进化生物学的基本背景是种系发生,一个基于进化关系而非表型相似性的分类系统。进化的中心原则是所有生命都源自一个共同祖先,因此所有生命都是相关的。生物通过种群分化为不同的物种,随着时间的推移,物种又产生了更遥远的表亲,这就是生物分化成世界上令人惊叹的多样性的过程。
我们通过分支图表示生物群体之间的关系。如果已知且包含共同祖先,并且表示中包含时间轴,则称为进化树。