结构生物化学/生物信息学/结构比对/用于结构比对的程序/DALI
DALI 代表距离对齐矩阵方法。DALI 是一种常见且流行的方法，它将输入的蛋白质分解为六肽片段，然后通过理解相邻片段之间的接触模式来计算距离矩阵。在矩阵的主对角线上显示了序列中连续的残基的二级结构特征。其他对角线代表序列中不彼此相邻的残基。当对角线平行于主对角线时，它们代表的特征也是平行的。然而，当对角线垂直时，它们的特征是反平行的。如果两种蛋白质的距离矩阵相同或在几乎相同的位置共享类似的特征，则可以认为它们具有相似的折叠和连接二级结构元素的长度循环。当构建两个矩阵时，DALI 的实际对齐过程涉及进行一系列 6x6 的重叠子矩阵。然后，这些 6x6 矩阵通过标准得分最大化算法重新组装成最终对齐。DALI 方法已被用于构建 FSSP 数据库（基于蛋白质结构-结构比对的折叠分类，或结构相似的蛋白质家族）。该数据库包含所有已知的蛋白质结构，并将它们相互比对以确定结构邻居和折叠分类。此数据库信息很容易在互联网上找到，方便访问。可以在 这里找到 DALI 在线数据库。 可下载程序 和 网络搜索 是其他可用的 DALI 资源。