蛋白质组学/蛋白质芯片/应用
应用
蛋白质芯片是一种强大的资源，它提供高通量方法，接近于 DNA 微阵列，从而缩小了基因组学和蛋白质组学之间的差距。
蛋白质芯片实验，就像蛋白质组学领域本身一样，可以分为两种类型的问题。
- 定性 - 它是什么？ 它做什么？ 它是否与任何东西相互作用？
- 定量 - 有多少？
蛋白质芯片的应用非常多，涵盖了整个领域。 它们包括
- 探测组织提取物以寻找疾病标记
- 研究蛋白质-蛋白质、蛋白质-核酸和蛋白质-药物相互作用
- 确定特定样本中蛋白质的含量
- 识别特定样本中的抗体
蛋白质芯片应用的一些具体例子是
- 寻找人类血液样本中的乙型肝炎抗体
- 识别卵巢癌的生物标志物
- 诊断 SARS
Zhu, H. et al. (2001) 利用蛋白质芯片来研究酵母蛋白质组。 1 蛋白质芯片提供了一种高通量分析此类数据的方法。 然而，为了过表达蛋白质组中的蛋白质，必须克服障碍。
Zhu, H. et al. 利用高拷贝表达载体和重组技术克隆了酵母基因组中的 5800 个 ORF，这转化为大约 80% 的酵母蛋白质组。 使用微阵列仪将表达的蛋白质印制到蛋白质芯片上，并使用两种蛋白质芯片表面：醛处理的和镍涂层的。 虽然两种处理都取得了成功，但镍涂层的芯片优于醛处理的芯片。
该小组随后检查了蛋白质点样尝试的可重复性。 他们发现超过 93% 的蛋白质肯定附着在芯片上，并且在重复实验时发现超过 95% 的蛋白质被正确复制。
该实验的主要目标，或者说是应用，是确定蛋白质的功能。 为此，对芯片上的蛋白质进行了蛋白质-蛋白质和蛋白质-脂质相互作用测试。
该小组提供了一个很好的例子来说明结果的解释方式。 他们在芯片上探测了蛋白质以了解钙调蛋白结合功能，并观察到了已知的和新发现的钙调蛋白结合蛋白。 钙调蛋白是一种钙结合蛋白，高度保守，参与许多细胞过程。 通过分析这些蛋白质的序列，Zhu, H. et al. 能够开发出共识序列，这些序列识别与钙调蛋白结合相关的基序。
该研究的局限性包括通过间接蛋白质相互作用导致的混淆以及一些翻译后修饰可能不存在。
这项研究的效果是阐明了蛋白质芯片在观察真核细胞蛋白质组中蛋白质-蛋白质、蛋白质-脂质和蛋白质-药物相互作用方面的潜力。 这项研究的论文可以找到 这里，一个包含补充材料的网站可以找到 这里。
1. Zhu, H. 等人。“使用蛋白质组芯片进行蛋白质活性的全局分析。” 科学 293.5537 (2001)：2101-2105。 查看论文。