单个粒子

[编辑 | 编辑源代码]

Frealign

[编辑源代码]
Frealign 提供针对有效细化三维重建和校正显微镜对比度传递函数的算法，用于通过单个粒子电子显微镜确定大分子结构。
  • 支持: 操作系统: Linux、IRIX、OSF、Mac OS X 图像格式支持: MRC、Spider、IMAGIC
  • 成本： 免费/开源，GPL
  • 主要引用出版物


PFT3DR

[编辑源代码]
PFT3DR 是一个用于确定成像粒子的方向和原点以及根据图像及其分配的方向和原点计算三维重建的软件包。这些程序是 Baker 和 Cheng (2000) 开发的 PFT 算法以及 Crowther 等人 (1970) 开发的傅立叶贝塞尔重建算法的增强版本。最初的 PFT3DR 程序适应性仅限于二十面体病毒，但已增强为支持生物粒子中发现的几乎所有对称性。PFT3DR 网站上描述了其他增强功能。


搜索/细化/构建

[编辑源代码]
Search_Fspace、Refine_Fspace 和 Build_Fspace 是相对简单的程序，用于计算和细化 3D 地图。许多使用的程序类似于 Frealign 应用的方法。提供的网站还有一些其他有用的工具，用于处理显微照片、MRC 图像堆栈和参数文件。
  • 支持： 操作系统：Linux 图像格式支持：MRC
  • 成本： 免费/开源，GPL
  • 主要引用出版物
    • Lau, W.C.Y, Rubinstein, J.L. (2012). "亚纳米级分辨率下完整嗜热栖热菌H+-驱动ATP合酶的结构". 自然. 481: 214–218. PMID 22753497. {{cite journal}}: 引文有空缺的未知参数: |1= (帮助)CS1 maint: 多个名称: 作者列表 (链接)
  • 其他参考资料
    • Benlekbir S, Bueler SA, Rubinstein JL (2012). "酿酒酵母液泡型ATP酶的11埃分辨率结构". 自然结构与分子生物学. 19 pages=1356-52. PMID 23142977. {{cite journal}}: 引文有空缺的未知参数: |1= (帮助); 缺少管道符号: |volume= (帮助)CS1 maint: 多个名称: 作者列表 (链接)

断层扫描

[编辑 | 编辑源代码]

ASTRA 工具箱

[编辑源代码]
ASTRA 工具箱是一个开放平台，用于断层扫描中的 3D 图像重建。ASTRA 工具箱提供了一套广泛的快速（GPU 加速）和灵活的构建块，可用于高级重建算法。
  • 支持: 操作系统: Linux, Microsoft Windows 图像格式支持: EM, MRC, Matlab
  • 费用： 免费
  • 主要引用出版物
  • 其他参考资料


