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RNA结构比对

传统的结构比对技术只应用于蛋白质，因为蛋白质是形成特征性三维结构的主要生物大分子。然而，大的RNA分子也形成特征性的三级结构，这些结构主要由碱基对之间形成的氢键以及碱基堆积组成。功能相似的非编码RNA分子特别难以从基因组数据中提取，因为在RNA和蛋白质中结构比序列更保守，而RNA更有限的字母表减少了任何给定位置上任何给定核苷酸的信息量。最近发表了一种用于对序列同一性低的RNA序列进行成对结构比对的方法，并在FOLDALIGN程序中实现。FOLDALIGN.这种方法并非真正类似于蛋白质结构比对技术，因为它计算地预测RNA输入序列的结构，而不是要求实验确定的结构作为输入。虽然蛋白质折叠过程的计算预测迄今为止并不特别成功，但没有假结的RNA结构通常可以使用基于自由能的评分方法进行合理预测，这些方法考虑了碱基配对和堆积。