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SPM/切片时间

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问题

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使用 EPI 序列，3D 体积通常不是一次采集，而是以不同时间（在一次重复时间 (TR) 内）获得的 2D 切片序列。为了解决这个问题，如果我们知道每个切片是何时采集的，可以将体积每个切片的体素激活量插值到同一个时间点（参考切片）：这就是切片时间校正的作用[1]。这就是必须确保知道精确的 TR 和切片顺序采集的原因。

切片时间校正

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参见 SPM > 时间 > 切片时间。

概论

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  • 切片时间校正已被证明可以可靠地提高灵敏度和效应功率，而没有任何负面影响[2]。
  • 关于应该先进行切片时间校正还是先进行运动校正（重新对齐）存在一些争议。事实上，首先对一个进行无偏差处理将确保此步骤的最大精度，但会为随后的校正步骤添加一些额外的偏差，因为误差会累积。通常，建议如果使用复杂的切片顺序序列（即任何不是顺序的序列，如交错、中心等），或者使用顺序切片顺序，如果预计存在显著的头动，则首先使用切片时间校正；如果使用顺序切片顺序，并且只预计轻微的头动，则首先使用运动校正（重新对齐）[3]。另请参见 神经影像数据处理/切片时间。有一些方法被设计用来在 4D 中同时对这两个目标进行联合优化，例如，在 Python 库 nipy 的 nipy.SpaceTimeRealigner() 中实现，不存在误差累积[4]。
  • 对于多波段采集，有必要使用切片时间而不是切片顺序。此外，使用多波段和小 TR 时，切片时间校正通常可以跳过，不会产生太大影响，但使用校正始终是有益的。有关更多信息，请参见有关多波段 EPI 采集的小节。
  • 如果您计划使用动态因果模型 (DCM)，则必须使用切片时间校正。
  • 作为替代方案，如果 TR < 2 秒，则可以跳过切片时间校正，而是使用时间导数，它可以解释 +/- 1 秒的时间变化[5]，但是，研究表明，切片时间校正始终是有益的，即使对于 TR < 2 秒[2]，并且切片时间校正与时间导数相比可以提高灵敏度和效力[2]。此外，同时使用切片时间校正和时间导数，与单独使用切片时间校正相比，只会降低效力[2]。

重复时间 (TR)

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TR 始终可以在所需的 DICOM 字段 (0018,0080)[6] 中访问，或者通常也可以在 NIFTI 文件中访问，[7] 或没有[8] BIDS 侧车。

切片顺序

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概论

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  • SPM 对指定切片顺序的约定做出两个假设：1- 切片的时序将由向量中切片的从左到右顺序编码；2- 第 1 个切片是最下面的切片，遵循 Analyze 约定[9]。
  • 目前有几种已知的方法可以访问切片顺序信息
    • 来自 EP2D BOLD 静息态西门子扫描仪序列打印输出的摘录页面。请注意“序列”参数，该参数指出切片顺序是升序顺序（而不是交错）。
      最安全的方法是访问 MRI 扫描仪控制台，它将显示用于 EPI BOLD 序列采集的精确参数。可以保存序列参数的“打印输出”，这是一个总结扫描仪参数的 PDF 文件。通常，拥有序列打印输出的副本始终是检查参数的好方法。这些打印输出是 PDF 文件，可以从扫描仪软件界面生成。
    • 从一些最新扫描仪的 DICOM 文件中（参见下面的西门子）。
    • 如果您在将 DICOM 图像转换为 NIfTI 时创建了 BIDS 侧车（例如，您使用 dcm2niix 或 dicm2nii 转换图像），则可以通过 JSON 格式的 BIDS 文件中的“SliceTiming”标签推断出切片顺序。 “SliceTiming”标签列出了以秒为单位的每个切片采集时间[7]。
    • 一些 NIFTI 查看器（此处为 Mricron）可以显示切片顺序（如果信息可用）。
      即使没有 BIDS 侧车，一些 DICOM 到 NIFTI 转换器（例如 dcm2niix 或 MRIconvert）也可以将切片顺序（和 TR）信息保存在生成的 nifti 文件中，一些 nifti 查看器（例如 mricron）可以显示它，或者您可以通过编程方式访问此信息，如下所示[8]
fMRIname = 'path_to_nifti_file.nii';
slice_order = 0; % Set 0 to autodetect