EM3D

[编辑源代码]
EM3D 是一款旨在分析和可视化电子显微镜 (EM) 断层扫描数据的软件应用程序。它特别适用于细胞和分子生物学家。从多个倾斜角度拍摄的 2D 电子显微照片倾斜序列，该程序可以执行自动对齐并快速将这些数据渲染成清晰的 3D 模型，这使得您能够旋转物体以进行查看。此外，EM3D 还提供分析工具来量化模型中的结构信息，包括它们的矩、邻近关系和空间可靠性。所有这些功能都可以通过非常直观的图形用户界面执行。EM3D 可免费供 PowerPC 或 Intel 的 Mac OS X 以及 Windows 使用。EM3D 由斯坦福大学医学院神经生物学和结构生物学教授 U. J. McMahan 博士的实验室开发，并继续在德克萨斯 A&M 大学生物系进行开发。
  • 支持: 操作系统: Windows, Mac OS X for PowerPC or Intel 图像格式支持:
  • 费用: 学术用途免费
  • 主要引用出版物
    • Ress D, Harlow ML, Schwarz M, Marshall RM, McMahan UJ (1999). "用于电子断层扫描倾斜序列中基准标记的自动采集和图像对齐的方法". J 电子显微镜 (东京). 48 (3): 277–87. PMID 10425746EM3D 的自动对齐倾斜图像方案进行了描述。{{cite journal}}: CS1 maint: 多个名称: 作者列表 (链接) CS1 maint: 后记 (链接)
  • 其他参考资料
    • Ress DB, Harlow ML, Marshall RM, McMahan UJ (2004). "从电子显微镜断层扫描数据生成高分辨率结构模型的方法". 结构体. 12 (10): 1763–74. doi:10.1016/j.str.2004.07.022. PMID 15458626详细介绍了 EM3D 模型生成方法。 {{cite journal}}: 未知参数 |month= 被忽略 (帮助)CS1 maint: 多个名称: 作者列表 (链接) CS1 maint: 后记 (链接)
    • Harlow ML，Ress D，Stoschek A，Marshall RM，McMahan UJ (2001)。“青蛙神经肌肉接头活性区材料的结构”。自然. 409 (6819): 479–84。 doi:10.1038/35054000。 PMID 11206537EM3D 首次用于在宏观分子分辨率下揭示细胞结构。 {{cite journal}}: 未知参数 |month= 被忽略 (帮助)CS1 maint: 多个名称：作者列表 (链接) CS1 maint: 后记 (链接)
    • Petersen JD，Chen X，Vinade L，Dosemeci A，Lisman JE，Reese TS (2003)。“突触后密度（PSD）-95 和 Ca2+/钙调蛋白依赖性蛋白激酶 II 在 PSD 的分布”。J. 神经科学. 23 (35): 11270–8。 PMID 14657186EM3D 用于检查大脑突触中突触后密度的结构。 {{cite journal}}: 未知参数 |month= 被忽略 (帮助)CS1 maint: 多个名称：作者列表 (链接) CS1 maint: 后记 (链接)
    • Ress, D., Harlow, M.L., Marshall, R.A., and McMahan, U.J. (2003)。“使用电子显微镜断层扫描数据获得等密度表面模型的优化方法”。IEEE 第 25 届年度国际会议论文集. pp. 774–777描述了 EM3D 创建最佳等密度表面模型的方法。{{cite book}}: CS1 maint: 多个名称：作者列表 (链接) CS1 maint: 后记 (链接)


IMOD

[编辑源代码]
IMOD 是一套图像处理、建模和显示程序，用于断层扫描重建以及 EM 连续切片和光学切片的 3D 重建。该软件包包含用于在多种类型和大小的图像堆栈中组装和对齐数据的工具，用于从任何方向查看 3D 数据，以及用于图像文件建模和显示的工具。它包含一个完整的图形用户界面，用于生成断层图，结合围绕两个轴进行的倾斜系列的断层图，以及从连续切片堆叠断层图。
  • 支持： 操作系统：Linux、Windows、Mac OS X 图像格式支持：MRC、TIFF
  • 成本： 免费/开源，GPL
  • 主要引用出版物
  • 其他参考资料


protomo

[编辑源代码]
Protomo 是一套主要用于电子断层扫描的程序和 shell 脚本。除了某些一般的图像处理功能外，它还提供了用于预处理显微照片、对未倾斜和倾斜样品的图像进行 CTF 校正、对倾斜系列进行无标记对齐以及 3D 重建的例程。
  • 支持： 操作系统：Linux 图像格式支持：大多数格式
  • 费用： 免费
  • 主要引用出版物
  • 其他参考资料
    • Winkler H，Taylor KA (2006)。“在电子断层扫描中同时进行几何确定和重建倾斜系列的准确无标记对齐”。超显微镜. 106 (3): 240–54。 doi:10.1016/j.ultramic.2005.07.007。 PMID 16137829. {{cite journal}}: 未知参数 |month= 被忽略 (帮助)
    • Winkler H，Taylor KA (2003)。“应用于电子断层扫描中使用的倾斜系列图像数据的焦点梯度校正”。J. 结构生物学. 143 (1): 24–32。 PMID 12892723. {{cite journal}}: 未知参数 |month= 被忽略 (帮助)
    • Taylor KA, Tang J, Cheng Y, Winkler H (1997). "利用电子断层扫描技术分析无序蛋白质阵列的结构". J. Struct. Biol. 120 (3): 372–86. doi:10.1006/jsbi.1997.3932. PMID 9441940. {{cite journal}}: 未知参数 |month= 被忽略 (帮助)CS1 maint: 多个名字：作者列表 (链接)


PyTom

[编辑源代码]
PyTom 是一个基于 Python 的断层扫描分析软件包。它支持诸如通过模板匹配进行粒子定位和识别，亚断层扫描平均以及亚断层扫描分类等任务。该软件包是开源的，不依赖任何商业软件并且与平台无关。Python 的实现应允许轻松编写脚本以执行特定任务。


