结构生物化学/生物信息学/结构比对/结构比对程序/MAMMOTH
MAMMOTH 代表 MAtching Molecular Models Obtained from THeory。该程序最初是为比较从结构预测产生的模型而开发的，因为它能够容忍较大的不可比对区域。然而，它已被证明在实验模型中也能很好地工作，尤其是在寻找远程同源性时。在盲结构预测和自动化 GO 注解的目标上进行的基准测试表明，它与人类策划的注解紧密排名相关。涵盖 150 个基因组的未知蛋白质预测结构的基于 MAMMOTH 的结构注释的大量完整数据库促进了基因组规模的归一化。
基于 MAMMOTH 的结构比对方法将蛋白质结构分解成短肽（例如七肽），然后将这些短肽与另一个蛋白质的相同长度肽进行比较。然后使用单位向量 RMS (URMS) 方法计算两个多肽之间的相似性得分。这些核心存储在一个相似性矩阵中，并通过混合（局部-全局）动态规划，计算出最佳残基比对。使用 MAMMOTH 计算的蛋白质相似性得分来自偶然获得给定结构比对的可能性。
MAMMOTH-mult 是 MAMMOTH 算法的扩展，用于比对相关的蛋白质结构家族。该算法速度非常快，并且能够产生一致的高质量结构比对。使用 MAMMOTH-mult 计算的多个结构比对产生结构隐含的序列比对，这些比对可进一步用于多模板同源性建模、基于 HMM（隐马尔可夫模型）的蛋白质结构预测和轮廓类型 PSI-BLAST 搜索。