%these are the possible slice_orders http://nifti.nimh.nih.gov/pub/dist/src/niftilib/nifti1.h
kNIFTI_SLICE_UNKNOWN =  0; %AUTO DETECT
kNIFTI_SLICE_SEQ_INC = 1; %1,2,3,4
kNIFTI_SLICE_SEQ_DEC = 2; %4,3,2,1
kNIFTI_SLICE_ALT_INC = 3; %1,3,2,4 Siemens: interleaved with odd number of slices, interleaved for other vendors
kNIFTI_SLICE_ALT_DEC = 4; %4,2,3,1 descending interleaved
kNIFTI_SLICE_ALT_INC2 = 5; %2,4,1,3 Siemens interleaved with even number of slices 
kNIFTI_SLICE_ALT_DEC2 = 6; %3,1,4,2 Siemens interleaved descending with even number of slices

[pth,nam,ext,vol] = spm_fileparts( deblank(fMRIname(1,:)));
fMRIname1 = fullfile(pth,[ nam, ext]); %'img.nii,1' -> 'img.nii'
if slice_order == 0 %attempt to autodetect slice order
    fid = fopen(fMRIname1);
    fseek(fid,122,'bof');
    slice_order = fread(fid,1,'uint8')
    fclose(fid);
    if (slice_order > kNIFTI_SLICE_UNKNOWN) && (slice_order <= kNIFTI_SLICE_ALT_DEC2)
        fprintf('Auto-detected slice order as %d\n',slice_order);
    else
        fprintf('%s error: unable to auto-detect slice order. Please manually specify slice order or use recent versions of dcm2nii.\n');
        return;
    end;
end

以下是一些需要注意的其他事项

  • 第一个切片相对于患者的扫描仪头部位置可以在 DICOM 字段图像位置患者 (0020, 0032) 中找到，以及图像方向患者 (0020, 0037) 和患者位置 (0018, 5100)。后者是必需的 DICOM 字段，对于软件解释图像的方向至关重要，因此您可以可靠地使用此字段。有关不同值含义的更多信息，请参见 DICOM 参考资料 C.7.3.1.1.2[10]。
  • SPM 预计第一个（空间）切片是底部的切片（横向采集方向，从下到上）。换句话说，切片顺序中的切片 1 必须代表大脑最下面的切片。如果不是，则需要更改参考切片，并使用以下切片顺序TR - INTRASCAN_TIME - SLICE_TIMING_VECTOR[11].
  • 如果可能，最好使用切片时间而不是切片顺序，因为某些扫描仪会对一些切片时间进行舍入，以便更简单，更可靠地在所有体积上采集这些切片（因为对于机器来说，以非常长的浮点数定义的时间采集几乎是不可能的，如果太精确，机械部件可能无法跟随，因此进行舍入，舍入逻辑因品牌和机器而异）。使用切片顺序始终假设完全间隔的采集，而使用 DICOM、BIDS 或扫描仪控制台日志中找到的切片时间将解释这些特定的舍入。

参考切片

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当您进行切片时间校正时，一个体积的所有切片都会在时间上插值到一个参考切片。此参考切片成为最准确的切片，因为它没有插值，只有其他切片被插值。

在 SPM 中，您可以在“参考切片”（refslice）中更改此参数。参考切片在 SPM 中默认设置为 1，对应于顺序升序或交错升序的切片顺序。如果您的切片顺序不同，则需要更改此值。换句话说，如果切片顺序中的第一个切片不是 1，则需要更改参考切片。

如果您想选择第一个采集的切片作为参考切片，则需要使用切片空间编号作为参考切片[11]。例如，对于切片顺序为 4 3 2 1 的顺序降序，要将第一个时间切片设置为参考切片，您需要将参考切片设置为 4。如果您使用的是切片时间而不是切片顺序（例如，2.0 1.0 0.0 1.5 0.5），那么您还需要以秒为单位指定参考切片（例如，要将第一个切片设置为参考，请使用 '0'）。

但是，您也可以根据需要选择使用其他参考切片。虽然将参考切片设置为第一个是最简单也是最常见的，但另一个常见的参考是使用中间切片，以提高顺序切片顺序的精度。实际上，使用中间切片理论上保证了我们最大程度地减少了时间插值误差，因为此时最大插值为 TR/2（负向和正向偏移）。此外，由于我们假设我们处于顺序切片顺序中，因此时间上的中间切片也是空间上的中间切片，因此我们也最大程度地减少了空间插值误差，并将累积误差推向了顶部和底部切片，那里通常有更少的感兴趣组织。

然而，关于使用除第一个之外的任何参考切片的好处存在一些争议[12]

