结构生物化学/酶催化机制/总结
酶使用以下方式加速反应
接近效应和取向效应
静电催化
过渡态优先结合
诱导契合
通用酸碱催化
共价催化
金属离子催化
酶通过降低活化能 DG‡ 来加速化学反应。
过渡态的强结合和底物的弱结合导致最大速率，因为所有结合能都用于降低 DG‡。
任何将部分结合能用于其他目的的过程，例如蛋白质构象变化，都会降低最大速率。
在生理条件下，最大速率是通过最大化 kcat/Km 以及 Km 大于生理 [S] 来实现的。这意味着大多数酶将是自由的，可以与底物分子相互作用，并且每次相遇都会导致反应。
http://www.bmb.psu.edu/courses/bmb401_spring2004/lecture_notes/lecture11_2004.pdf