结构生物化学/生物信息学/结构比对/用于结构比对的程序/GANGSTA+
GANGSTA+ 是一种用于蛋白质非序列结构比对和数据库相似性搜索的组合算法。该方法在二级结构水平上采用组合方法，根据接触图找到两个蛋白质结构之间的相似性。此程序可以使用不同的 SSE（二级结构元素）分配模式。这种 SSE 的分配可以根据所考虑的蛋白质对的多肽链中 SSE 的顺序（序列比对）进行，或者完全忽略此顺序（非序列比对）。如果需要，也可以将 SSE 对反向对齐。通过点匹配方法将最高排名的 SSE 分配转移到残基水平。为了获得两个蛋白质的初始共同原子坐标集，通过反洛伦兹函数定义了 α 碳原子对的成对吸引相互作用，并使能量最小化。您可以在这里找到 GANGSTA+ 数据库。