« 正如 Rik Henson 指出的那样，切片实际包含的内容与其用作参考无关（切片可能只覆盖空气！）。但是，我认为使用采集序列的中间切片或人们可能对其有先验假设的切片并非最佳选择。相反，我认为最合适的参考切片是在给定 TR 中第一个采集的切片。

我认为这是因为切片采集校正的目标是创建一组数据，该数据对应于如果所有切片在 TR 启动时的同一时间同时采集会获得的数据。如果在 G 矩阵中对神经活动模式（以及诱导的血流动力学反应）相对于 TR 起始时间进行建模，则任何其他参考切片会导致模型和实际数据之间存在固定偏移（例如，1/2 TR）。当然，也可以将 G 矩阵的协变量按此固定偏移量移动，但这似乎不必要地复杂！

此外，我不认为使用中间切片在进行校正时能提供更高的“精度”。切片校正程序假设数据中没有高于奈奎斯特频率的有意义的能量。（对此有一些经验支持）。在这一假设下，使用 sinc 插值进行的所有时间偏移都是同样有效的。 »

需要注意的是，无论使用哪种参考切片，都应检查统计分析模块中的微时间起始（fMRI_T0）是否对应于切片时间模块的“参考切片”（refslice），以确保统计测试期间的起始时间正确偏移（否则它们可能过早或过晚！）。[3] ·[13] ·[14] ·[15]。请注意，在 SPM12 中，微时间起始默认设置为 16 分之 8，对应于中间参考切片，因此，如果使用第一个时间切片作为参考切片，则应将微时间起始更改为 1。

无论如何，必须确保切片时间校正参考切片与统计测试微时间起始相同。为了简化操作，您可以将微时间分辨率更改为每个 EPI 体积中的切片数量，这样统计测试中的 bin 数量将与用于切片时间校正的切片数量相同，因此微时间起始将对应于切片在时间上的位置[16]

请注意，微时间起始是在时间约定中设置的（数字是切片在时间上的位置），并根据微时间分辨率进行缩放（您也可以将微时间分辨率设置为 EPI 体积的切片数量，这将简化操作），而参考切片是在空间约定中设置的（数字是切片在空间上的位置）。

西门子扫描仪

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以下内容适用于可能使用 Syngo 系统的所有西门子扫描仪，但也可能适用于其他扫描仪。请注意，以下大多数内容仅在“方向”扫描仪参数为“横向”时才正确[17]。此外，请注意，我们在此使用基于 1 的索引约定（即，切片从 1 开始，然后是 2、3...）。

  • 切片时间（以毫秒为单位）有时可以直接从 DICOM 文件的标头（从第一个之后的 EPI BOLD 序列的任何体积）中读取，使用专用供应商字段MosaicRefAcqTimes (0019, 1029)位于字段下方(0019, 0010) SIEMENS MR HEADER:
hdr = spm_dicom_headers('dicom.ima');
slice_times = hdr{1}.Private_0019_1029

如果 slice_times 返回一个整数向量，则需要将这些 8 位符号转换为其双精度表示

slice_times = typecast(uint8(slice_times), 'double')

这将提供每个切片的采集相对时间，您可以将其与 (0008, 0033) 采集时间相结合来计算每个切片的绝对时间。请注意，(0019, 1029)是一个专用字段，因此可能并不总是出现在西门子机器上（您的序列定义也可能会更改此字段）。如果您想要切片顺序偏移而不是时间

[~, slice_order] = sort(slice_times);

