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神经影像数据处理/处理/工具/SPM

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神经影像数据处理/处理/工具
SPM FSL

统计参数映射指的是构建和评估空间扩展的统计过程,用于检验关于功能成像数据的假设。
SPM 基于 Matlab,并专为分析脑成像数据序列而设计。当前版本专为分析 fMRI、PET、SPECT、EEG 和 MEG 而设计。
SPM 软件包可以通过不同的工具箱扩展。

如何启动 SPM

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在您将 SPM 安装到计算机上后

  1. 在您的终端中输入大写字母 SPM 来设置 SPM 环境(如果您的计算机上有多个版本,请选择当前版本)
  2. 在您的终端中输入小写字母 matlab 来打开 matlab
  3. 要启动 SPM GUI,请在 matlab 中输入小写字母 spm(通过添加 fmri,它将直接打开 fmri 模式)


SPM GUI

在您通过按下 fmri 按钮打开 SPM 的 fmri 界面后,它应该看起来像这样..

SPM GUI fMRI

您可以立即开始您的数据处理。

什么是批处理?

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批处理是同时运行您的处理步骤而无需 MATLAB 编程的完美工具。为了理解 SPM 的基础知识,了解每个数据处理步骤都被称为“模块”很重要。有几个不同的模块,例如用于 MRI 数据的时间(切片时间)、空间(重新校准、归一化、平滑)或统计(fMRI 或因子设计规范、模型估计、对比规范)处理。批处理描述了应该对哪些数据运行哪些模块以及这些模块之间的依赖关系。与交互式运行每个处理步骤相比,批处理具有许多优点

  1. 文档:每个批处理可以保存为 MATLAB 脚本。所有参数(包括默认设置)都包含在此脚本中。因此,保存的批处理包含处理步骤序列和使用参数设置的完整描述。
  2. 可重复性:即使尚未设置所有参数,也可以保存批处理。对于多受试者研究,这允许创建模板批处理。这些模板包含所有在受试者之间不变化的设置。对于每个受试者,它们可以被加载,并且只需要完成特定于受试者的部分。
  3. 无人值守执行:无需等待处理步骤完成才能将结果输入下一个步骤,所有处理步骤都可以按照指定的顺序运行,无需任何用户交互。
  4. 多个批处理:可以加载和执行多个批处理。

要生成批处理,您可以在 SPM fmri GUI 上点击批处理按钮

批处理编辑器

通过在上面的工具栏中点击 SPM,您可以选择数据处理步骤。除了默认设置之外,需要单独定义的参数由交叉(<--X) 表示。

如何创建批处理!

当您指定处理步骤的顺序时,设置各个步骤之间的依赖关系非常重要。否则,在上一步中处理的数据就无法在下一步中使用。

如何设置处理步骤依赖关系!
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SPM 手册 http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/doc/manual.pdf

SPM 维基教科书 https://wikibooks.cn/wiki/SPM

在这个网站上,有一系列关于如何使用 SPM 进行 fMRI 设计和分析的讲义幻灯片(向下滚动,您可以找到幻灯片下载) http://neurometrika.org/BasicSPM12

华夏公益教科书