结构生物化学/蛋白质功能/别构调节
别构调节是指调节剂与酶或蛋白质的活性位点以外的位点结合,从而调节酶或蛋白质活性的过程。因此,它会导致活性位点的形状发生改变,并阻止底物的结合。这样,酶的活性就会受到影响。“别构”一词来自希腊语“allo”,意思是“其他”;“steric”意思是“空间”。别构调节的例子包括下游产物的反馈、上游底物的正向反馈。别构蛋白是一种具有多个配体结合位点的蛋白质,因此在一个位点的配体结合会影响另一个位点的配体结合,这被称为协同结合。
我们知道,酶可以在活性构象和非活性构象之间转换。在调节剂(例如抑制剂)的存在下,可用于自由结合底物的酶较少。然而,当抑制剂释放后,酶会恢复到原来的形状,活性位点就会可用于底物结合并形成产物。底物与活性位点形成弱键,结合的特异性取决于原子的精确排列。
在细胞中,别构酶(通常有两个或多个亚基)可以在活性形式和非活性形式之间振荡。根据酶所处的状态,调节剂可以用来稳定酶的构象;激活剂在调节位点的结合可以稳定别构酶的活性形式,而抑制剂的结合则稳定酶的非活性形式。别构酶的亚基以一种方式相互配合,即一个亚基的构象变化会传递到所有其他亚基。通过这种相互作用,一个单一的激活剂或抑制剂分子与一个调节位点结合,会影响所有亚基的活性位点。在细胞中,激活剂和抑制剂在低浓度下会解离,然后使酶再次振荡。调节剂的这种波动会导致细胞酶活性发生复杂的反应模式。一个例子是ATP水解产物,它们在平衡合成代谢和分解代谢途径之间的流量中起主要作用,这取决于它们对关键酶的影响。例如,ATP以别构方式与多种分解代谢酶结合,从而降低了它们对底物的亲和力,并抑制了它们的活性,而ADP则作为同种酶的激活剂。因此,如果ATP的生成落后于消耗,ADP就会积累,激活这些关键酶,加速分解代谢,产生更多ATP。然而,如果供应超过需求,当ATP分子积累并结合到酶上,抑制它们时,分解代谢会减缓。以这种方式,别构酶控制着代谢途径中关键反应的速率。
- 所有酶都必须受到严格的调节,才能执行生命中必不可少的化学反应。
当酶可以来回切换非活性形式和活性形式时,活性形式并不真正稳定,并不总是准备好让底物结合。协同性是指一个底物与一个亚基的一个活性位点(当酶处于活性形式时)结合,会触发并“锁定”所有其他亚基的活性形式,从而使酶的活性形式稳定,使更多底物能够结合到其他亚基的其他活性位点。
有两种模型描述并解释了配体的协同结合。第一种模型是协同模型(MWC模型),它指出蛋白质只存在两种可能的形态。它要么是T(紧张)状态,要么是R(松弛)状态。添加配体的过程会将蛋白质从T状态转移到R状态。在血红蛋白的例子中,脱氧形式处于T状态,但氧配体添加到蛋白质的活性位点,会将血红蛋白转移到氧合形式,对应于R状态。
对于T状态,因为它处于“脱氧”状态,亲和力(配体与蛋白质结合的能力)较低,因此需要高浓度的氧气才能达到饱和。因为R状态处于完全氧合状态,它对氧气的亲和力更高,能够与蛋白质结合。然而,该模型只会处于T状态或R状态,否则就不会具有协同性。
第二种模型是顺序模型,它指出将配体添加到活性位点的过程不会完全将T模型转换为R模型。在血红蛋白的例子中,当蛋白质的三个活性位点被氧配体占据时,血红蛋白分子与氧气的结合能力要强得多(约为3倍),与脱氧模型相比。这两种模型各有优缺点;同时使用这两种模型是进行精确分析的最佳方法。别构酶不遵循米氏方程。图形看起来像“s”形,这表明反应的速度取决于底物的浓度。
反馈抑制是指合成代谢途径链中的一个最终产物成为一个抑制剂,它与产生该最终产物的第一个酶的别构位点结合,并影响酶的形状。因此,该酶不再能够在其活性位点结合底物。然后,代谢途径就会关闭,不再产生与抑制剂相同的最终产物,该抑制剂与别构位点结合。这可以作为一种代谢控制方法。
在上图中,底物首先附着在酶1的活性位点,活性位点将底物转变为与酶2的活性位点相同的形状。这种转换会一直持续,直到底物转变为产物。反馈抑制从产物与酶1的别构位点结合开始,改变了酶1的活性位点的形状。由于酶1的活性位点发生了变化,以前与酶1结合的底物将无法再与酶结合。其他类型的底物可能能够与改变的酶1结合,但可能无法与酶2的活性位点结合。
反馈抑制通常发生在生物体的细胞中,这种抑制控制着细胞内的化学反应。此外,它也存在于氨基酸和胆固醇的合成中。
在氨基酸中,生物合成途径受反馈抑制的调节,其中参与反应的酶之一受到最终产物的别构抑制。如果合成反应产生了过多的产物,反馈抑制可以用来停止合成反应。例如,随着大肠杆菌中的谷氨酰胺合成酶不断增加,累积的反馈抑制会与酶的别构位点结合,从而改变酶的构象,因此无法合成谷氨酰胺。
Berg, Jeremy, Lubert Stryer, and John l. Tymoczko. Biochemistry, 6th Edition.
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