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结构生物化学/酶/近似催化

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近似催化

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通过随机碰撞偶然相遇的底物,与底物反应部分接触的可能性更小。因此,酶可以采用一种称为近似催化的策略,通过这种策略,酶将两种底物聚集在一起,以增加反应速率。这种策略利用了结合能,并使底物处于反应进行的正确方向。通常在反应中,会有平移熵和旋转熵的损失。在反应中,过渡态比基态更加有序,使得 delta S 为负。该反应发生在酶的活性位点,底物和催化基团将作为一种分子起作用,防止平移和旋转能量的损失。反应首先从两种能够互相找到的分子开始,这使得反应速率取决于反应物的浓度。这是由于分子相互找到的可能性更高。

一些例子

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近似催化的一个例子是,当 NMP 激酶 [[1]] 将两种核苷酸聚集在一起以促进磷酰基从一种核苷酸转移到另一种核苷酸。在加入三磷酸腺苷 (ATP) 后,磷酸基团与 NMP 激酶的磷酸基团相邻。这促进了两个分子之间磷酸的转移。

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