化学信息来源/出版流程
主要、次级和三级资源
传统上，科学研究工作首先发表在期刊文章中（称为主要文献）。然后，它会被各种次级工具收集起来，这些工具的目的是更好地组织主要文献，并使检索感兴趣的项目变得更加容易。其中最重要的是文摘和索引（A&I）服务，例如化学文摘社、科学引文索引、Reaxys 和 Scopus。在化学覆盖范围的深度和广度以及新主要作品的平均参考文献进入 A&I 数据库的速度方面，次级 A&I 服务之间存在差异。科学出版现在正在发生一项非常重大的变化。诸如美国化学学会的“尽快发表”的新期刊文章流程等创新，使得原始研究文章的网络版本比相应的印刷版本提前几周出现。向电子期刊作为科学档案记录的转变已接近完成。许多化学图书馆已决定停止订阅印刷期刊。由于有如此多的新信息可用，还有其他来源有助于筛选、压缩和重新打包最重要的发现。例如，有些人撰写了关于一段时间内特定科学领域发生的事情的综述。当然，一旦新的发现得到验证并被认为足够重要，它们就会出现在各种书籍、百科全书和其他次级资源中。
主要文献是指研究人员首次在公开可访问的文档中向科学界揭示科学研究结果的地方。在许多情况下，描述这些结果的文档已经过一位或多位同行严格审查，这些同行有助于确保科学知识的完整性。然而，我们越来越多地看到 预印本 出现在网络上，这些预印本是未经审查的文献，由原作者发布。更传统的初级出版物包括科学期刊文章、已出版的会议论文集、技术报告、学位论文或毕业论文和专利。所有这些统称为 文档。
不同类型的文献在主要文献的每个 文档类型（期刊文章、专利、论文等）中都包含不同的信息和不同级别的细节。由于情况如此，有时在进行搜索时区分文档类型很重要。因此，为了帮助检索，主要文档的类型可能会在数据库或印刷文摘或索引期刊中编码，这些期刊涵盖了多种类型的文档。
让我们看看一些人们可能期望在任何一家信誉良好的化学图书馆中找到的期刊名称。美国化学学会专业培训委员会发布了推荐期刊列表，供本科课程使用。该列表包括商业新闻期刊，如《科学》和《自然》，主要研究期刊，如《无机化学》，以及旨在快速传播新研究成果的主要期刊，如《化学通讯》和《四面体快报》。该列表中还有一些次级来源，如《化学评论》。
另一方面，科学出版中的一个新趋势是 开放获取，由布达佩斯开放获取倡议定义为在开放互联网上免费提供文献，允许用户阅读、下载、复制、分发和打印全文。开放获取（OA）期刊的资金来源多种多样，包括文章处理费（APC）、资助和学会或机构的直接支持，以代替订阅收入。APC 由个人、机构或资助资金支付给已接受手稿的作者。然而，许多 OA 期刊没有 APC 或免除资金有限的作者的费用，使文章对读者和作者都是免费的。此外，许多 OA 期刊要求手稿经过与传统订阅期刊相同的严格同行评审流程。开放获取文章的潜在受众远大于订阅期刊文章。与需要订阅才能阅读的文章相比，OA 文章通常具有更多下载量，并且很有可能具有更多引用量。然而，与某些领域不同，化学领域的大多数著名期刊仍然是订阅式的，这使得它们对作者更有吸引力。
开放获取期刊目录包含数千种 OA 期刊名称，其中一些期刊是化学期刊。许多订阅期刊的出版商现在允许作者支付文章处理费，这使得他们的文章可以在发表后立即公开获取。包含 OA 和需要订阅的文章混合的期刊被称为混合开放获取期刊。两个此类项目的例子是英国皇家化学会的开放科学和美国化学学会的作者选择选项。
SPARC（学术出版与学术资源联盟）是由 ARL（研究图书馆协会）开发的，旨在倡导学术交流方面的变化。SPARC 发起了一个开放获取工作组，该工作组正在为开放获取研究的集体倡导构建框架。
其他类型的主要文献包括大多数技术报告、学位论文和毕业论文、专利和市场研究报告，这些将在本书的其他章节中进行讨论。
撰写和出版化学期刊文章
在化学家撰写论文之前，他/她必须确定目标读者群体以及哪些期刊可以接触到他们。如果作者选择了错误的期刊，它可能会被退回，并附带评论“这项工作不适合本期刊”。作者应该对该主题进行文献检索，以确定哪些期刊发表了该领域的论文。在选择期刊时，应考虑其声望、访问权限、出版速度、目标读者群体和影响力。确定这些因素的一种方法是查询由汤森路透出版的称为期刊引文报告的订阅数据库。它提供了一种系统且客观的工具来批判性地评估世界领先的期刊，并提供可量化的统计信息。一个重要的标准是期刊影响因子，它衡量的是期刊中“平均文章”在特定年份或期间被引用的频率。因此，作者可能希望查询期刊引文报告，以找到他们专业领域中影响因子高的期刊，但正如上文所述，这不应是唯一的决定因素。现在有许多免费网站评估期刊的影响力，包括Eigenfactor、SCImago 和Google 学术搜索期刊指标。
一旦选择好期刊，化学家就必须查询期刊网站上的“作者指南”页面。作者应一次只向一个期刊提交稿件。如果稿件被拒绝，他/她可以向另一家期刊提出投稿。
两个推荐来源：Robinson, M. S. (2008). Write like a chemist: A guide and resource. Oxford: Oxford University Press.
