蛋白质组学/蛋白质 - 蛋白质相互作用/数据库
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页面编辑和更新者：Dan Surdyk
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本节
有许多包含蛋白质相互作用数据的数据库可用。数据可以来自实验结果、计算预测、自动文献挖掘或文献的手动整理。一些网站允许您以图形方式查看相互作用网络。以下列表包含各种数据库，所有这些数据库都可供学术用途免费使用。它们最后访问于 2006 年 4 月 19 日，但鉴于蛋白质组学/生物信息学领域快速变化的世界，我们不能保证它们仍然可以运行。
- 酵母 GRID
- GRID（交互数据集通用存储库）的一部分
- Mount Sinai 医院 Samuel Lunenfeld 研究院的 Tyers 小组
- http://www.thebiogrid.org
- 可以使用 Osprey 查看 (http://biodata.mshri.on.ca/osprey/servlet/Index)
- 生物分子相互作用网络数据库 (BIND)
- Unleashed Informatics
- http://www.bind.ca/Action
- 包含针对人类蛋白质的整理后的交互数据。要求用户免费注册 Unleashed Informatics 帐户。
- 人类蛋白质相互作用数据库
- 仁荷大学计算机科学与信息工程系网络智能实验室
- http://wilab.inha.ac.kr/hpid/
- 整合了几个已知的数据库并进行了一些新的预测。
- 果蝇相互作用数据库
- Wayne State 大学医学院分子医学与遗传学中心 Finley 实验室
- http://proteome.wayne.edu/PIMdb.html
- 使用 IM 浏览器（参见页面上的信息）查询数据库并以交互式图形获取结果。
- 果蝇 GRID
- GRID（交互数据集通用存储库）的一部分
- Mount Sinai 医院 Samuel Lunenfeld 研究院的 Tyers 小组
- http://www.thebiogrid.org
- 可以使用 Osprey 查看 (http://biodata.mshri.on.ca/osprey/servlet/Index)
- 幽门螺旋杆菌蛋白质相互作用组数据库
- http://dpi.nhri.org.tw/protein/hp/ORF/index.php
- 选择一个蛋白质并提供一个交互截止值以查看图形交互图。
- 线虫 GRID
- GRID（交互数据集通用存储库）的一部分
- Mount Sinai 医院 Samuel Lunenfeld 研究院的 Tyers 小组
- http://www.thebiogrid.org
- 可以使用 Osprey 查看 (http://biodata.mshri.on.ca/osprey/servlet/Index)
- PIMRider
- Hybrigenics
- http://pim.hybrigenics.com/pimriderext/common/
- 可以使用 PIMRider 查看多个数据库：果蝇、幽门螺旋杆菌、HIV 和人类 TGF-beta 信号传导相关蛋白质。需要免费注册。
- HIV-1，人类蛋白质相互作用数据库
- 美国国立过敏和传染病研究所，NCBI
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/HIVInteractions/
- 包含从文献中获得的 HIV 和宿主蛋白质之间的相互作用。
- 相互作用蛋白质数据库
- 加州大学洛杉矶分校
- http://dip.doe-mbi.ucla.edu/
- 来自文献和其他数据库的交互数据。
- 分子相互作用数据库 (MINT)
- “MINTers”：http://mint.bio.uniroma2.it/mint/contacts.do
- http://mint.bio.uniroma2.it/mint/
- 专注于实验验证的蛋白质相互作用，尤其是哺乳动物中的相互作用。
- 慕尼黑蛋白质序列信息中心 (MIPS)
- 一个手动整理的哺乳动物蛋白质-蛋白质相互作用数据库。
- 还包含有关其他蛋白质-蛋白质相互作用项目的信息。
- http://mips.gsf.de/proj/ppi/
- 耶拿生物信息学中心
- 出色的蛋白质-蛋白质相互作用网站，提供一般信息
- http://www.imb-jena.de/jcb/ppi/