请注意，使用切片时间，您不需要切片顺序，因为您可以直接将切片时间（以毫秒为单位）提供给 SPM，而不是切片顺序。

  • 切片顺序由参数“序列”定义，而不是“多切片模式”[17]（虽然两者都提供了“交错”选项，但只有“序列”中的选项与切片顺序相关，“多切片模式”对于 EPI 序列而言为交错，仅表示采集是同步的，等效于单次采集[17]）。通常有三个选项：升序、交错（升序）和降序。交错在西门子机器上尤其特殊，因为这种模式始终以升序方式采集，但起始切片将根据切片数量发生变化[17]：如果切片总数为偶数，则切片顺序将为偶数优先，否则，对于奇数个切片，切片顺序将为奇数优先。请注意，这种仅适用于西门子机器的奇数优先与偶数优先交错行为仅在使用标准序列定义时才为真，因为用户定义的序列（如 CMRR 的[18]）可以将其更改为始终为奇数优先，就像其他 MRI 机器一样[19]。请参阅下表以了解西门子机器的可能切片顺序以及提供给 SPM 的示例代码。如果您想知道交错采集与顺序/连续采集哪个更好，简短的答案是，交错采集可以减少切片串扰，但在从 T1 信号变化中恢复（由于运动噪声）方面比顺序采集速度慢[20]。
  • 西门子建议扫描仪参数横向始终设置为F >> H，这意味着“从脚到头”，以便简化图像查看。该横向参数应在机器可以输出的协议打印输出中进行描述。否则，如果您有H >> F，马赛克显示（即切片编号的存储方式）将被反转[17]。虽然官方文档规定切片顺序是反转的[17]，但其他研究发现实践中只有马赛克显示受到影响，而切片采集和存储顺序不受影响，因此该参数不影响切片顺序[21] ·[22] ·[23] ·[19]，但您应该注意，马赛克显示可能会令人困惑，并且不反映切片顺序。还要注意，由于H >> F始终反转马赛克显示，因此交错将具有一个马赛克显示（但不是切片顺序），该显示始终是奇数优先，无论切片数是奇数还是偶数[17] ·[23]。但是，在一些较新的机器上，例如 Magnetom，切片时间确实会受到影响，因此不仅马赛克显示会受到影响，而且切片时间也会受到影响，如相关 DICOM 字段（见上文）中所示，如西门子文档中所述。无论如何，如果H >> F，您应该检查 DICOM 文件中的切片时间，以确保切片时间是否反转。请参阅下表以了解摘要。
  • 上升 vs 下降含义：要了解上升和下降的具体含义，请参阅您的打印输出：它将详细说明每个维度的上升方向。在西门子机器上，默认情况下，横向应该是F >> H即从脚到头，矢状应该是R >> L即从右到左，冠状应该是A >> P即从前到后[19]。最后，主要切片采集维度，也是必须考虑切片时间校正的维度，由方向参数给出，可以是横向, 矢状或冠状[17]。因此，如果您的主要方向是矢状方向为R >> L，这意味着切片将从右到左采集。但是，根据实际观察，扫描仪参数中设置的方向似乎并不重要，除了马赛克显示外，因为切片仍然按照默认方向采集[21] ·[23]。SPM 期望主要采集维度为横向，因此切片从脚到头采集[11]。
  • 下表总结了西门子机器可能出现的各种切片顺序，并提供了用于正确切片时间校正的 SPM 代码示例[21] ·[23]
别名 Nifti 切片顺序类型 采集模式（序列） 横向方向 切片数量 切片顺序 马赛克显示顺序 SPM 代码
升序顺序 1 升序 F >> H 偶数或奇数 1 2 3 4 1 2 3 4 [1:1:n]
升序顺序反转 2 升序 H >> F 偶数或奇数 Magnetom 上为 4 3 2 1 或 1 2 3 4 4 3 2 1 [n:-1:1] 或 [1:1:n]
降序顺序 2 降序 F >> H 偶数或奇数 4 3 2 1 4 3 2 1 [n:-1:1]
降序顺序反转 1 降序 H >> F 偶数或奇数 Magnetom 上为 1 2 3 4 或 4 3 2 1 1 2 3 4 [1:1:n] 或 [n:-1:1]
升序交错 1（奇数优先） 3 交错 F >> H 奇数 1 3 5 2 4 1 3 5 2 4 [1:2:n 2:2:n-1]
升序交错 1 反转（降序交错 1） 6? 交错 H >> F 奇数 Magnetom 上为 5 3 1 4 2 或 1 3 5 2 4 5 3 1 4 2 [n:-2:1 n-1:-2:2] 或 [1:2:n 2:2:n-1]
升序交错 2（偶数优先） 5 交错 F >> H 偶数 2 4 1 3 2 4 1 3 [2:2:n 1:2:n-1]
升序交错 2 反转（降序交错 2） 6 交错 H >> F 偶数 Magnetom 上为 3 1 4 2 或 2 4 1 3 3 1 4 2 [n-1:-2:1 n:-2:2] 或 [2:2:n 1:2:n-1]