RAPTOR

[编辑源代码]
用于断层扫描重建的鲁棒对齐和投影估计（RAPTOR）是一个可免费获得的软件，用于对从电子显微镜获得的原始堆栈进行对齐以用于断层扫描目的。旨在自动获得与通过扩展手动干预获得的对齐方式相当的全精度对齐方式。图像中需要标记粒子才能进行对齐。它被设计为与 IMOD 软件兼容，因此可以使用 IMOD 的常用工具来检查对齐结果和重建结果。
  • 支持： 操作系统：Linux 图像格式支持：MRC
  • 费用： 免费
  • 主要引用出版物
    • Amat F, Moussavi F, Comolli LR, Elidan G, Downing KH, Horowitz M (2008). "基于马尔可夫随机场的电子断层扫描图像自动对齐". J. Struct. Biol. 161 (3): 260–75. doi:10.1016/j.jsb.2007.07.007. PMID 17855124. {{cite journal}}: 未知参数 |month= 被忽略 (帮助)CS1 maint: 多个名字：作者列表 (链接)


SerialEM

[编辑源代码]
SerialEM 是一个用于在 Tecnai 和更新的 JEOL 显微镜上获取电子断层扫描倾斜序列的程序。它采用了一种基于从先前倾斜位置预测倾斜序列中样本位置的方法。使用这种方法，它既能实现旧的倾斜序列采集方法的鲁棒性（在每次倾斜时跟踪和聚焦），又能实现新的预校准方法的速度。它为相机控制和图像采集、查看和保存提供了一个完整的界面。它包括低剂量模式，用于在感兴趣区域之外进行跟踪和聚焦，能量过滤器控制，使用重叠帧蒙太奇获取倾斜序列，以及用于映射网格并返回选定位置的导航器模块。它支持 Gatan、Tietz、FEI、AMT 和一些 Direct Electron CCD 相机。
  • 支持: 操作系统: Microsoft Windows 图像格式支持: MRC
  • 费用: 学术用途免费
  • 主要引用出版物


TOM 工具箱

[编辑源代码]
断层扫描工具箱是一组扩展 MATLAB（+ 图像处理工具箱）数值计算环境功能的函数。该工具箱支持广泛的断层扫描功能。
  • 自动数据采集程序已深刻地改变了电子断层扫描 (ET) 的前景。具有自动调整功能的复杂数据采集方案最大限度地减少了样本暴露于电子束的时间，而复杂的图像分析程序从噪声数据集中提取了最大信息量。“TOM 软件工具箱”集成了成熟的算法和新概念，这些算法和概念专门针对低剂量 ET 的特殊需求。它为所有处理步骤（采集、对齐、重建和分析）提供了一个用户友好的统一平台。它被设计为一组计算程序，是一个高度灵活框架中的完整软件解决方案。TOM 代表了一种使用电子显微镜的新方式，可以作为未来高通量应用的基础。
  • 支持: 操作系统: Linux，Microsoft Windows 图像格式支持: EM，MRC，Spider
  • 费用： 免费
  • 主要引用出版物
    • Nickell S, Förster F, Linaroudis A; et al. (2005). "TOM 软件工具箱：用于电子断层扫描的采集和分析". J. Struct. Biol. 149 (3): 227–34. doi:10.1016/j.jsb.2004.10.006. PMID 15721576. {{cite journal}}: 在 |author= 中显式使用 et al. (帮助); 忽略未知参数 |month= (帮助)CS1 maint: 多个名称：作者列表 (链接)


TomoJ

[编辑源代码]
TomoJ 是 ImageJ 的一个 Java 插件，用于使用 ART、SIRT 和 WBP 算法进行断层扫描重建。它包括免费的参考对齐程序，以及在友好的用户界面中使用标准的互相关方法。


TxBR

[编辑源代码]
从大型格式电子显微镜数据进行断层扫描重建需要特殊程序来处理由电子光学而不是光线光学引起的几何畸变。特别是，电子以曲线路径穿过样品，散焦和其他像差会产生重大影响。TxBR 处理与带电粒子光学相关的几何非线性、由样品变形引起的畸变以及与非标准数据采集模式相关的变换集。此外，TxBR 为连续切片断层扫描的无标记对齐和专门的蒙太奇提供了准备。
  • 支持： 操作系统：Linux、Windows（≥ XP）、Mac OS X（PowerPC 和 Intel） 图像格式支持： MRC
  • 费用： 免费
  • 主要引用出版物
    • S. Phan, A. Lawrence (2008). "大型格式电子显微镜倾斜系列的断层扫描：图像对齐和体积重建". 图像和信号处理大会，第 2 卷. pp. 176–182.
  • 其他参考资料
    • Lawrence A, Bouwer JC, Perkins G, Ellisman MH (2006). "基于变换的反投影用于大型格式电子显微镜倾斜系列的体积重建". J. Struct. Biol. 154 (2): 144–67. doi:10.1016/j.jsb.2005.12.012. PMID 16542854. {{cite journal}}: 忽略未知参数 |month= (帮助)CS1 maint: 多个名称：作者列表 (链接)


