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SPM/独立版

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简介

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SPM 独立版是使用 MATLAB Compiler 编译的 SPM 版本，因此不需要 MATLAB 许可证（您可能想先查看 这里 是否可以访问 MATLAB 校园许可证）。

SPM12 的独立版 可从 SPM 网站下载（选择“SPM 独立版”作为“SPM 版本”）。如果您需要帮助，请联系 [email protected]。

安装

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根据您的请求，您将获得以下组件的下载说明

  • MATLAB 运行时：它包含一组库，用于启用编译的 MATLAB 应用程序的执行。您需要安装与您的平台（Windows、Linux 或 macOS）以及用于编译 SPM 的版本相对应的运行时。默认 SPM 独立版需要 MATLAB R2010a 的 MATLAB Compiler Runtime (MCR) 7.13，该版本可从您将获得的链接中的 MCR 文件夹中获得。否则，您可以从 这里 下载更新的 MATLAB 运行时。
  • SPM 独立版 本身包含编译的 SPM，作为 ZIP 文件。

MATLAB 运行时安装

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即使您使用多个版本的独立版 SPM，您也只需要执行此操作一次。

运行您下载的 MCRInstaller 可执行文件并按照说明操作。

Windows 安装需要具有管理员权限，您可能还需要安装 Visual C++ Redistributable Package (vcredist_*.exe)，该软件包与 MCRInstaller 位于同一文件夹中。我们还建议您在此处重新启动 Windows。

如果您遇到问题或想了解更多信息，请参阅

要从命令行在 Linux 上安装 MCR，请输入

chmod 755 MCRInstaller.bin
./MCRInstaller.bin -P bean421.installLocation="MCR" -silent

SPM 独立版安装

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  • 将包含 SPM 独立版的 spm12_rxxx.zip 存档解压缩到适当的文件夹中。它包含许多针对每个支持平台的小型可执行文件以及一个大型 spm12.ctf 文件，其中包含编译后的 SPM12 版本。
  • 独立版应用程序首次执行时，CTF 文件将被解压缩到子文件夹中，因此，如果您将 CTF 安装到需要写入访问权限的管理员权限的文件夹中，则应在这些权限下执行该应用程序一次 - 参见下文。
  • 在 Mac 上，您还需要解压缩 spm12_maci64.zip 存档。

使用

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要启动 SPM 图形用户界面

  • 在 Windows 上：双击 spm12_wxx.exe
  • 在 Linux 上，请输入
./run_spm12.sh /usr/local/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v713/

其中参数是 MCR 安装的路径。

  • 在 Mac 上，请输入
./run_spm12.sh /Applications/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v713/

其中参数是 MCR 安装的路径。

第一次执行应该需要更长时间才能启动，因为 CTF 文件将被解压缩。在系统范围内安装 SPM 时，您应该以 root 身份执行第一次解压缩执行，即

./run_spm12.sh /usr/local/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v713/ quit

在 Linux/Mac 上，您可以编辑 Shell 脚本 run_spm12.sh 以硬编码 MCR 安装的位置，从而无需在命令行中提供它。

可以使用的其他参数是模态（如 `spm fmri`）或关键字 `batch` 以直接启动批处理系统窗口，例如

./run_spm12.sh /Applications/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v713/ fmri
./run_spm12.sh /Applications/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v713/ batch

此外，`batch` 后跟批处理文件名 (*.mat 或 *.m) 将启动 SPM，执行批处理并退出

./run_spm12.sh /Applications/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v713/ batch mybatch.mat

故障排除

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  • 为什么我会收到关于缺少 mclmcrrt7x.dll 的错误？

首先尝试重新启动计算机，如果您还没有重启，因为即使路径设置正确，Windows 也可能无法找到此 dll，如果它没有重启。如果您仍然遇到问题，请参阅：http://www.mathworks.com/support/solutions/en/data/1-1IW46N/

