结构生物化学/生物信息学/结构比对/结构比对程序/SSAP

SSAP

SSAP 中计算的原子到原子向量的示意图。从这些向量中，可以构建一系列向量差，例如，蛋白质 1 中的 (FA) 和蛋白质 2 中的 (SI) 之间的向量差。将两个序列绘制在矩阵的两个维度上，以形成两个蛋白质之间的差异矩阵。对所有可能的差异矩阵应用动态规划，构建一系列最佳局部比对路径，将这些路径求和形成汇总矩阵，在汇总矩阵上再次进行动态规划以确定整体结构比对。

SSAP 代表序列结构比对程序。SSAP 方法使用双重动态规划，根据结构空间中的原子到原子向量来生成结构比对。SSAP 使用所有甘氨酸残基的 β 碳原子构建向量，而不是通常使用的 α 碳原子，因此考虑了每个残基的旋转异构体状态及其在主链上的位置。SSAP 首先构建一系列残基间距离向量，这些向量位于每个残基与其在每个蛋白质上的最近的非连续邻居之间。然后构建一系列矩阵，包含每个残基对的邻居之间的向量差，这些向量差用于构建向量。对每个生成的矩阵使用动态规划确定一系列最佳局部比对，然后将这些比对混合到一个“汇总”矩阵中，然后使用动态规划再次确定整体结构比对。SSAP 最初只提供成对比对，但现在可以提供多序列比对。它已用于通过所有蛋白质的对对比较产生称为 CATH（类、结构、拓扑、同源性）的层次化折叠分类。然后，这被用于构建 CATH 蛋白质结构分类数据库。构建的数据库可以在 这里找到。