UCSF 断层扫描

[编辑源代码]
UCSF 断层扫描是一个集成的软件套件，它提供从目标查找、连续断层扫描数据采集到实时重建的完全自动化，包括单轴和双轴，以及随机锥形数据集的自动采集。该软件是基于一种新方法实现的，其中计算台倾斜被建模为几何旋转。由于台倾斜导致的样品空间运动可以基于先前采集的断层扫描图像来预测。因此，在整个断层扫描数据采集过程中无需采集跟踪和聚焦图像。因此可以实现显著的剂量节省，这对于采集冷冻倾斜系列至关重要。实时重建是通过在小型 Linux 集群（五个双处理器计算机节点）上与在显微镜计算机上运行的 UCSF 断层扫描数据采集同时计算加权反投影来实现的，并使用数据采集过程中生成的无参考标记对齐数据。实时重建的 3D 体积为用户提供了即时反馈，以全面评估实验的所有方面，从样品选择、冰厚度、实验参数到标本制备的质量。为了便于双轴断层扫描数据采集，开发了一种用于目标查找和标本旋转后重新定位的分层方案，并将其与预测性数据采集和实时重建相集成，允许从目标查找到数据采集和 3D 体积重建的完全自动化，用户干预较少。为随机锥形数据采集开发了一种现场方案，其中跟踪和聚焦在与最终锥形倾斜图像相同的位点进行。较低的放大倍率结合较短的曝光时间可显着降低剂量，并允许更大的倾斜步长。该系统还包括一个蒙太奇未倾斜图像的功能，以确保倾斜图像中的所有粒子都可以在重建中使用。


FEI Xplore3D™ 断层扫描套件

[编辑源代码]
Xplore3D 为三维断层扫描采集、重建和可视化提供了一个完整的解决方案，整合在一个软件包中。其先进的功能包括批量采集、双轴断层扫描、低剂量成像、STEM 断层扫描、能量过滤以及用于重建的硬件加速。批量调度允许从多个网格位置进行无人值守的夜间数据采集。准确的交互式对齐例程可以使用互相关（不需要标记）、珠子跟踪或一般特征跟踪。先进的重建技术包括加权反投影、ART 和 SIRT。Xplore3D 包括一个后对齐和重建模块，Inspect3D。
  • 支持: 操作系统: Windows XP, 图像格式支持: 大多数图像格式
  • 价格: 价格可根据要求提供，永久使用权许可
  • 主要引用出版物
    • R.H.M. Schoenmakers, R.A. Perquin, T.F. Fliervoet, W. Voorhout, H. Schirmacher (2005). "用于高分辨率、高通量电子断层扫描的新软件". Microscopy and Analysis. 19 (4): 5–6. {{cite journal}}: 未知参数 |month= 被忽略 (帮助)CS1 maint: 多个名称：作者列表 (链接)
  • 其他参考资料
    • Li Peng, Sergey Ryazantsev, Ren Sun, Z. Hong Zhou (2010). "通过电子断层扫描对宿主细胞中γ疱疹病毒生命周期的三维可视化". Structure. 18 (1): 47–58. doi:10.1016/j.str.2009.10.017. PMID 20152152. {{cite journal}}: 未知参数 |month= 被忽略 (帮助)CS1 maint: 多个名称：作者列表 (链接)
    • Linda F. van Driel, Jack A. Valentijn, Karine M. Valentijn, Roman I. Koning, Abraham J. Koster (2009). "应用于人内皮细胞中完整线粒体的相关冷冻荧光显微镜和冷冻电子断层扫描工具". European Journal of Cell Biology. 88 (11): 669–684. doi:10.1016/j.ejcb.2009.07.002. PMID 19726102. {{cite journal}}: 未知参数 |month= 被忽略 (帮助)CS1 maint: 多个名称：作者列表 (链接)
    • Laura van Niftrik, Willie J.C. Geerts, Elly G. van Donselaar, Bruno M. Humbel, Alevtyna Yakushevska, Arie J. Verkleij, Mike S.M. Jetten, Marc Strous (2008). "厌氧氨氧化体的厌氧氨氧化体的结构和化学分析: 一个膜结合的胞质内隔室". Journal of Structural Biology. 161 (3): 401–410. doi:10.1016/j.jsb.2007.05.005. PMID 17604181. {{cite journal}}: 未知参数 |month= 被忽略 (帮助)CS1 maint: 多个名称：作者列表 (链接)

