结构生物化学/生物信息学/结构比对/结构比对程序/RAPIDO
RAPIDO 代表Rapid Alignment of Proteins in terms of DOmains。RAPIDO 是一个用于 3D 对齐不同蛋白质分子晶体结构的 Web 服务器，这些结构存在构象变化。与 CE 的第一步类似，RAPIDO 使用一种基于差异距离矩阵的方法来识别两个不同蛋白质中结构上相似的片段。MFP（匹配片段对）在图中表示为节点，通过 DAG（有向无环图）上的最长路径识别算法将这些节点链接起来，形成对齐。最后一步进行细化以提高执行的对齐的质量。在对齐两个结构后，服务器应用遗传算法来识别构象不变区域。这些区域对应于原子间距离恒定（在定义的公差范围内）的原子组。通过这样做，RAPIDO 通过使用基于细化 B 值的加权函数来考虑原子坐标可靠性的变化。由 RAPIDO 识别的构象不变区域表示用于叠加两个结构的可靠原子集，可用于详细分析构象的变化。即使这些区域由序列上距离较远且由其他可移动域隔开的片段组成，RAPIDO 也可以识别结构等效区域。