结构生物化学/蛋白质/内部核糖体进入位点
真核翻译起始通过帽介导机制进行，其中eIF4E将5'加帽mRNA募集到小亚基。人们在病毒中发现另一种机制，该机制通过使用内部核糖体进入位点（IRESs）实现。IRES是DNA的一段，它允许在信使RNA中间进行翻译起始，绕过5'帽依赖性系统。
它们最初由Nahum Sonenberg和Eckard Wimmer于1988年在脊髓灰质炎病毒RNA和脑心肌炎病毒RNA中发现。它们主要位于RNA病毒的5'UTR中，并允许帽独立的RNA翻译。这对病毒很有用，因为它确保即使在宿主细胞翻译关闭的情况下，病毒mRNA仍然被翻译。脊髓灰质炎病毒分泌一种病毒蛋白酶，该蛋白酶切割eIF4E复合体并抑制帽依赖性翻译，同时通过IRESs翻译其自身的mRNA。
病毒IRES功能的机制因病毒而异。丙型肝炎病毒不需要扫描起始密码子，因为它的IRES直接以起始密码子已位于P位点的方式与40S亚基结合。它们也不需要任何真核起始因子。小核糖核酸病毒IRESs不直接与小亚基结合，而是与eIF4G结合，并且需要额外的蛋白质，称为IRES反式作用因子（ITAF）才能发挥作用。