子体积平均

[编辑 | 编辑源代码]

Dynamo

[编辑源代码]
Dynamo 是一个用于冷冻电镜数据的子断层扫描平均和分类的软件包。旨在为用户提供更大的灵活性，以便在标准程序中添加新算法，并将其适用于不同的计算环境，如台式机、多核机器、（多）GPU 或 CPU 集群。它包含多个工具，用于断层扫描可视化和在几种几何形状（如细丝、囊泡、膜）中进行粒子挑选。
  • 支持: 操作系统: Linux，Mac OS，Windows 图像格式支持: .em，.spi，.mrc
  • 价格: 学术用途免费，GPL / BSD
  • 主要引用出版物
    • Castaño-Díez D, Kudryashev M, Arheit M, Stahlberg H (2012). "Dynamo: A flexible, user-friendly development tool for subtomogram averaging of cryo-EM data in high-performance computing environments". J Struct Biology (3). doi:http://dx.doi.org/10.1016/j.jsb.2011.12.017. {{cite journal}}: Check |doi= value (help); External link in |doi= (help)CS1 maint: multiple names: authors list (link)


Jsubtomo

[edit source]
Jsubtomo 是一个基于 Bsoft 的开源软件包，用于对断层扫描子体积进行平均。它包含使用约束互相关定位断层扫描中子体积、缺失楔形加权平均和精炼的工具。可以轻松地包含粒子方向的初始估计来约束精炼。Python 脚本可用于并行处理和迭代精炼。
  • 支持: 操作系统: Linux、Mac OS、Windows 图像格式支持: 大多数，包括 .map、.mrc、.em、.spi、.img、.pif
  • 费用： 免费
  • 开发语言: C
  • 主要引用出版物
    • Huiskonen JT, Hepojoki J, Laurinmäki P, Vaheri A, Lankinen H, Butcher SJ, Grünewald K. (2010). "Electron cryotomography of Tula hantavirus suggests a unique assembly paradigm for enveloped viruses". J Virology. 84 (10): 4889–97. doi:10.1128/JVI.00057-10.{{cite journal}}: CS1 maint: multiple names: authors list (link)


PEET

[edit source]
PEET 是一个用于子体积对齐、平均和分类的开源软件包。PEET 最容易与 IMOD 结合使用。
  • 支持: 操作系统: Linux、Mac OS-X、Windows 图像格式支持: .mrc
  • 费用: 免费，GPL
  • 开发语言: Matlab、C、C++
  • 主要引用出版物
    • Nicastro D, Schwartz C, Pierson J, Gaudette R, Porter M, McIntosh J.R. (2006). "The molecular architecture of axonemes revealed by cryoelectron tomography". Science. 313 (5789): 944–948. doi:10.1126/science.1128618.{{cite journal}}: CS1 maint: multiple names: authors list (link)

质量测量

[edit | edit source]

MASDET

[edit source]
一种快速、用户友好的多平台软件，用于通过暗场电子显微镜测定质量。MASDET 提供了几个用于主要质量分析步骤的子程序，即图像显示和感兴趣区域 (ROI) 选择、质量评估和数据分析。两种程序模式构成了质量测定的核心程序：（i）程序模式 AREA 确定片状结构（例如，蛋白质 S 层、薄有机和无机薄膜）的面积质量，以及球形结构（例如，单个大分子、球形组装体、有机/无机纳米粒子）的盒体质量，以及（ii）程序模式 FILAMENT 确定单个 ROI 中丝状结构（例如，中间丝、DNA-蛋白质复合物、烟草花叶病毒、纳米线）的长度质量。单个 ROI 中质量数据的统计分析包含图形数据显示（直方图和 XY 图），并允许拟合高达 10 个高斯曲线。暗场显微照片还可以使用蒙特卡罗模拟的数据重新计算为质量厚度分布或质量厚度图。
Retrieved from "https://wikibooks.cn/w/index.php?title=Software_Tools_For_Molecular_Microscopy/Specific_packages&oldid=3065815"
华夏公益教科书