化学信息源/分子可视化工具和网站
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如今，大多数人都是网络的精通用户，但有些人可能不知道浏览器真正工作的细节。重要的是要了解，有一些化学助手和插件软件可以扩展标准 Web 浏览器的可视化功能。化学家使用的每台个人和实验室计算机，以及科学图书馆中的计算机，都应该配备合适的化学可视化附加组件和免费的 Adobe Acrobat Reader。
HTML 文档的格式由浏览器完成，因此文档在不同的浏览器上可能会有不同的外观。一些流行的浏览器是
其他媒体（图像、声音、动画）可以在浏览器中导入。HTML 允许
- 链接（锚点）到同一文档中的其他文档或文本，或通过 **URL**（统一资源定位器）链接到互联网上的其他位置：您要检索的项目的地址。URL 存在于 WWW 文件、FTP、Gopher、UseNet、Telnet 等中。
- 绝对引用 - 包含完整地址：主机名、目录路径和文件名
- 相对引用 - 假设使用先前机器和目录路径：只指定文件名（或可能指定子目录和文件名）
助手和插件软件扩展了浏览器的功能。有通用和专门的助手/浏览器。
| 格式 | 描述 | 助手/插件 | |
|---|---|---|---|
| .gif | CompuServe 图像交换格式 | 浏览器 | |
| .jpg | JPEG（联合图像专家组）图形格式 | 浏览器 | |
| Adobe 的便携式文档格式 | Acrobat Reader | ||
| .tif | TIFF 图形格式（第四组传真） | ||
| .mid | MIDI 音乐格式文件 | ||
| .mpg | MPEG 电影格式 | ||
| .mov | QuickTime 电影格式文件 | ||
| .wav | |||
| WAVE 格式音频文件 | |||
| 以及 | 许多其他 |
Peter Murray-Rust 和 Henry Rzepa 率先开发了化学 **MIME**（多用途互联网邮件扩展）协议，用于将特殊文件附加到电子邮件消息或嵌入 HTML 文档中。Murray-Rust 博士在开发 CML（化学标记语言）方面特别活跃。
| 扩展名 | MIME 子类型 | 用途 | 助手/插件 |
|---|---|---|---|
| kin | x-kinemage | 大分子 Kinemage 文件 | MAGE |
| pdb | x-pdb | 蛋白质数据库格式 | Rasmol, Chime |
| jdx | x-jcamp-dx | 光谱格式：红外、核磁共振、质谱 | JCAMP-DX |
| mol | x-mdl-molfile | MDL 的分子文件格式 | Accelrys Draw |
| chm | x-chemdraw | CambridgeSoft 的 ChemDraw 格式 | CHEMDRAW |
| 以及 | 其他 |
一些其他常用的格式包括
- .cif 晶体学数据
- netCDF 用于色谱、红外和质谱
- andi/MS 用于质谱的分析数据交换
- CML 和 XML 化学标记语言和可扩展标记语言
如今，几乎所有现代电子邮件软件都支持 MIME 格式代码。
伊利诺伊大学香槟分校理论与计算生物物理学小组维护着 结构生物学软件数据库。截至 2011 年 11 月，该数据库包含 24 个类别中的 367 个应用程序，包括分子可视化类别中的 63 个应用程序。
- PyMOL：产品包括 PyMOL（渲染和动画 3D 结构）、AxPyMOL（用于将 3D 图像和动画嵌入 PowerPoint 演示文稿的插件）和 JyMOL（用于定制 3D 可视化的软件包）。
- JMol：一个开源 Java 查看器，用于以 3D 形式查看化学结构。
- VMD（可视化分子动力学）：来自 UIUC 的免费软件，使用 3D 图形和内置脚本显示、动画和分析大型生物分子系统。
用于 Web 的分子可视化软件和编码系统正在彻底改变当今化学结构和化学数据的使用方式。化学出版行业在采用这些创新方面一直有些缓慢，但在用户压力下，他们正在逐渐改变化学图像和数据在正式出版流程中的整合方式。