结构生物化学/分子建模/PDF 中的交互式 3D 模型
PDF 中的交互式 3D 模型 (3D PDF) 是一种将选定的结构数据整合到 PDF 中的 3D 模型的过程。与用于可视化结构数据的更知名软件相比，此过程可以缩短学习曲线。除了更人性化之外，PDF 中的交互式 3D 模型还允许在任何出版物或著作中展示 3D 模型，使读者能够直观地了解他们正在阅读的分子。PDF 版本允许整合其他媒体，例如视频和音频。3D PDF 的主要优点是读者能够访问 3D 结构，同时也能阅读文章 [1]。
使用 PyMOL，这是一种流行的分子可视化软件工具，可以通过三个步骤将 3D 图像嵌入到 PDF 出版物中：1. 通过使用 PyMOL 将 3D 模型的组件导出为 VRML2 文件。该文件以 (.wrl) 格式存在。2. 通过商业 3D 软件处理模型组件，允许用户获得 U3D 文件，该文件包含 3D 模型的所有部分。该文件以 (.u3d) 格式存在。3. 为了将 U3D 嵌入到 PDF 文件中，可以使用 Adobe Acrobat 9 Pro Extended 软件套件来完成此过程。[2]
1. 创建 3D PDF 的一种替代方法是使用 Adobe Acrobat 9 Pro Extended 的“3D 捕获”功能。在此过程中，将捕获 OpenGL 图形信号。PyMOL 和 Adobe Acrobat 9 Pro Extended 同时打开，PyMOL 中显示的图片将以 3D 形式被 Adobe Acrobat 9 Pro Extended 捕获。之后，该文件将以 PDF 格式保存。这种方法的优点是保存的文件可以编辑，然后保存为 U3D 文件，如前所述，该文件嵌入到具有所有正确设置的 PDF 文件中，从而产生 3D PDF 模型。这种方法的缺点是模型与其他程序的原始结果相比要小得多。[2]
2. 另一种创建 3D PDF 的方法涉及 LaTEX 文档准备系统。在这种方法中，LaTEX 文档准备系统与 movie 15 包一起使用。Adobe Acrobat 9 Pro Extended 创建文件，无论是 U3D 还是 PRC 文件，这些文件都包含 3D 分子模型。这些文件被输入，并由此生成一个包含 3D 图像的 PDF 文档。重要的是 LaTEX 和 movie 15 脚本，用于将模型整合到 PDF 文件中。[1]
3. 创建 3D PDF 的第三种方法称为 MeshLab。使用 PyMOL 中的 VRML2 文件，MeshLab 软件将这些文件转换为 U3D 格式，可以使用 Adobe Acrobat 9 Pro Extended 或 LaTEx/movie15 将其嵌入到 PDF 文件中。[1]
1. 一些在线提交系统无法使用单个文件构建最终的 PDF 文件。2. 有些提交系统不接受 3D PDF 格式文件。3. 包含交互式 3D 图像的出版物的文件大小必须低于 10 MB 才能访问。
1] Kumar, Pravin, Alexander Ziegler, Alexander Grahn, Chee Hee, and Andreas Ziegler. "Leaving the Structural Ivory Tower, Assisted by Interactive 3D PDF." PubMed. N.p., n.d. Web. 20 Nov. 2012. <http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000410000629>.
[2] Kumar, P. et al. (2008) Grasping molecular structures through publication-integrated 3D models. Trends Biochem. Sci. 33, 408–412