大多数敌人可以通过踩踏、火球或浣熊尾巴的挥舞来消灭。虽然火球和尾巴攻击只能获得 100 分,但连续踩踏多个敌人而不着地可以获得额外积分。链条中的第一个敌人价值 100 分,接下来的敌人分别价值 200、400、800、1000、2000、4000 和 8000 分。继续踩踏超过 8000 分的敌人,每消灭一个敌人就会获得一条额外生命。特定敌人可能会提供不同的分数。
子弹比尔
导弹比尔
File:SMB3 enemy Bullet Bill.png 子弹比尔 是比尔发射器发射的黑色大子弹。比尔发射器被战略性地放置在许多关卡中。它们甚至可以在地面上找到,即使是小马里奥也无法躲避飞向他的子弹。尽力避开它们,或者把它们踩踏出路。
File:SMB3 enemy Missile Bill.png 导弹比尔 类似于一个闪烁红色的子弹比尔。导弹比尔会锁定一个目标(比如马里奥),如果它错过了,它会转过身来。但是,一旦它转过身,它会一直沿着直线飞行,直到飞出屏幕或被消灭。
愤怒的太阳
刺
File:SMB3 enemy Angry Sun.png 愤怒的太阳 是一个相当小的太阳,长着一张愤怒的脸。它们是游戏中第二不常见的敌人,只出现了两次;一次是在世界 2-流沙,另一次是在世界 8-2。为了攻击马里奥,愤怒的太阳会俯冲下来,试图击中这位水管工,然后再回到天空。它们可以用库巴壳、锤子马里奥的锤子,或者撞击无敌的马里奥来杀死。
File:SMB3 enemy Spike.png 刺 是小型绿色的乌龟状敌人,有着不同寻常的攻击方式:它们从嘴里拔出带刺的球,然后朝马里奥扔去。就像拉基图斯一样,它们拥有无限量的弹药。带刺的球会笔直地飞过,甚至可以穿过方块和地形。刺容易受到所有类型的攻击。
炸弹兵
链子犬
File:SMB3 enemy Bob-omb.png 炸弹兵 是一个活的炸弹。它们通常由大炮发射,但偶尔也会在地面上行走。如果马里奥踩到一个炸弹兵,它会变成静止的,可以被拿起并用作武器。然而,它会在几秒钟后爆炸,即使马里奥仍在拿着它。在后面的鲍泽坦克关卡中,炸弹兵在出现后几秒钟就会自行爆炸。它们无法被火球摧毁,但可以被其他炸弹兵的爆炸消灭。
File:SMB3 enemy Chain Chomp.png 链子犬 类似于一个球和一条链子,并且有着非常像狗的行为,包括吠叫。它们被绑在一个方块上,但如果过了 160 秒,它们就会被释放。有四种方法可以消灭链子犬:使用星星、用锤子马里奥向它扔库巴壳或锤子,以及用狸猫马里奥的石像状态踩踏它。
火蛇
火焰犬
火蛇 是火焰,后面跟着四个火球。火蛇追逐马里奥,试图把它点燃。它们会从一个地方跳到另一个地方,无论马里奥在哪个方向。它们只能通过用壳或锤子击打它、使用无敌之星、用浣熊尾巴击打它,或者用石像马里奥踩踏它来消灭。
火焰犬 是链子犬的表亲,但它是用四个火球而不是链子连接在一起的。它们能够飞行,它们会向马里奥吐火球。当它们的火球用完时,它们会追赶马里奥,然后爆炸。它们可以用踩踏、锤子、星星和尾巴攻击消灭。