Day, R. A., & Gastel, B. (2011). How to write and publish a scientific paper. Santa Barbara, Calif: Greenwood.
术语“主要”、“次级”和“三级”文献在不同作者的解释中有所不同。我们将称 次级文献 为教科书、专著、专著和“编辑文本”（由不同作者撰写章节的书籍）、百科全书和词典、手册和数据汇编、综述文章和综述系列、参考文献以及索引和文摘服务。
所有这些次级作品都具有重新打包和更好地组织研究人员在主要文献中报告的新信息的共同目标。由于创建次级作品需要额外的努力（也就是说，它们从主要作品中收集信息和事实），因此它们始终不如最近发布的主要文献那么及时。
根据编译工作量的大小，次级作品需要不同时间来重新打包或解释新知识。因此，从研究想法的产生到各种类型的次级资源，存在一个明确的科学信息流。人们通常期望在以下情况下找到重新打包的新知识或指向/总结新主要作品的指针：
- 索引工具：新主要作品出现后的几天到几周。
- 文摘工具：新主要作品出现后的 1 到 9 个月或更长时间。
- 综述文章：新主要作品出现后的 1 到 3 年或更长时间。
- 各种汇集作品：以手册、字典、百科全书等形式重新包装，最重要的信息和数据在新的初级作品出版后两到五年或更长时间出现。
重要的是要理解，滞后时间只与二次出版物或数据库更新频率部分相关。以几十年前的几个例子为例，两篇发表在化学会刊数据库中的期刊文章的滞后时间，该数据库当时每周更新一次，可以从以下摘要中看出
- CA 摘要 93:25540j 出现在《化学文摘》第 93 卷第 3 期（1980 年 7 月 21 日）上，但原始期刊文章刊登在《美国化学会志》第 102 卷第 7 期（1980 年 3 月 26 日）上。**滞后时间**：明显为 117 天。
- CA 摘要 106:205033s 出现在《化学文摘》第 106 卷第 24 期（1987 年 6 月 15 日）上，但在《光化学杂志》第 37 卷第 1 期（1987 年 4 月）上。**滞后时间**：可能为 60-75 天。
因此，摘录或索引期刊每周甚至每天更新的事实并不一定意味着该 A&I 更新中涵盖的初级文献是该周出现的新的初级文献。恰恰相反，新的初级文献出现及其在二次文献中的报道之间几乎总存在一些滞后时间。但是，对于一些摘录或索引来源，特别是ingenta（以前称为 UnCover），滞后时间非常小，大约几天。
一项正在缩短新初级文献出版与其在 A&I 服务中收录之间的滞后时间的进展是，在印刷版本出现之前很久，新期刊文章就开始进行电子出版。“尽快出版”（ASAP）是美国化学会的政策，其他主要出版商（例如 Springer）也制定了类似的早期出版政策，这些政策往往会大大缩短滞后时间。在 ASAP 下，发表在 ACS 期刊上的文章将在主要期刊的电子版中提前两到六周，比相应的印刷版本提前两到六周出现。这些文章的参考文献也比其他出版商的主要期刊早得多地被输入到化学文摘数据库（这是 ACS 的一部分）中。
其他类别的二次作品包括目录、买方指南、传记作品等。这些在时间意义上不能轻易与初级文献相关联。
有一些数据库与不同的初级和二次印刷来源相对应。它们可以分类为
- **书目**-提供文档的书目，可能包含摘要（摘要），并且越来越多的包含指向初级文档的完整文本的链接。每个记录都包含识别文档所需的元素，包括期刊名称、作者、文章标题、卷号、期号、页码和出版年份。
- **非书目**-数字、文本、字典和目录数据库。
非书目数据库有时被称为**事实**或**来源**数据库，与传统的书目数据库相反，后者仅提供指向包含事实的初级出版物的指针。
