SPM/编程简介

目标

本页旨在提供一个快速入门指南，用于使用 SPM 作为库编写您自己的 MATLAB 脚本和函数。SPM 编程可能意味着简单地编写批处理脚本以自动化常见的流程，编写简短的辅助脚本或函数来完成有用的任务，编写您自己的 SPM 扩展，甚至修改您本地安装的 SPM。

MATLAB

MATLAB 是一种由 MathWorks 开发的编程语言。

MATLAB 和 MathWorks 在维基百科上的页面
维基教科书上的 MATLAB

网上有很多 MATLAB 教程

MATLAB 教程

也有一些有用的书籍

MATLAB 课程

SPM 函数

简介

SPM 在源文件的头文件中提供了丰富的开发者文档。要查看函数的文档，请打开相应的源文件或从 MATLAB 命令行调用 help function。请确保 SPM 文件夹位于 MATLAB 的搜索路径中。

读取图像头文件和数据

spm_vol - 头文件信息
spm_read_vols - 用于读取整个体积（另请参阅：spm_vol）
spm_slice_vol - 用于任意平面
spm_sample_vol - 任何体素
spm_get_data (spm_sample_vol) - 来自多个体积的任何体素
spm_bsplins (spm_bsplinc) - 注意 spm_slice_vol 和 spm_sample_vol 提供多项式或 sinc 插值；这些函数提供 spm_reslice 中使用的 b 样条插值

写入数据

spm_write_vol (spm_vol)
spm_create_vol
spm_write_plane

使用备用 NIfTI 类库读取和写入数据

nifti (@nifti/Contents, @nifti/create)
file_array (@file_array/Contents)

几何形状，体素世界映射

spm_get_space - 获取体素世界映射矩阵（刚性或仿射变换，使用齐次坐标）
spm_imatrix - 将上述矩阵转换为参数化形式
spm_matrix - 将参数向量转换为仿射矩阵
spm_check_orientations

线性（刚性/仿射）配准和重新切片

spm_realign
spm_coreg (spm_reslice)
spm_affreg
spm_reslice - 需要参考图像；有关重新切片到指定几何形状的信息，请参阅以下内容
reorient (resize_img) - 可从 John's Gems 2 和 3 中获得

预处理，包括分割和非线性归一化

spm_preproc (spm_config_preproc, spm_prep2sn, spm_preproc_write) - SPM5 的统一分割和归一化
spm_normalise - SPM5 之前的旧版非统一空间归一化
spm_segment - SPM5 之前的旧版非统一组织分割
spm_smooth

处理

spm_imcalc - 对体积执行任意计算（低级函数）
spm_imcalc_ui - spm_imcalc 的高级便利包装器

统计

spm_ancova (spm_reml_ancova) - SPM 本身没有使用，但通常对于脚本编写或教育目的很有用

查看数据

spm_check_registration (spm_image, spm_orthviews) - 无处不在的三个正交视图
slover - 贯穿图像的切片，阈值或原始统计数据的叠加；另请参阅 slice_overlay
spm_mip_ui (spm_mip) - 最大强度投影或玻璃脑图像

配置

spm_defaults
spm_get_defaults

批处理系统

spm_select
spm_jobman

示例

读取和写入体积（将 NaN 替换为零）

这是一个更简单（但更占内存）的旧版Gem。有关逐平面读取和写入的示例，请参见SPM8 版本的 gem。

fnm = spm_select(1, 'image');
[pth, bnm, ext] = spm_fileparts(fnm);
VI = spm_vol(fnm);
VO = VI; % copy input info for output image
VO.fname = fullfile(pth, [bnm '_zn' ext]);
img = spm_read_vols(VI);
img(isnan(img)) = 0; % use ~isfinite instead of isnan to replace +/-inf with zero
spm_write_vol(VO,img);

外部链接

另请参见