请注意，SPM 代码受采集模式、切片数量以及横向方向的影响（具体取决于机器型号，这可能会影响马赛克显示顺序或切片时间）。

  • 根据 TR，西门子机器将采集额外的“虚拟扫描”，这些扫描是在开始实际序列采集之前丢弃的体积，以减少磁饱和。虚拟扫描的数量选择确保至少 3 秒的稳定时间：虚拟扫描 = ROUNDUP(3001/TR)，并且根据 TR 启用：如果序列中只有一个体积，则没有虚拟扫描；如果 1501 < TR <= 1001ms：3 个虚拟扫描；3001 < TR <= 1501ms：2 个虚拟扫描；否则，如果 TR > = 3001ms：1 个虚拟扫描[24]。
  • 西门子机器可以根据底层系统分为两组：Numaris 3/3.5 和 Syngo。虽然切片顺序还会改变 Numaris 基机器的切片可视化（因此您可以通过使用任何 DICOM 查看器查看切片来轻松推断出切片顺序），但 Syngo 基机器区分了切片存储和切片采集顺序，这被称为“马赛克”。实际上，在马赛克中，切片存储顺序取决于切片空间编号，而不是切片时间采集编号。Numaris 机器使用 SUN OS 作为操作系统，而 Syngo 机器使用 Windows。Numaris 机器包括 Open、Impact、Vision 以及旧的 Harmony、Symphony 扫描仪；Syngo 机器包括 Concerto、Harmony、Symphony、Trio、Allegra、Magnetom[25]。
  • 西门子的其他技术文档和教程可在以下位置找到：https://www.healthcare.siemens.com/magnetic-resonance-imaging/magnetom-world/clinical-corner/application-tips

飞利浦扫描仪

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飞利浦扫描仪也有特定的切片顺序模式，请参阅下表[26]

模式 包数量 切片顺序
默认值 单个包 1 3 2 4
默认值 两个包 第一个包：1 5 3 7 和第二个包：2 6 4 8
默认值 多个包（>2） 切片首先分布在包中，然后扫描仪先进行奇数切片，然后进行偶数切片。
升序 单个包 1 2 3 4，从前到后、从左到右、从脚到头
升序 多个包 1 3 2 4
降序 单个包 4 3 2 1，从后到前、从右到左、从头到脚
降序 多个包 4 2 3 1
中心 单个包？ 3 4 2 5 1 或 3 2 4 1 5，先采集中间切片，然后以乒乓球类型顺序向外采集
反向中心 单个包？ 1 5 2 4 3，先采集外层切片，然后以乒乓球类型顺序向中间切片采集
交错 单个包？ 1 4 7 10 2 5 8 3 6 9，最大限度地提高相邻切片采集之间的时间间隔，从而最大限度地减少溢出

多波段 EPI 采集

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多波段采集，也称为 POMP（GE）、同步激励或 SMS，用于同步多切片（西门子）、多切片（飞利浦）、双切片（日立）和 QuadScan（东芝），是一种允许同时采集多个切片的技术[27]。实际上，如果您查看切片时间，您会发现多个切片具有相同的切片时间，这在非同步 EPI 采集的切片时间中是看不到的。

很难检查您的序列是否启用了多频带采集，因为打印输出可能不会显示此信息。一种可靠的方法是检查扫描仪控制台中的切片时间，或者如果私有供应商字段可用，则检查 DICOM（见上文）[28] ·[29]：如果切片时间中的两个值相同，则您的采集是多频带的。对于西门子 Magnetom VIDA 等更新的机器，DICOM 可以包含私有字段 (0018,9077) 并行采集和 (0018,9078) 并行采集技术，以描述多频带的使用。请注意，这两个标签仅在启用多频带时报告（“(0018,9077) CS [YES]” 和 “(0018,9078) CS [SMS]”），而不是加速因子。或者，字段 (0021,1009) 将报告平面内（例如 iPAT、SENSE、GRAPPA）和切片间（例如 SMS）加速（例如，“(0021,1009) LO [p2 s4]” 将表明多频带 4）。

如果您使用多频带采集，则不能使用切片顺序作为切片时间校正的输入，因为切片顺序不能表示同时采集的多个切片（如果它是一个矩阵，则有可能，但 SPM 仅接受一个向量）。但是，在使用多频带 EPI 采集时，可以使用切片时间而不是切片顺序[30] ·[31]。如果您知道切片顺序但不知道切片时间，您可以手动人工创建切片时间，通过使用相等的时间间隔从切片顺序生成人工值，然后根据 TR 对数字进行缩放，以便最后一个时间切片时间 =TR - TR/(nslices/multiband_channels).