互联网，尤其是基于万维网的应用程序，正在加速创建真正的全文数据库，并模糊了摘录/索引数据库和主要期刊之间的界限。网络上的科学全文数据库包括图形，例如美国化学会期刊的网络版本。在一些数据库中，可以找到文章的 HTML 版本和 pdf 版本。HTML 版本可能具有增强功能，例如文章参考文献中的链接指向 A&I 数据库中引用的文章的**摘要**（摘要），以及指向引用的旧文章的全文网络版本的进一步链接。例如，现在可以从搜索化学文摘数据库的各种选项直接链接到 1000 多种主要期刊，通过ChemPort选项。一个项目 (CrossRef) 提供了从文章中的引用直接链接到引用的文章，而无需将 A&I 服务作为中间步骤。CrossRef 也是学术和专业出版物的官方**DOI**（数字对象标识符）注册机构。因此，如果我们找到一个 DOI 标识符，例如 10.1021/ci050354f，您可以在浏览器中输入 DOI，前面加上 http://dx.doi.org/，例如：http://dx.doi.org/10.1021/ci050354f。
2007 年，英国皇家化学学会在电子期刊文章出版方面迈出了革命性的一步，他们推出了RSC Prospect项目。它提供了从文章中的单词到其定义的超链接，例如IUPAC 化学术语汇编（金书）和各种生物科学**本体论**（显示一个学科领域中所有概念和术语关系的方案）。此外，化合物还与结构图和关于它们的其他数据相关联。美国化学会开发了一个类似的增强型全文文章计划，ActiveView PDF。
请注意，一些出版商已将电子版（而不是印刷版）作为文章的正式记录。此外，一些出版商，尤其是仅在线出版期刊的出版商，已从印刷界放弃了诸如卷号和期号或甚至页码之类的识别惯例，而代之以文章编号。
大多数主要化学期刊现在都可以在网络上获得。请参阅通过印第安纳大学化学图书馆访问的化学电子期刊列表。
数据库搜索选项包括
- **在线搜索**远程数据库，超出执行搜索的组织边界。
**供应商**在线搜索服务（例如 STN International）从数据库**生产商**（例如化学文摘服务或汤森路透）租赁或获取数据库，并在远程计算机上提供这些数据库。对于给定的供应商，它可能在其计算机上拥有数十或数百个数据库，这些数据库都通过通用的**命令语言**或图形用户界面 (GUI) 进行搜索。在某些情况下，尤其是在工业领域，根据连接时间、查询数量以及显示、打印或下载的记录收取按次付费费用。但是，特别是在学术界和大型公司，图书馆或其他实体已协商制定了年度全站固定价格许可证，允许该组织中的每个人无限制地访问该数据库。由于访问通常基于对搜索者透明的 IP 地址身份验证（不需要身份验证），因此一些用户可能认为他们正在搜索的数据库是免费的。另一种选择是搜索网络上的免费化学数据库。一些免费网络数据库的质量和搜索功能范围可能比商业数据库更有限。尽管如此，即使一个人可以访问许多订阅数据库，也不应忽视免费的网络数据库。优秀的免费化学网络数据库的例子包括ChemSpider，它得到英国皇家化学学会的支持，以及美国国家标准与技术研究院的NIST 化学网络手册。
- **内部搜索**组织内的数据库。
大型组织可能会将其自己的计算机上加载数据库。随着客户机/服务器计算机系统和**网络服务**的出现，现在正在探索几种提供数据库搜索的新模型。
我们将考虑旨在教你如何使用初级和二级作品的作品为**三级**作品。其中很多都是**指南**，实际上，本维基教科书就是一个指南的例子。指南将在另一章中更全面地介绍。
化学文献的发表形式和数据库多种多样。从原始文献（首次发表原始研究成果的地方）到二次文献（对原始文献中首次报道的重要发现进行重新包装），研究者拥有众多选择。化学信息源的目标是让您熟悉这些工具，以便您能够明智地选择如何有效地满足您的化学信息需求。虽然您可能不认为自己精通所有工具，但至少您会意识到这些工具的存在，一旦您完成了本指南的所有章节，您便能够找到最佳工具来回答您的问题。