下一代测序 (NGS)/整合平台
- 开源整合平台允许生物信息学新手在线进行计算密集型分析（在公共服务器或私有云中）。
- 有许多模块涵盖读取比对、变异发现、差异表达分析和可视化。这些工具还通过记录每个分析元数据来确保透明度和可重复性，包括分析过程中使用的工具、版本和参数设置。
- 这些平台不会自动执行整个分析过程，只有在了解所做假设（例如参数选择背后的基本原理）的情况下才会有用。请注意，这些平台可能不一定是解决许多问题的最佳选择。如果需要最新版本的工具，用户还应访问原始发布站点。
https://insilicodb.org/
管理基因组数据的智能方法。将基因组数据集导出到您喜欢的分析工具。
http://www.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/
GenePattern 是一款强大的基因组分析平台，提供超过 240 种工具，用于基因表达分析、蛋白质组学、SNP 分析、流式细胞术、RNA-seq 分析以及常见的数据处理任务。基于 Web 的界面可轻松访问这些工具，并允许创建多步骤分析管道，从而实现可重复的计算机模拟研究。
http://usegalaxy.org/
Galaxy 是一个开放的基于 Web 的平台，用于数据密集型生物医学研究。无论是在这个免费的公共服务器上还是在您自己的实例上，您都可以执行、复制和共享完整的分析。
https://www.gene-talk.de
基因对话 是一个基于 Web 的专家平台，用于分析和解释 NGS 数据。科学家和临床医生可以过滤变异调用文件（*.vcf）并减少数据量。为了诊断和解释数据，用户可以通过该平台进行沟通、共享数据并向他人提供专业知识。
http://www.geneprof.org
GeneProf 是一款基于 Web 的生物信息学软件套件，用于分析功能基因组学实验，例如 RNA-seq 或 ChIP-seq。GeneProf 支持对 RNA-seq、ChIP-seq 和使用下一代测序 (NGS) 平台生成的其它数据进行整合分析，并提供大量公共数据，可以轻松与自己的结果进行比较。
www.basepairtech.com
Basepair 是一个用于基因组数据分析的 SaaS 平台，它使研究人员能够快速分析原始数据并在 RNA-Seq、ChIP-Seq、DNA-Seq 等多个高质量工作流程中进行选择。他们的基于云的软件显着缩短了科学家的周转时间，从几周缩短到几个小时，而不会影响质量。