SPM/Docker
外观
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Docker 是一种容器技术,执行操作系统级虚拟化。
https://www.docker.net.cn/
Singularity 是另一种执行操作系统级虚拟化的容器技术。Singularity 的主要用途之一是将容器和可重复性引入科学计算和高性能计算。
https://sylabs.io/singularity/ https://apptainer.org/
官方 SPM12 Dockerfile 和 singularity.def(使用 独立 SPM)
https://github.com/spm/spm-docker https://github.com/spm/spm-docker/pkgs/container/spm-docker https://hub.docker.com/r/spmcentral/spm/
例如,要使用其图形用户界面启动 SPM
xhost +local:docker docker run -ti --rm -e DISPLAY=$DISPLAY -v /tmp:/tmp -v /tmp/.X11-unix:/tmp/.X11-unix spmcentral/spm fmri
如果容器的根文件系统以只读方式挂载(--read-only 标志),您需要绑定挂载额外的卷
-v /tmp/.matlab:/root/.matlab
https://www.neurodesk.org/
https://github.com/ReproNim/neurodocker https://hub.docker.com/r/kaczmarj/neurodocker/
https://github.com/BIDS-Apps/SPM https://hub.docker.com/r/bids/spm/
https://github.com/mathworks-ref-arch/matlab-dockerfile
sudo singularity build spm12.sif spm12-octave.def singularity exec spm12.sif ./spm12.sif --help