结构生物化学/生物信息学/结构比对/用于结构比对的程序/TOPOFIT
TOPOFIT 方法使用从主链表示派生的三维 Delaunay 三角剖分模式分析蛋白质结构。结构相关的蛋白质已被发现具有共同的空间不变部分，一组四面体，在数学上被描述为从 Delaunay 镶嵌（DT）派生的三维接触图的共同空间子图体积。由于蛋白质结构的这种特性，提出了一种新颖的公共体积叠加（TOPOFIT）方法来生成蛋白质的结构比对。DT 模式的叠加允许客观地识别相同数量的等效残基。换句话说，TOPOFIT 识别 RMSD/Ne 曲线上的一个特征点，一个 topomax 点，直到该点为止，两个结构彼此对应，包括主链和残基间接触，而 DT 模式之间越来越多的不匹配出现在 topomax 点之后更大的 RMSD (Ne) 处。topomax 点存在于来自不同蛋白质结构类别的所有比对中。因此，TOPOFIT 方法识别蛋白质之间共同的、不变的结构部分。TOPOFIT 方法为蛋白质结构的比较分析以及更详细地了解三级结构组织和功能的分子原理提供了新的机会。这有助于检测构象变化、可变部分的拓扑差异，这些差异对于研究活性/结合位点的变化和蛋白质分类尤为重要。