  • 如果我收到错误“无法获得 CTF 目录的独占锁，因为文件访问错误。”怎么办？

您需要将变量 MCR_INHIBIT_CTF_LOCK 设置为 1，请参阅 这里。

  • 如果我在 Mac 上收到错误“readlink：非法选项 -- f”怎么办？

更改 run_spm12.sh 的最后一行，使其读取

`dirname $0`/${MACAPP}spm12_${MWE_ARCH} $*
  • 如何使用单个计算线程使用独立版？

所有最近版本的独立版 SPM 都是使用 "-R -singleCompThread" 标志在 mcc 中编译的，因此它们在运行时将使用单个线程。

之前的版本 r4290 没有使用此编译选项，因此您可能希望让您的 MATLAB 脚本以 maxNumCompThreads(1); 开始，以获得相同的效果。

  • 为什么我会收到警告“进程管理器已初始化 -- 无法完全启用无头模式。”然后在 Mac OS 上崩溃？

尝试安装 XQuartz（您必须在安装 XQuartz 后注销并重新登录）。

  • 如果我收到错误“错误：libXp.so.6：无法打开共享对象文件：没有此文件或目录”怎么办？

您需要在 Linux 平台上安装包含 libXp 的软件包

yum install libXp.x86_64

如果您在 Ubuntu 上找不到此软件包，请尝试手动安装 libXp（编译可能需要安装软件包 autoconf autogen xutils-dev 和 x11proto-print-dev）

git clone git://anongit.freedesktop.org/xorg/lib/libXp
cd libXp
./autogen.sh
./configure
make
sudo make install

或者，您可以找到适用于 Ubuntu 或 Debian 的软件包，这些软件包可以在下载后使用 dpkg -i libxp6_1.0.2-2_amd64.deb 安装。

  • 如果我收到错误“此进程试图通过路径将项目从 Time Machine 中排除，但没有管理员权限。这不受支持。”怎么办？

以 root 身份运行独立版一次，即使用 sudo 启动命令行。

  • 为什么我在 Mac 上收到错误“库未加载：/usr/X11/lib/libXext.6.dylib”？

请查看 [1]，您可能需要重新安装 XQuartz。

  • 为什么独立版 SPM 在启动 GUI 时会崩溃？

这是 这里 讨论的，可以通过在 run_spm12.sh 中添加以下内容来解决

SPM_HTML_BROWSER=0

常见问题解答

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  • 它会运行得更快吗？

不：https://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/94695

  • 是否可以添加其他 SPM 工具箱？

不：只有核心 SPM 工具箱可用，贡献的 SPM 工具箱不存在，也不能在不进行全面重新编译的情况下添加。

  • 如何自己编译 SPM 独立版？

请查看 SPM 安装中的 config/spm_make_standalone.m 和 spm_standalone.m。

打开 MATLAB，在命令行中，添加 SPM 目录的路径（如果还没有添加），运行 spm_jobman('initcfg')，然后运行 spm_make_standalone。编译过程需要几分钟。默认情况下，新编译的独立版 SPM 将保存在 standalone 目录中。

  • 如何在桌面上创建快捷方式以更快地启动？

在 Linux 上，要实现菜单项，您可以安装相应的 .desktop 文件和 SPM 的图标文件。例如，将以下内容保存为 spm12.desktop（根据您的需要/MCR 版本进行修改）

 [Desktop Entry]
 Name=spm12
 GenericName=SPM12
 Comment=Statistical Parametric Mapping
 Exec=/usr/local/SPM/spm12/run_spm12.sh /usr/local/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v713
 Icon=spm
 Terminal=false
 Type=Application
 Categories=Education;Science;

此外，从 https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/favicon.ico 获取 SPM 图标，并将其转换为 png 文件，将其命名为 spm.png（这是 .desktop 文件中提到的图标）。

然后（需要 xdg-utils 软件包）在终端中执行

 xdg-desktop-menu install --novendor spm12.desktop
 xdg-icon-resource install --novendor --size 32 spm.png

要卸载桌面和图标文件，请运行

 xdg-icon-resource uninstall --size 32 spm
 xdg-desktop-menu uninstall spm12.desktop

文档

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MATLAB Compiler Toolbox 演示

MATLAB Compiler Toolbox 文档

MATLAB Compiler 支持页面

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