结构生物化学/蛋白质功能/主要组织相容性复合体 (MHC)/MHC II 类
II 类 MHC 分子由抗原呈递细胞（树突状细胞、巨噬细胞和 B 细胞）产生，这些细胞有助于触发获得性免疫反应。抗原呈递细胞通过吞噬作用或胞吞作用摄取外来抗原，并将其分解成肽片段，这些片段与 II 类 MHC 分子结合，将抗原片段带到细胞表面，以便被辅助 T 细胞表面的T 细胞受体识别。T 细胞受体在 CD4（辅助 T 细胞表面的一种蛋白质受体）的帮助下与 II 类 MHC-抗原片段复合物结合，一旦结合，辅助 T 细胞就会被激活并开始增殖和分泌细胞因子。
当辅助 T 细胞增殖时，会产生记忆辅助 T 细胞和更大量的活性辅助 T 细胞。记忆辅助 T 细胞通过在抗原再次“攻击”时快速增殖，为获得性免疫反应做出贡献，从而对抗原产生更快、更强的反应。活性辅助 T 细胞的寿命比记忆辅助 T 细胞短，它们通过分泌细胞因子来启动对病原体的免疫防御，这些细胞因子刺激附近 B 细胞和细胞毒性 T 细胞的激活。一旦被激活，细胞毒性 T 细胞就会通过细胞凋亡摧毁受感染的细胞，而浆细胞则分泌特异性抗体来中和和消除病原体。细胞毒性 T 细胞和 B 细胞也会增殖，产生各自的记忆细胞，以用于病原体的第二次攻击。
在 HIV 的情况下，辅助 T 细胞是直接受到病毒攻击的细胞。它们被完全杀死，这意味着不再有辅助 T 细胞能够产生细胞因子并呼叫其他吞噬细胞繁殖并产生免疫反应。这导致所有辅助 T 细胞的死亡，以及免疫系统的死亡。因此，感染 HIV/艾滋病的人不是死于病毒本身，而是可能死于（例如）普通感冒，因为免疫系统无法对其做出反应。