蛋白质组学/蛋白质 - 蛋白质相互作用/因素

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本节

影响蛋白质蛋白质相互作用的因素[1]

蛋白质蛋白质相互作用的分析可以分为两种

定性
定量

在这两种情况下，我们都有与相互作用相关的因素。影响定性分析的因素将在之前讨论。在本节中，我们将主要关注定量分析。

影响定量蛋白质蛋白质相互作用的因素

关于结合因素，我们的意思是相互作用是单对单还是单对多结合。单对单结合相互作用可以很容易地进行量化，但当一种蛋白质具有多个结合位点时，就会出现问题。对于单对多结合位点，也可能有两种可能性。如果所有这些多重结合相互之间没有关联，或者换句话说，彼此独立，我们可以将每个结合视为单对单，然后将它们加在一起。但是，如果所有这些相互作用相互依赖，那么我们就必须处理它的别构效应。

因此，影响结合特性的因素有

亲和力

Ka（亲和常数）或Kd（解离常数）
Kd=1/Ka

动力学

k(ass) 或 k(on) 缔合速率常数或上速率
K(diss) 或 K(off) 解离速率常数或下速率

热力学性质

水的作用

由于大多数蛋白质蛋白质相互作用发生在水相中，我们也应该考虑水对相互作用的影响。水使环境变得相当疏水，并且由于它们也是疏水分子，因此相当有利于蛋白质相互作用。由于水分子含量丰富，大多数键需要被破坏以使蛋白质相互作用变得有利。水也可以作为疏水蛋白质之间间隙的粘合剂。

参考文献 (开放获取)

[http://www.biology.ucsd.edu/classes/bggn220.FA06/ProtProtinteractions.pdf 影响蛋白质-蛋白质相互作用的因素