结构生物化学/将功能归因于基因和基因产物
尽管中心法则对于表达物理性状很重要，但它缺乏现代生物化学家/物理学家和生物学家所需要的深度。对于现代科学家来说，仅仅知道蛋白质从RNA翻译而来，而RNA从DNA转录而来是不够的。相反，现代生物学研究领域的科学家努力了解某些功能或性状可以归因于DNA的特定结构，尤其是涉及特定基因的结构。
基因表达的中心法则在 50 多年前就已出现，从那时起，人们对 DNA 如何在生物化学上表达有了进一步的了解。由于我们了解了其他类型的 RNA，并将其分为不同的类别，我们现在不再局限于简单的法则，即 DNA -> RNA -> 蛋白质；用于翻译的 RNA 和用于调节的 RNA。经典研究将 mRNA、rRNA 和 tRNA 主要归类为基因表达中翻译机制的一部分，而小的 microRNA (miRNA) 则作为调节 RNA。
在本例中，我们将“功能”定义为由基因或 DNA 结构介导的行为。重要的是将功能归因于特定结构/基因的科学方法。
假设您分离出一种特定蛋白质，该蛋白质可以检测到特定的催化活性。如果您将这种特定蛋白质与给定的底物反应，并发现发生了特定的催化活性，那么将催化活性归因于特定蛋白质（我们将称之为“生化功能”）是合理的。这可以通过演绎推理得到证实。（注意：在本例中，所有这些都发生在隔离状态。这不是在现实生活中进行的生物学情景。这是在化学实验室进行的）。现在，如果另一位研究人员通过修改编码形成您蛋白质的氨基酸的 DNA 序列来研究同一种特定蛋白质的功能，那么该研究人员很可能会发现，改变给定细胞中的 DNA 以使其编码特定蛋白质也会改变细胞的其他特征。（注意：在本例中，实验在生物系统中进行）。然后，随后归因的是细胞的改变特征是由基因改变和随后的基因产物（编码的特定蛋白质）引起的。由于基因被改变以产生特定蛋白质，因此还假设细胞的改变特征是蛋白质的功能，我们可以称之为遗传功能。
在第一种情况下，我们观察到蛋白质与某些底物在隔离状态下的功能。该功能直接由蛋白质介导，没有其他因素。在第二种情况下，我们看到了蛋白质及其在细胞中的相互作用的功能，以及作为改变遗传序列的混杂变量。这两种情况的意义在于表明，将功能归因于基因取决于研究该基因的方法。在第一种情况下，通过观察基因编码的蛋白质的影响间接研究基因。在第二种情况下，我们观察到改变遗传序列以产生特定蛋白质的影响，换句话说，遗传序列被改变为我们想要研究的序列。这两种情况遵循不同的方法，并且独立地传达了深奥的信息。但是，如果将它们结合在一起，可以看出生化和遗传功能归因是连续统一体上的两个因素。
有大量的长转录 RNA 转录本不编码蛋白质。这些被称为长非编码 RNA (lncRNA)。尽管这些 RNA 不编码蛋白质，但它们在基因表达中仍然具有很大影响，从而破坏了简单的遗传法则。新兴研究表明，lncRNA 通过与染色质调节因子形成广泛的核糖核蛋白 (RNP) 复合物网络，在基因组中使用特定的酶活性，这可以用来靶向基因组中的特定/适当位置。因此，lncRNA 可以用作模块化支架，类似于一种调节 RNA，通过指定 RNP 复合物和染色质状态的组织，影响基因控制，进而影响基因表达。
关联罪责：在确定 lncRNA 的可能功能和调节方式时，创建了一种方法，通过 lncRNA 与 mRNA（蛋白质编码 RNA）的共表达来生成 lncRNA 功能的假设。通过这样做，lncRNA 可以与它们可能调节的途径分组，根据它们与相应 mRNA 的共表达情况。这是一种相关方法，也就是说，观察的是是否存在统计学意义，并且据此推测共调节和共表达的机制。使用这种方法，已经通过它们与不同 RNA 表达途径的关联模式（无论是否关联）揭示了几个 lncRNA 家族。例如，一种特定的 lncRNA，称为 lincRNA-p21（与 p53 相关）被发现直接受 p53 调节，随后形成具有核因子的 lncRNA-RNP，该核因子充当全局转录抑制因子，所有这些都有助于 p53 介导的凋亡。这表明 lncRNA 可能发挥着重要的作用，因为在给定示例中，它发挥着重要的生物学功能（凋亡）。
Greenspan NS. “将功能归因于基因和基因产物。”趋势生物化学科学。2011 年 6 月；36（6）：293-7。<http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000411000028>。
Rinn JL. Chang HY. “长非编码 RNA 对基因组的调节。”年度评论。2012 年 7 月；81：146-166。<http://www.annualreviews.org/doi/full/10.1146/annurev-biochem-051410-092902?url_ver=Z39.88-2003&rfr_id=ori:rid:crossref.org&rfr_dat=cr_pub%3dpubmed&>。