蛋白质组学/蛋白质 - 蛋白质相互作用/变构效应和亲和力

结合位点表征	蛋白质相互作用	实验测定结合
	变构效应和结合亲和力

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本节

变构效应和结合亲和力

变构结合发生在蛋白质活性位点之外的界面，而变构调节则是通过结合变构位点界面上的激活分子实现的。变构结合是协同的，也就是说随着配体水平的增加，分子对配体的亲和力会上升。如果配体的浓度对结合没有影响，则称结合是非协同的。^{^[1]}

变构结合有两种模型

协同模型
顺序模型。

协同模型

在协同模型中，一个蛋白质亚基的构象变化会扩展到所有其他亚基，使得所有亚基共享相同的构象。在没有配体结合的情况下，构象的平衡有利于紧张状态或松弛状态，T 或 R。构象在这些状态之间转换取决于配体与变构位点的结合。^{^[2]}

顺序模型

在顺序模型中，一个蛋白质亚基的构象变化可能会诱导其他亚基发生类似的变化，但所有亚基都不会共享相同的构象。诱导契合是顺序模型的一个要素。与界面的碰撞会引发配体的构象变化，从而使亚基松弛，使受体能够形成与配体契合的形状。但这些构象变化不会传播到周围的亚基。^{^[3]}

当配体以上述方式结合时，降低了活性位点中底物的结合亲和力，就会发生变构抑制。

结合亲和力

受体-配体结合可以通过两者之间的亲和力或吸引力来表征。具有高亲和力的结合位点在受体-配体之间具有较强的分子间力，并且与具有低亲和力的结合位点相比，它们保持结合的时间更长。高亲和力位点具有较高的分子能量，并且可以传递一些能量来促进受体的构象变化。配体一半量与受体结合的浓度用于量化结合亲和力。高亲和力位点有更多配体结合，而低亲和力位点有不到一半的配体结合。结合亲和力用于确定蛋白质中存在结合位点的数量和位置，这些信息是通过等温滴定量热法和酶抑制法测定的数据的计算得出的。^{^[4]}

参考文献

1.^ 细胞的分子生物学，第 4 版，<http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Books&cmd=search&doptcmdl=DocSum&term=allosteric+effects+AND+mboc4%5Bbook%5D 选中部分>

2.^ J. Monod, J. Wyman, J.P. Changeux. (1965). 变构转换的本质：一个可能的模型。J. Mol. Biol.，5 月；12：88-118。

3.^ D.E. Jr Koshland, G. Némethy, D. Filmer (1966) 实验结合数据和包含亚基的蛋白质理论模型的比较。生物化学。一月；5(1)：365-8

4.^ "Binding Database" BindingDB。2008 年 3 月 30 日 <http://www.bindingdb.org/bind/index.jsp>

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