切片时间校正是否必要？（对于小 TR、多频带等）

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对于非常小的 TR（例如多频带），切片时间校正变得非常复杂，因为通常会有大量的切片，任何轻微的移动都可能使切片时间校正校正错误的切片，并且这种校正没有那么必要，因为 TR 很小，切片之间的时间差异因此减少。在这种情况下，您可以选择跳过切片时间校正（或使用时间导数，它可以解释+/- 1 秒的时间变化[5]）。

然而，研究表明，即使对于快 TR < 2s（例如使用多频带获得的[2]），切片时间校正也总是有效的。实际上，观察到切片时间校正有助于更多延迟的切片（即，朝向切片顺序的末尾），并且切片时间校正会随着 TR 的延长而增加统计效应量，随着 TR 的缩短而逐渐减少，直到 0.5s，此时常用的切片时间校正方法不再有帮助[32]。然而，随着新的切片时间校正方法（如上采样和低通滤波）的出现，仍然存在显着的增益，这种增益无论 TR 如何都是恒定的[32]。

时间参数

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重复时间

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重复时间可以从 DICOM 文件的强制字段中检索(0018,0080) 重复时间，它将为您提供在扫描仪中设置的 TR 设置的值。它也可以在 NIFTI 文件头中找到，除非匿名化过程剥离了它。

但是，您可能会发现 TR 值可能是一个与扫描仪设置中设置的 TR 不同的浮点值。似乎一些扫描仪，如飞利浦医疗 Ingenia，在重复时间字段中包含“实际”重复时间（获取此序列的一个体积真正花费的时间）。因此，您将获得一个浮点值，它可能与您在设置中设置的 TR 有点偏差（例如，如果 TR 是 2，那么您可能会有 2.00392 的“实际”TR）。

能够使用每个序列的这个精确 TR 时间更精确地校正受试者层面的 TR 会很有趣，不幸的是，目前大多数（所有？）软件都不支持此功能。

微时间

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在统计分析步骤中，“fMRI 模型规范”模块之后，因此在预处理和切片时间校正之后，SPM 不再在原始序列域中工作，而是在其自己的域中工作：“（希望）切片时间校正体积”被分成“微时间 bin”。这种微时间设计旨在对时间序列进行过采样，换句话说，提高 BOLD 信号的分辨率，以便可以在比原始时间序列高得多的时间分辨率下采样更精确的数据点。

此设计由“fMRI 模型规范”模块中的两个参数配置：微时间分辨率 (fmri_T) 和 微时间开始 (fmri_T0)。第一个设置每个体积的 bin 总数（换句话说，“放大”因子，例如，如果您设置 16，您将获得每个 TR 和体素的 16 个点，而不是一个点），而第二个用于将微时间设计移动以对应于切片时间校正参数（即，如果您在切片时间校正模块中设置了参考切片，则需要更改统计测试中的微时间开始）。

HRF 时间导数

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HRF 时间导数可以在 fmri 模型规范期间启用，以允许时间上的微小偏移（< 1s），因此可以用作切片时间校正的替代方法（即使切片时间校正比 HRF 时间导数提高灵敏度[2]，后者更简单，更通用）。

有关更多信息，请参阅HRF“信息”基础集。

资源

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参考文献

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  1. ↑ Henson RNA, Buechel C, Josephs O 和 Friston KJ (1999), "The slice-timing problem in event-related fMRI", NeuroImage, 9, S125{{citation}}: CS1 maint: multiple names: authors list (link)
  2. ↑ a b c d e f Sladky, R., Friston, K. J., Tröstl, J., Cunnington, R., Moser, E., & Windischberger, C. (2011), "切片时间效应及其在功能性磁共振成像中的校正", 神经影像, 58(2): 588–594{{citation}}: CS1 maint: multiple names: authors list (link)
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  4. ↑ Roche, A. (2011), "一种四维配准算法，应用于 fMRI 运动和切片时间联合校正", IEEE 医学图像学报, 30(8): 1546–1554
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  8. ↑ a b CRNL 切片顺序和 TR 自动检测 matlab 脚本 (来自 nifti 头文件，在多波段之前), 存档于 原始位置 于 2017-11-01，检索于 2017-11-01
  9. ↑ Rik Henson (通过 Darren Gitelman 转发), JISC 邮件列表: "Fwd: SLICE-TIMING - FINAL WORD?", 存档于 原始位置 于 2017 年 11 月 8 日，检索于 2017-11-08 {{citation}}: 检查日期值：|archivedate= (help); 未知参数 |dead-url= 被忽略 (|url-status= 建议) (help)
  10. ↑ http://dicom.nema.org/medical/dicom/2016b/output/chtml/part03/sect_C.7.3.html#sect_C.7.3.1.1.2
  11. ↑ a b c SPM12 spm_slice_timing.m 注释
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