蛋白质组学/蛋白质分离 - 离心/差速离心
差速离心 是一个涉及多个离心步骤的过程，每次离心速度都会增加，用于分离细胞材料。此过程使用平衡密度梯度。细胞材料的混合物（称为匀浆）根据每种类型分子的分子量、大小和形状分离成不同的层。后续的离心轮次将首先沉淀核，其次是线粒体，然后是溶酶体，最后是微粒体。匀浆的可溶性组分是在这些物质被去除后剩下的部分。为了开始专注于在各种差速组分中发现的蛋白质的蛋白质组学研究，首先需要分离和收集该特定层，然后可以进行进一步的纯化/实验。可在http://www.westernblotting.org/protocol%20membrane%20extraction.htm 找到使用不同速度的多轮离心进行膜蛋白提取的方案。
获得的每个组分都是部分纯化的制剂，可以从中通过重复洗涤去除污染的颗粒。这是通过首先将沉淀物重新悬浮在等渗溶剂中，然后使用离心重新沉淀来实现的。为了进一步纯化样品，然后可以使用密度梯度离心进行分离。
匀浆的核组分可以通过以600g离心10分钟来沉淀。该组分将包含在细胞核中发现的所有物质，包括基因组DNA、参与复制和转录的蛋白质，以及其他核蛋白和物质。
当以5000g离心10分钟后，匀浆的线粒体组分在沉淀物中获得。线粒体有时被称为细胞的“动力源”，因为它们在能量产生中的作用。线粒体也有自己的DNA，与细胞核中发现的DNA不同。在线粒体中发现的感兴趣的蛋白质将是那些参与通过氧化磷酸化将有机物质转化为ATP的蛋白质。
可以通过以12,000xg离心5分钟来沉淀溶酶体组分。溶酶体包含分解细胞废物的关键蛋白质。
当以50,000g离心60分钟后，微粒体组分是产生的沉淀物。微粒体是由生物膜包围的小囊泡。在离心过程中，内质网被片段化为微粒体。
匀浆的可溶性组分是在其他物质在以前的离心轮次中被沉淀出来后剩下的上清液。在此组分中发现可溶性蛋白质。为了进一步分离/纯化此处发现的蛋白质，可以使用不同的离心方法，例如密度梯度离心。事实上，密度梯度离心可以用于进一步分离通过差速离心收集的任何组分。
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