结构生物化学/蛋白质/切割酶
体内的一些酶用于切割或断裂构成蛋白质的多肽中的肽键。这些酶主要通过水解目标氨基酸的羧基端起作用。特定酶会根据氨基酸的物理或化学特性（如极性或亲水性）来靶向特定氨基酸。这种缩短多肽的能力有助于在埃德曼降解中对蛋白质进行测序。发现经过 60 次埃德曼降解后，效率将下降 2%。通过将多肽切割成更短的键，可以使埃德曼降解保持 100% 的效率。
以下是主要在残基的羧基端切割的酶切。唯一的例外是羧肽酶 A，它会在 C 末端氨基酸的氨基端切割。
| 酶切 | 切割位点 |
|---|---|
| 胰蛋白酶 | 在赖氨酸和精氨酸残基的羧基端切割肽键。唯一的例外是，如果赖氨酸后面跟着脯氨酸，则不会切割，因为脯氨酸会将胺从伯胺转化为仲胺。胰蛋白酶只会与伯胺发生水解。 |
| 梭状芽孢杆菌蛋白酶 | 在精氨酸残基的羧基端切割 |
| 胰凝乳蛋白酶 | 在酪氨酸、色氨酸、苯丙氨酸、亮氨酸和蛋氨酸的羧基端切割 |
| 羧肽酶 A | C 末端氨基酸的氨基端，除了精氨酸、赖氨酸和脯氨酸 |
| 金黄色葡萄球菌蛋白酶 | 在天冬氨酸和谷氨酸残基的羧基端切割（对于谷氨酸，需要应用某些条件） |
| 凝血酶 | 精氨酸的羧基端 |
在丙氨酸和甘氨酸的羧基端切割
一些化学物质可用于检测多肽中特定氨基酸的存在。以下是一些示例
| 酶切 | 切割位点 |
|---|---|
| 氰化溴 | 在蛋氨酸残基的羧基端切割。 |
| 邻碘酰基苯甲酸 | 在色氨酸残基的羧基端切割 |
| 羟胺 | 在天冬酰胺-甘氨酸键处切割 |
| 2-硝基-5-硫氰酸苯甲酸酯 | 在半胱氨酸残基的氨基端切割 |
此外，埃德曼降解技术可用于确定多肽的氨基末端。苯异硫氰酸酯与未带电荷的氨基反应，形成苯硫代氨甲酰基衍生物。在弱酸性条件下，包含 N 末端氨基酸（苯硫代乙内酰（PTH）-氨基酸）的环状衍生物被释放，因此可以通过色谱方法确定其身份。通过重复相同的反应并产生另一个 PTH-氨基酸复合物，可以利用该技术确定短多肽的序列，该复合物也可以通过色谱法进行鉴定。