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SPM/Docker

来自维基教科书,开放世界中的开放书籍
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Docker 是一种容器技术,执行操作系统级虚拟化。

https://www.docker.net.cn/

Singularity

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Singularity 是另一种执行操作系统级虚拟化的容器技术。Singularity 的主要用途之一是将容器和可重复性引入科学计算和高性能计算。

https://sylabs.io/singularity/
https://apptainer.org/

SPM 容器

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官方 SPM12 Dockerfile 和 singularity.def(使用 独立 SPM

https://github.com/spm/spm-docker

https://github.com/spm/spm-docker/pkgs/container/spm-docker
https://hub.docker.com/r/spmcentral/spm/

例如,要使用其图形用户界面启动 SPM

xhost +local:docker
docker run -ti --rm -e DISPLAY=$DISPLAY -v /tmp:/tmp -v /tmp/.X11-unix:/tmp/.X11-unix spmcentral/spm fmri

如果容器的根文件系统以只读方式挂载(--read-only 标志),您需要绑定挂载额外的卷

-v /tmp/.matlab:/root/.matlab

另请参阅

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Neurodesk

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https://www.neurodesk.org/

Neurodocker

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https://github.com/ReproNim/neurodocker
https://hub.docker.com/r/kaczmarj/neurodocker/

SPM BIDS-App

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https://github.com/BIDS-Apps/SPM
https://hub.docker.com/r/bids/spm/

MATLAB Dockerfile

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https://github.com/mathworks-ref-arch/matlab-dockerfile

Singularity

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SingularityCE 用户指南

sudo singularity build spm12.sif spm12-octave.def
singularity exec spm12.sif
./spm12.sif --help

(如何在 Ubuntu 上安装 Singularity)

华夏公益教科书